Перейти к содержимому

Банкивская дикая курица: виды, описание, характеристики и одомашнивание

Опубликовано Добавить комментарий к записи Банкивская дикая курица: виды, описание, характеристики и одомашнивание

Содержание

виды, описание, характеристики и одомашнивание

Дикие курицы — прямые предки одомашненных кур разных пород. Тот факт, что они до сих пор являются частью естественных экосистем, радует не только экологов. Наличие и доступность диких предков позволяет генетикам и селекционерам использовать первоначальный генотип для улучшения состояния одомашненных пород.

Систематическое положение и ареал

Джунглевые куры – это род птиц, который относится к семейству фазановых и отряду курообразных или куриных. В этот род входят четыре вида:

  • банкивская;
  • цейлонская;
  • серая;
  • зелёная.

Куриные птицы распространены практически на всех континентах, за исключением Антарктиды. К ним относятся пять семейств:

  • фазановые;
  • большеноги;
  • цесарковые;
  • краксы;
  • зубчатоклювые куропатки.

Родство с фазанами подтверждается способностью как диких, так домашних кур к спариванию с фазанами.

Это свидетельствует о том, что фазановые птицы обладают внешними признаками и элементами поведения, которые позволяют особям разных видов распознавать друг друга, как представителей своего вида. Только в этом случае возможно спаривание.

Если сравнить представителей семейства фазановых, то можно выделить признаки, по которым фазаны и куры «видят» друг друга, как «своих». Это:

  • яркое и пёстрое оперение петухов;
  • сходная половая дифференциация;
  • одинаковое половое поведение;
  • сходство отдельных звуков, издаваемых петухами или курочками.

Аналогичная ситуация складывается у многих близкородственных видов, что приводит к появлению гибридов. Однако эти помеси обычно неспособны к размножению. Причина — разница в геноме, которая способствует сохранению вида, как постоянного биологического явления.

Дикие куры обитают в лесной зоне Южной Азии, Индонезии и Филиппин. Джунглевая курица получила название за привязанность к лесной зоне тропиков.

Но биотоп этих представителей семейства фазановых можно назвать опушечным. Дикие птицы предпочитают жить не в гуще леса, где сложно добыть себе пищу, а на его границе – в кустарниках, редколесьях, травяных зарослях прогалин.

Большинство представителей отряда куриных ведут именно такой образ жизни. Но есть исключения: они распространяются преимущественно на зону тайги, где глухари, тетерева, куропатки приспособились питаться хвоей и семенами растений этой зоны.

Дикие предки домашних кур

Считают, что диким предком одомашненных особей стали банкивские джунглевые куры. Это утверждение первоначально было основано на фенотипическом и поведенческом сходстве, а также на способности скрещиваться и давать плодовитое потомство. Обычно для доказательства происхождения этого достаточно. Но на роль предка популярных домашних птиц могли претендовать все остальные виды джунглевых кур.

А также сходство представителей рода дало основание для утверждения о том, что одомашнивание происходило на основе нескольких видов. Все учёные, включая Дарвина, определяли Южную Азию, как центр происхождения домашней курицы, но название дикой пернатой, явившейся предком одомашненной, всегда было под сомнением.

Исследования показали, что одомашнивание пернатых дикарей произошло 8000 лет назад. Эти птицы очень быстро стали обычными обитателями курятников в Азии, Африке и Европе. В Америке и Австралии они появились только после переселения туда европейцев.

Несмотря на то что домашние куры способны скрещиваться и давать плодовитое потомство, анализ ДНК выявил некоторые различия в геноме у кур разных регионов. Отличия наблюдаются у домашних кур тихоокеанской и южно-азиатской популяции. Они отличаются не только друг от друга, но и от кур других регионов.

Этот факт свидетельствует о происхождении от разных диких видов. Такая версия отражена в ЖЖ «Дикий зоолог», где в качестве второго вида, давшего начало домашним курам, упоминается серая джунглевая птица.

Явлению некоторой разницы в геноме есть ещё одно объяснение – накопление мутаций в изолированных популяциях птиц. Последнее утверждение считают более верным, так как все куры благополучно скрещиваются и производят плодовитое потомство.

Если бы разные популяции домашних кур происходили от разных предков, то их геномы имели бы больше различий, а скрещивание между европейскими и китайскими курами приводило к появлению бесплодного потомства.

Сомнения в происхождении одомашненных кур были развеяны с помощью генетического и молекулярного анализа. Для этой птицы впервые в мире сделали генетическую карту. Так домашние куры стали не только источником мяса, яиц и перьев, но и научной информации.

Генетический код домашней курицы развеял все сомнения – её предком является банкивская джунглевая курица.

Дикие банкивские куры

Банкивские пернатые обладают крепким телосложением, которое позволяет им быстро бегать. Летают дикие птицы плохо. Но их выносливость позволяет компенсировать недостатки наземного образа жизни.

Весят банкивцы меньше домашних кур. Дикий самец породы обладает массой не более 1,2 кг, а курочки набирают не более 700 г. Такая разница с домашними родственниками связана с издержками дикого образа жизни. В курятниках нет необходимости убегать от хищников и постоянно искать корм. А также селекционеры и генетики сформировали породы с особой физиологией, позволяющей набрать большой вес в короткие сроки.

Питаются банкивцы всем, что им удастся раздобыть в джунглях. В их рацион входят:

  • семена;
  • членистоногие, черви, моллюски;
  • части растений;
  • опавшие плоды.

Гнёзда они устраивают на земле. Так поступает большая часть видов отряда куриных. Условие выживания квочки и птенцов заключается не только в способности скрываться и быстро бегать. Стайный образ жизни, участие петуха в охране курочек и птенцов и сложная сигнальная система помогают диким курицам заранее узнавать об опасности.

Банкивский петух – птица красивая и яркая. Несмотря на плохой полёт, грудная мускулатура у него развита хорошо. Всё тело приспособлено для быстрого бега, внезапного полёта, а также для боёв с другими петухами и хищниками.

У него маленькая голова, большой гребень и длинная шея. Ноги, по сравнению с домашним петухом, длинные.

Яркая окраска петуха так впечатлила англичан, что они назвали эту птицу красным петухом, хотя точнее было бы дать название «огненная птица». Ведь у петуха этого вида огненно-красный гребень, ярко-рыжие перья на шее, спине и концах крыльев. Эта огненная окраска особенно заметна на фоне тёмно-зелёных перьев остальной части тела.

Казалось бы, такая окраска делает петуха очень заметным на фоне зелёных джунглей. Однако маскировочной окраской обладают только куры, поскольку они сидят на гнезде и заботятся о птенцах. Дикий петух, наоборот, привлекает к себе внимание курочек гарема, соперников по стае и хищников.

Похожие публикации

Другие представители рода

Другие дикие пернатые южной Азии и прилегающих островов имеют некоторые отличия в фенотипе, но их поведение и образ жизни очень схожи. Об этом свидетельствует сравнительное описание трёх видов «дикарок».

Серая джунглевая курица

Обитает в юго-западной части Азии. Петух и курочка имеют скромное оперение, которое хорошо их маскирует в зарослях травы и кустарников.

  • Если бы не классический петушиный хвост, который всё же по красоте и пышности существенно уступает банкивцам, то можно было бы этих курочек сравнить с цесарками.
  • Преобладание чёрно-белых вариантов в окраске перьев и дало название этому виду.
  • Размеры у особей серых кур тоже скромные. Средняя длина тела укладывается в диапазон от 70 до 85 см. Весит среднестатистическая серая курочка около 700 г.

Зелёная джунглевая курица

Этот вид имеет островной ареал. Зелёную курочку можно встретить только на Зондских островах и на острове Ява.

Поскольку особи этого вида летают лучше других представителей рода джунглевых кур, окраска самочки позволяет ей маскироваться на фоне древесных стволов и почвы. Её перья окрашены в равномерный бурый цвет.

Особыми отличительными признаками обладает петух.

  • Его гребень и бородка окрашены в яркий красный цвет. Но у основания гребня есть хорошо заметная зелёная полоса. На бородке такая полоса находится на самом кончике.
  • Оперение на теле преимущественно тёмно-зелёное с изумрудным отливом.
  • И только декоративные, свисающие шнурами, перья имеют приглушённый рыжий цвет.

Цейлонская джунглевая курица

Петух этого вида также имеет основания называться огненным.

  • Вся его голова, включая большой гребень и бородку, имеют красный цвет.
  • Посередине гребня есть широкая жёлтая полоса.
  • Декоративные шнуровидные перья на шее, груди и спине имеют яркий рыжий цвет.
  • Всё остальное тело окрашено в маскирующие чёрные оттенки с металлическим отливом.

Курочка имеет перья только бурых и серых оттенков.

Цейлонские куры маленькие – петух в длину укладывается в диапазон от 60 до 70 см, курочка – от 35 до 45 см.

Название этого вида говорит само за себя – сразу понятно, что эти куры обитают на Цейлоне, являясь символом Шри-Ланки.

  • Все джунглевые куры имеют ярко выраженный половой диморфизм, что говорит о наличии существенной разницы в поведении самцов и самок.
  • Петух не насиживает яйца и не заботится о птенцах.
  • Поддерживает порядок в гареме, дерётся за самок с другими петухами, а также защищает своих курочек от всяких неприятностей.

Петухи своим поведением и внешним видом выделяются на общем фоне. Это позволяет им удерживать курочек возле себя, управлять ими с помощью голосовых команд, отвлекать на себя хищников. Неудивительно, что эти стражи куриного сообщества гибнут гораздо чаще, чем оберегаемые ими курочки.

Люди и банкивская джунглевая курица

Многие дикие предки домашних животных вымерли, потому что их истребляли люди, а среда обитания стремительно менялась. Печальная судьба постигла предков коровы и лошади. Их истребили ещё в средние века.

Некогда обширный ареал банкивской джунглевой курицы сокращается вместе с тропическими лесами. Однако в национальных парках этот вид оберегают не только, как естественный компонент экосистем.

В наше время специалистами зафиксировано около 700 пород кур с различными свойствами. Больше всего породное разнообразие сосредоточено в Европе, где активно проводится селекционная работа.

Обычно усилия селекционеров направлены на поддержание двух направлений формирования пород – мясистости и яйценоскости. Но курица рассматривается не только как источник продуктов питания, но как эстетический объект. В этом случае отбор проводится по признаку особенностей размера и формы тела, состояния оперения, гребня и бородки. К декоративным породам относятся и птицы, обладающие особой голосистостью.

Существует ещё одно направление отбора – это бойцовые качества петухов. В последнем случае особенно востребованы дикие банкивские джунглевые куры, так как в домашних условиях петухи теряют свою способность бороться за многочисленность и сохранность гарема.

В народе эстетические потребности по отношению к курам всегда отходили на второй план. Но в деревнях хозяева подворий всегда гордились красивым петухом, у которого проявлялась окраска дикого индийского предка. Такие петухи живут долго, поскольку охраняются, как произведение искусства.

Из промышленно значимых пород наиболее известны куры породы Бресс Галльская, или французские мясные куры. Эта порода считается элитной. Она используется для производства как мяса, так и яиц. Для того чтобы эти полностью белые куры хорошо неслись, их не кастрируют. Для быстрого производства мяса подростков подвергают кастрации.

Породные качества Бресс Галльских кур сделали их популярными во всём мире, хотя французы считают этих кур своим достоянием.

Инстинкт диких предков и домашние куры

Массовое использование кур в качестве источника яиц и мяса стало возможным, благодаря организации стаи и особенностям гнездового поведения. В домашней курице сохранились следующие инстинкты, которые помогли когда-то одомашнить дикую птицу Южной Азии.

  1. Организация стаи. Когда цыплята подрастают до стадии смены пуха на перья, у них появляются вторичные половые признаки. Спустя пару месяцев, петушки начинают устраивать поединки, в результате которых определяется доминирующая особь. Это позволяет людям использовать «лишних» петухов на мясо. Производителем и хранителем станет один петух на десяток куриц. Но в результате естественного отбора остаётся самый агрессивный петух, что не всегда нравится людям. Часто на мясо отправляют самого драчливого петуха, который обороняет свой гарем и от людей. Остаётся «руководить» гаремом петух умеренного настроения. Самый большой петух — обзор пород.
  2. Безусловным достоинством диких предков является отсутствие инстинкта миграции. В джунглях хватает корма круглый год, так что перелетать в другие края диким курицам нет смысла. Отсутствие стремления к перемене мест создаёт стабильность стаи, в результате чего куры даже при диком выпасе на подворье и на улице далеко от курятника не уходят.
  3. Сложная голосовая система управления стаей и цыплятами помогла когда-то содержать кур на уровне «самоуправления». Человеку достаточно присмотреться, а главное – прислушаться к тому, что делают куры, чтобы понять какие особи будут добросовестно выводить цыплят, а какие неспособны на такое сложное поведение.
  4. Немаловажное значение для окультуривания кур имеют вокальные данные петухов. Утреннее кукареканье стало элементом культуры многих народов, что запечатлено в сказках и легендах. Крик петуха прогоняет нечисть и оповещает о восходе солнца. Для кур этот сигнал подобен звуку горна, который собирает солдат на построение. Стая после утреннего крика петуха не только должна проснуться: куры должны собраться вокруг своего голосистого предводителя. Петухи с хорошим голосом могли собрать вокруг себя много курочек, что способствовало передаче генов голосистости из поколения в поколение.

Инкубаторное разведение кур приводит к вырождению их инстинктивной базы. По этой причине новые породы не формируются в условиях клеточного содержания. Сохранение инстинктов диких предков – это показатель целостности генома домашней курицы, что является условием хорошего здоровья и устойчивости к воздействию среды.

Дикая банкивская джунглевая курица представляет собой достояние всего мира, так как это гарант успешной работы по выведению новых пород и поддержанию генотипа домашней курицы. Причём для выполнения своих функций диким курочкам необходима большая численность. В противном случае изоляция популяций с небольшим количеством особей будет способствовать накоплению микромутаций и проявлению эффекта близкородственного скрещивания, что может привести к негативным последствиям для диких и домашних кур.

Куры домашние и дикие | Наука и жизнь

Происхождение курицы – вопрос не только философский, но и биологический. Несмотря на все современные методы исследований, он всё ещё остается открытым.

В 1960 году на юге США провели эксперимент – выпустили в дикую природу 10 тысяч красных банкивских кур, которые в дикой природе обитают в южной и юго-восточной Азии. Эксперимент не удался, почти все птицы погибли. Но молодому ученому Леру Брисбену удалось сохранил пятерых кур и через некоторое время на его ферме в Алабаме их поголовье значительно увеличилось и достигло уже сотни голов.

Наука и жизнь // Иллюстрации

Наука и жизнь // Иллюстрации

Наука и жизнь // Иллюстрации

‹

›

А еще через некоторое время оказалось, что потомство обреченных когда-то на верную гибель в американских лесах птиц сохранило свой генофонд намного лучше, чем их далекие родственники в Азии. Дело в том, что дикие банкивские куры на своей исторической родине активно скрещиваются с домашними курами, которые в азиатских деревнях живут на свободном выпасе.

Дикие банкивские куры заметно отличаются от своих домашних сородичей. Они меньшего размера, «спортивного» телосложения, их ноги темного цвета, и еще: они сохранили способность к полету. Живут банкивские куры в лесах, высиживают цыплят в лесной подстилке, питаются насекомыми и семенами. Сегодня ареал красной банкивской курицы простирается от предгорий Гималаев до острова Суматра. Образ жизни диких кур с тех пор как они стали объектом интереса человека не очень изменился, так что процесс одомашнивания был не таким уж сложным, считают антропологи.

Если бы сегодня все куры исчезли с лица земли, то фактически наступил бы голод: куриное мясо важнейший источник животного белка, и его потребление с каждым годом только возрастает. В России на каждого жителя приходится в среднем 22,1 килограмма курятины в год, в США этот показатель выше – 51,8 килограмма, а на душу одного израильтянина – 67,9 килограмма.

По прогнозам экспертов, к 2020 году потребление куриного мяса выйдет на первое место среди общего объема потребления мяса в мире. Если в 1970-х годах в мире производилось около 20 млн тонн мяса птицы, то в 1990 году его производство удвоилось, а к 2020 году достигнет 120 млн тонн. Все эти важнейшие экономические показатели ставят вопрос изучения куриного прошлого на довольно высокие позиции по степени важности. Птицеводы рассчитывают на то, что данные о генетике диких кур помогут улучшить породы кур современных, например, повысить их устойчивость к птичьему гриппу. По этой же причине расшифровка генома красной банкивской курицы в 2004 году была существенно ускорена, ведь именно тогда впервые заговорили о птичьем гриппе.

О том, что красная банкивская курица была возможным предком курицы домашней, писал еще Чарльз Дарвин в своей работе «Разнообразие одомашненных животных и растений», а первое предположение на этот счет высказал дед великого эволюциониста, Эразм Дарвин.

Не существует единого мнения о том, когда произошло одомашнивание кур. Некоторые утверждают, что это случилось 8 тысяч лет назад, другие предполагают, что только 4 тысячи лет назад. По одной из версий птица была одомашнена лишь однажды, другие рассматривают несколько независимых центров одомашнивания. Сейчас исследования ведутся не только в лабораториях, но и в археологических экспедициях в юго-восточной Азии. Археологи ищут куриные кости с тем, чтобы потом выделить из них ДНК, установить возраст останков и проследить их филогенетические связи с современными курами. Известны находки из Индии, датируемые 2000 годом до нашей эры, это подтверждает идеи Дарвина о том, что одомашнивание произошло именно на полуострове Индостан. В 1988 году в Китае были обнаружены останки одомашненной курицы, возраст которой определен как 6 тысяч лет до нашей эры.

Даже современные методы исследования пока не могут дать однозначного ответа на вопросы где и когда были одомашнены эти пернатые. В 1994 году японский принц и орнитолог Акисино, исследуя митохондриальную ДНК кур, установил, что их одомашнивание произошло в Таиланде. Эта гипотеза была подтверждена другой командой исследователей в 2002 году.

В 2006 году китайские ученые из Китайского института зоологии показали также на митохондриальной ДНК, что на заре птицеводства было 9 отдельных центров одомашнивания, распространенных по всей юго-восточной Азии и Индостану. Исследования ядерного генома впоследствии подтвердили и эту точку зрения.

В 2008 году биологи из университета Упсалы, проанализировав ген, отвечающий за желтизну кожи у кур, показали, что скорее всего нынешняя домашняя курица имеет в родителях представителей нескольких видов. Ученые выявили, что у современных домашних куриц регуляторный участок этого гена больше схож с таковым у серых джунглевых кур, тогда как большинство остальных исследованных генов такие же, как у красных джунглевых. По версии исследователей, за пределы юго-восточной Азии попали гибриды между серыми банкивскими курами и одомашненными красными и в итоге стали обычной домашней курицей.
«Курица – как губка впитывала разные гены на протяжении тысячелетий», – говорит доктор Грегер Ларсон, один из авторов исследования в Уппсале.

Самбандам Сатиякумар, биолог из Института дикой природы в Индии, расположенного неподалеку от того места, откуда когда-то взяли птиц для интродукции на юг США, считает, что на самом деле 95% диких банкивских кур «чисты» от генов домашней курицы. Но Брисбен и его единомышленники отмечают, что внешний облик диких кур заметно меняется в сторону домашних. Дикие петухи постепенно «теряют» длинные черные перья, располагавшиеся на середине спины, и рыжие – на остальной части тела (у домашних кур они отсутствуют). А самки настоящих банкивских кур не имеют гребня и бородки как у домашних. Но сейчас даже те птицы, которые фигурируют в научных исследованиях в качестве источника ДНК дикого типа, имеют признаки «одомашненности». И поведение настоящих диких кур также отличается. Они куда более пугливы и осторожны, чем те куры, которых под видом банкивских содержат во многих зоопарках, однако привыкают к тем, кто ежедневно о них заботится и кормит. Поэтому, полагают некоторые исследователи, результаты этих работ нельзя считать достоверными, что еще более запутывает историю происхождения домашней курицы.

Сейчас шведские биологи из лаборатории Лиефа Андерссона, где несколько лет назад показали гибридогенное происхождение домашней курицы, исследуют ДНК алабамской линии банкивских кур. Ученые уверены, что эти куры наиболее близки к тем птицам, что обитали в Азии до начала их одомашнивания.

Археологи тоже всерьез взялись за куриные кости. Еще 20 лет назад никому не приходило в голову исследовать их видовую принадлежность. Сегодня даже мельчайшие останки кур представляют большой интерес для ученых. Проблема с такими мелкими частицами еще и в том, говорят археологи, что при раскопках они легко перемещаются в слоях почвы, смешиваются с другими находками. Но чтобы, наконец, ответить на все вопросы, ученые занялись поисками древних куриных костей по всему миру. Новые исследования, например, говорят, что датированные 6 тысячами лет до нашей эры куриные останки из Китая, возможно, на несколько веков моложе, чем считалось ранее. Конечно, ученым хотелось бы выделить пригодную для анализа ДНК из древних птичьих костей, но это все равно что «найти у курицы зубы». Надежд на то, что во влажном тропическом климате в течение тысяч лет в костях могла сохраниться ДНК очень мало.

Еще одно заслуживающее внимания исследование также было проведено в Швеции. Проанализировав однонуклеотидные последовательности (последовательности нуклеотидов, отличающиеся на одну «букву», часто используются в качестве молекулярно-генетических маркеров), ученые выяснили, что у диких кур отсутствуют рецепторы гормона тиреотропина, который отвечает за рост. Судя по всему это свидетельство того, что при одомашнивании птиц люди отбирали самых крупных особей, и в процессе отбора уровень тиреотропина повышался.

Источник: A. Lawler. Animal Domestication. In Search of the Wild Chicken. Science, 23 November 2012: vol. 338 no. 6110 pp. 1020-1024. DOI: 10.1126/science.338.6110.1020.

Иллюстрации: 1. Красный банкивский петух. 2. Красная банкивская курица. 3. Современные ареалы распространения банкивских кур.

Откуда появились курицы? Ведь такие птицы не могли выжить в дикой природе | Популярная наука

Радость, когда узнала, что куриная грудка полезна для фигуры

Радость, когда узнала, что куриная грудка полезна для фигуры

Меня в детстве всегда удивляли домашние куры. У других домашних животных есть все признаки диких предков: когти и зубы у кошек, рога и буйный характер у быков. У милых пушистых хомячков тоже видны все признаки приспособления к дикой природе – прячутся в укромных местах, копят еду. Даже другие домашние птицы – индюки, гуси, могут агрессивно отбиваться и уж ребенку точно к ним лезть не стоит.

Одни куры выглядят, как совершенно беспомощные существа. Летать не умеют, бегать толком тоже. По габаритам – не крупные, идеально подходят для хищников от дикой кошки до волка. Ничего для обороны у них нет. Еще и идеальный белый цвет, чтоб хорошо в лесу и на траве было видно! В общем, идеальная жертва, таких в природе не прощают.

Откуда они вообще взялись? Если их приручили из дикой природы, то почему они не сохранили никаких признаков своих далеких предков? Давайте разберемся, кто же предок домашних кур и почему современные птицы такие беспомощные.

Предком домашних кур считается банкивская джунглевая курица, принадлежит к семейству фазановых. Эти курицы до сих пор живут в Юго-Восточной Азии. По размеру, они примерно в два раза меньше домашних кур. По данным Даниэля Фокоси из Института Карнеги, первые курицы были одомашнены в Китае примерно 6 тысяч лет назад. А массовым это явление стало около 3,5 тысяч лет назад.

Как же защищаются эти курочки в дикой природе, что позволяет им выживать и занимать свою экологическую нишу?

Банкивская курица в идеальной маскировке

Банкивская курица в идеальной маскировке

Основная защита – маскировка. Банкивские курицы вовсе не белые. Их перья серо-бурого цвета с желтыми вкраплениями, а на груди темно-зеленого. Хорошая маскировка в условиях джунглей и бамбуковых зарослей, в которых любят прятаться эти птицы.

Кроме маскировки, банкивские курицы…летают! И делают это прекрасно, в отличие от своих домашних родственников. Ночуют они на деревьях, где хищникам достать их намного сложнее. Единственное, где они сильно уязвимы – это при высиживании яиц. Гнезда они вьют на земле. Но стараются максимально залезть в глубины бамбуковых зарослей.

Банкивских куриц оказалось легко приручить, они и сейчас вполне доверчивы к человеку. И, приручив первых куриц, человек занялся селекцией – выбирал именно тех куриц, которые были ему удобны. То есть – быстрее толстели, несли больше яиц, были менее агрессивными и ленились летать. Также полезно было выбирать менее любопытных кур, которые от скуки лезли из загона. Так было проще их контролировать.

Интересно, что серьезная селекция кур началась лишь 3 тысячи лет назад. Человек выбирал куриц по полезным для себя качествам. В геноме это связано с геном, кодирующим рецептор гормона TSHR (аналог наших гормонов щитовидки). Это напрямую связано с тем, что такие курицы чаще откладывают яйца, не боятся людей и не пытаются убежать из курятника.

Ну а спустя сотни поколений мы получаем современную домашнюю курицу. Которая не боится человека, не хочет уходить за пределы сарая и несет в разы больше яиц.

Если в среднем, современные курицы несут 250-300 яиц в год, то у их диких предков из джунглей получается нести всего по 15-20 яиц. И мяса у домашних в три раза больше.

Первая курица – Огонек № 26 (5621) от 06.07.2020

Елена Бабичева

Трудно представить, но когда-то курица была вполне себе дикой птицей. К человеку, в масштабах истории, она попала не так давно — несколько тысяч лет назад. К такому выводу пришла международная группа ученых, которые собрали и проанализировали более 800 геномов этой птицы: 162 — от домашних кур, остальные — от разных подвидов банкивской джунглевой курицы, которая считается прародительницей современной Рябы. Банкивские куры похожи на фазанов, живут в азиатских лесах и сохранили способность летать.

Благодаря этой работе исследователи наконец смогли уточнить место происхождения домашних кур, долгое время считавшееся спорным: это юго-западный Китай, северный Таиланд и Мьянма. А уже оттуда они стали распространяться по всему миру.

Практически параллельно похожее исследование было сделано учеными Санкт-Петербургского государственного университета, правда, в отношении отечественной птицы. Материал изучался на основе костных останков, обнаруженных при археологических раскопках.

— Оказалось, что на Руси куры появились ненамного позже, чем в Европе,— рассказывает «Огоньку» доцент кафедры генетики и биотехнологии Санкт-Петербургского государственного университета Светлана Галкина. — Так, на территории Западной Европы находят останки курицы на рубеже тысячелетий.

На Руси курятина стала привычным продуктом уже в середине IX века. Единственное, пока непонятно, как куры распространялись по территории Древней Руси и ее северо-западным регионам.

Наиболее вероятным представляется, что расселение на этих местах могло осуществляться тремя путями — с запада (из Европы), с востока (из Персии, Индии, Китая) и с юга (через Боспорское царство, Византию). Поскольку курица, согласно поговорке, все же не птица, то совершать перелеты она, как те же утки, не может и распространяется по миру не самостоятельно, а лишь в компании с человеком. Таким образом, из стран Азии в остальные точки планеты кур привезли — на телегах или на судах.

Мировая птица

Сегодня численность кур на Земле достигает 24 млрд особей, это самый распространенный вид домашней птицы. В вопросах, когда началось одомашнивание, единого мнения нет. Нынешнее исследование ставит границу в 8 тысяч лет. Причем, вопреки стереотипам, этот процесс, видимо, не требовал от человека какого-то специального приручения птицы. Скорее всего дело было в отборе и скрещивании наиболее крупных особей. Кстати, у современных домашних кур уровень тиреотропного гормона, отвечающего за рост, существенно выше, чем у диких сородичей.

Поначалу курица считалась декоративным и даже священным животным. В гробницах египетских фараонов и на вавилонских памятниках были обнаружены изображения петухов. В Средней Азии куры считались олицетворением Солнца и хранителями Добра, а утреннее «кукареку» означало полную победу Света над Тьмой.

В Древней Греции куры, точнее петухи, считались бойцовой птицей, именно отсюда пошла мода на петушиные бои.

Когда дошло дело до жаркого из курочки — отдельный сюжет. Есть версия, что одними из первых, кто решил использовать курицу в пищу, были монахи-бенедиктинцы (это, правда, противоречит описаниям античных застолий, но тем не менее). По мнению исследователя Андерса Эриксона из Кембриджского университета, вообще к массовому употреблению в пищу мяса курицы и яиц привело распространение христианства. Существующие традиции поста не позволяли монахам есть мясо четвероногих животных, но на птиц запрет не распространялся. Постепенно эти пищевые привычки вышли за стены монастырей и разошлись по всей Европе.

В процессе эволюции

Полностью процесс одомашнивания курицы завершился к Средним векам. Ископаемая ДНК, выделенная из останков кур, захороненных на территории Северной Европы, показывает, что за тысячелетия произошли существенные изменения в генах. Помимо того, что домашняя птица потеряла свою агрессивность и у нее изменилась окраска, она стала нести яйца постоянно, а не только в сезон размножения. По мнению Андерса, эти факторы — ключевые в процессе одомашнивания кур.

Интересно, что на внешний вид кур, который менялся в процессе эволюции, во многом влияли и… предпочтения хозяина, а не только климатические и другие факторы. Самый известный пример такого предпочтения — желтоватая кожа на ногах курицы. У ее предков XVI века кожа была белая, но человеку желтый цвет показался симпатичнее, и в результате скрещиваний он стал преобладать. Или чилийская порода кур, араукана, — эти птицы в результате генетических мутаций, запрограммированных человеком, несут голубые яйца.

Ископаемые ДНК

Питерские ученые изучали останки кур, найденные на территории Старой Ладоги, Пскова и в Рюриковом городище, на котором впоследствии вырос Великий Новгород. Находки с последней площадки как раз и позволили утверждать, что древние русичи были знакомы с курицей.

Другие куриные останки, найденный под Псковом, довольно молодые — «всего лишь» XVII века, зато принадлежат более редкой гаплогруппе, которая встречается в определенных районах Китая. Поскольку XVII век — это период активного налаживания связей российского государства с Востоком, то не исключено, что куры могли попасть в Псков благодаря новым торговым отношениям с Китаем.

К сожалению, более полно проследить историю кур на протяжении веков не так просто: их кости плохо сохраняются для анализа ДНК. Питерские ученые исследовали останки кур, которых варили или жарили, поэтому из всего материала удалось выделить только одну десятую ДНК, пригодную для анализа.

— Мы не очень верили в успех, так как кости были не просто термически обработаны, но еще долгое время провели на открытом воздухе и были объедены собаками,— говорит Владимир Трифонов, завлабораторией сравнительной геномики Института молекулярной и клеточной биологии, где выделили ДНК из ископаемых костей.— Кроме того, за столько лет происходит деградация белков, а сами кости становятся очень хрупкими.

— Ископаемая ДНК — настоящий кладезь бесценной информации на стыке истории и биологии,— говорит Светлана Галкина.— Изучая генетические последовательности и зная, что они встречаются на определенной территории, мы можем сделать вывод не только о происхождении той же курицы. Используя древнюю ДНК, мы можем узнать о существовании генов, которые теперь утеряны в птицах промышленного содержания. Например, теперь знаем, что древние куры были более устойчивы к заболеваниям.

Можно ли вернуть птицам утерянные гены? Теоретически, да. Вряд ли удастся создать искусственный ген, а вот искусственно синтезировать химическую цепочку нуклеотидов и получить свойства, которые были утеряны тысячи лет назад, возможно.

— Птицы — это ведь прямые потомки динозавров, так что вполне можно говорить о парке Юрского периода, хотя и с большим количеством допущений,— смеется Светлана Галкина.

А что если когда-нибудь возникнет необходимость вернуть курам утраченный ген, например позволяющий им летать? Многое теперь возможно…

Джунглевые куры: зеленая, серая, цейлонская, дикая

Банкивская джунглевая курица — это отдельный вид, которые очень напоминают фазановых. В природе эти куры живут в Азии, Китае и Индокитае. Они спокойно скрещиваются с фазанами, однако такие гибриды оказываются бесплодными. Дикая зеленая джунглевая курица числится в Красной книеу, как вид, который вызывает самое слабое опасение его вымирания.

Джунглевые куры

История

Цейлонская джунглевая курица была одомашнена первый раз на территории Азии еще 5 тысяч лет до нашей эры. Потом их начали разводить в Индии. Дарвин даже выдвигал теорию, что именно от этой породы было выведено множество других домашних видов кур, многие из которых есть и сейчас и очень напоминают джунглевую курицу, как на фото. Джунглевая порода бывает нескольких типов: различают зеленую, серую, красную и индийскую курицу.

Джунглевые куры

Образ жизни

Больше всего времени куры проводят внизу, однако спят они исключительно на деревьях. Эта порода хорошо летает, поэтому при малейшей опасности мгновенно убегает или взлетает вверх.

Содержание

Банкивских кур считают больше декоративными. Их легко приручить, а содержание джунглевой банкивской курицы в домашних условиях не считается очень сложным. Для такой породы нужно большие вольеры, так как в маленьком они будут чувствовать себя неуютно. Место отмеряется в расчете – на одну курицу по 2-4 кв.м. курятника. На маленькой территории они смогут ужиться, если там будет только самец, так как два и больше будут постоянно драться за маленькую территорию.

Для того, чтобы куры имели возможность летать, высоту загона надо делать не менее 4-5 метров, а верх лучше закрыть сеткой.

Если сделать такой вольер не представляется возможным, рекомендуется подрезать перья для безопасности кур.

В вольере надо придумать курам место для сна. Лучше всего, если это будет дерево, хотя бы небольшое. К обычному насесту эта порода привыкает очень долго. Также надо сделать для кур и крытое помещение.

Температура

Джунглевая порода является теплолюбивой и живет обычно в жарких странах, потому им надо создавать такие же условия. Если летом очень жарко, надо сделать в загоне затененные места, где можно спрятаться от палящего солнца. Можно сделать небольшой купель для взрослых кур.

Зимой надо позаботиться о тепле жилища кур. Зимой кур не выпускают на улицу, а держат в теплом и сухом помещении, где температура держится в пределах 25-28 градусов. Не стоит забывать о просторе и освещении, а также насестах для сна. Пол устилают крупным пескам с мелким гравием, соломой и сеном, как на видео.

Питание

В неволе серая джунглевая курица хорошо ест зерно, семена и зелень.

Также можно баловать кур дождевыми червями и слизняками, улитками и гусеницами. Не стоит забывать про витамины, кальций и минералы. Для этого лучше всего подходят готовые премиксы. Всегда надо следить за тем, чтобы в вольере было достаточно мелкого гравия, который нужен курам для правильного пищеварения.

Высиживание

Молодняк в первый год гнездования может откладывать до 5 плодоспособных яиц, а уже в последующие до 10. Чаще всего курица сносит непарное количество яиц, так как они удобнее помещаются под ней. Цыплята появляются через 20 дней. Сначала цыпленок проклевывает маленькую дырочку в скорлупе и привыкает к кислороду, а спустя несколько часов выходит из яйца и сразу же может ходить и питаться сам.

Выведение

Яйцо этой породы считается плодоносным в течение недели после того, как его снесла курица, однако хранить его надо по специальной технологии. Для инкубаторов его держат вертикально, чтобы воздух собирался сверху, в теплом темном месте с повышенной влажностью. Инкубацию проводят при 37,5 градусов без спрыскивания, но при влажности не 60%.

Серая джунглевая курица очень популярна среди птицеводов и коллекционеров. Ее очень часто выращивают как декоративную птицу.

Курицы и их особенности. Кратко - Наука и Техника - Каталог статей

Происхождение курицы. В жарких странах юго-восточной Азии — в Индии, па Цейлоне и на Зондских островах — по густым кустарниковым зарослям еще и теперь водятся дикие банкирские кури, в которых легко узнать ближайших родичей нашей домашней курицы. У дикого банкивского петуха такое же яркое оперение, какое часто повторяется и у простых беспородных петухов, а также и у некоторых культурных пород: золотистая шея, красноватая спина, темные крылья и металлический, бронзовый отлив на хвостовых серповидных перьях. А дикая банкивская курочка, подобно нашим тетеркам, куропаткам и перепелкам, всегда имеет скромное рябоватое оперение, хорошо скрывающее ее среди зарослей; такая „куро-патчатая* окраска часто встречается и у наших домашних кур. Из всех диких куриных птиц только банковский петух поет «кукареку», и это еще больше подтверждает, что именно от прирученных банковских кур человек вывел и свою домашнюю курицу.

 

Что сделало курицу домашней птицей. Какие же ценные для себя качества нашел человек у диких прародителей наших домашних кур и как эти качества он использовал?

Во-первых, все куриные — довольно крупные и мясистые птицы, дающие съедобное и вкусное мясо. Во-вторых, дикие куры летают мало и проводят все свое время на земле. Приручив и одомашнив банкпвскую курицу, человек мог использовать эту особенность в своих интересах: наши домашние куры могут целыми днями пастись на подножном корму и не стремятся улететь со двора. Наконец, все куриные птицы относятся к — выводковым птицам. Это значит, что птенцы у них выходят из яйца настолько развитыми, что сразу становятся на ноги и целым выводком ходят за матерью-наседкой. Не то мы видим у птенцовых птиц, например у голубя или у галки,— там птенцы выходят из яйца голыми и беспомощными, и родителям приходится долго выкармливать их в гнезде. И мы сейчас поймем, какое большое значение имеет для нас то, что курица — не птенцовая птица, а выводковая.

 

Яйца у птенцовых птиц бывают сравнительно мелкие, и число яиц в гнезде бывает небольшое,— иначе родителям было бы не под силу выкармливать своих беспомощных птенцов. Наоборот, выводковые птицы кладут крупные яйца, — ведь в каждом яйце должен развиться не маленький голый птенец, а уже более крупное и развитое существо — цыпленок. А так как яйца служат нам для еды, то для хозяйственных целей оказываются выгоднее птицы, несущие более крупные яйца.

 

Но мало того, что куриные птицы несут крупные яйца,— они откладывают их целый десяток или даже больше — столько, сколько мать-наседка может покрыть своим телом. Для выводковых птиц это возможно потому, что здесь матери не приходится носить корм в гнездо, и самостоятельность цыплят очень облегчает для матери воспитание своего большого выводка. Это очень удобно и для человека, когда он разводит цыплят.

 

Если бы человек не вмешивался в жизнь курицы, то, отложив 10—15 яиц, курица начала бы их насиживать, как делают это ее дикие родичи. Однако человек, отбирая у курицы снесенные ею яйца и не давая ей насиживать, заставил курицу продолжать кладку и увеличил количество получаемых яиц вдесятеро (100—150 штук в год) и даже больше.

 

Породы кур. После того как курица была одомашнена, человек путем искусственного отбора вывел много различных пород, отличающихся друг от друга и по оперению, и по форме гребня, и по величине, и по другим признакам.

 

Для нас наиболее важное значение имеют такие породы, которые и хорошо несутся, и достаточно крупны, и вместе с тем выносливы, и мало страдают от холода и сырости. Таковы породы леггорн, плимутрок, род-айланд . Ими главным образом и заменяются у нас теперь мелкие беспородные куры.

 

Инкубация. Сидя на яйцах, наседка согревает их теплотой своего тела и время от времени их переворачивает. При таких условиях внутри яйца развивается зародыш, и на 21-й день из яйца выходит цыпленок. Л пока курица сидит на яйцах и затем ходит со своим выводком, она уже не несется.

 

Однако теплоту тела наседки оказалось возможным заменить теплом, получаемым искусственно, например от керосиновой лампы, от электрической грелки или от труб, наполненных теплой водой. Для этого строят особые приборы — инкубаторы. Они делаются в виде ящиков; внутри них помещаются яйца, которые обогреваются там проходящим мимо них подогретым воздухом. Нужно только, чтобы температура внутри инкубатора поддерживалась ровной и соответствовала температуре тела птицы, т. е. около 40°. Яйца нужно время от времени переворачивать, как это делает курица-наседка. Вывод цыплят при помощи инкубатора называется инкубацией. Благодаря применению инкубатора наседки становятся ненужными, и все куры продолжают нестись.

 

Первое время своей жизни цыплята нуждаются в тепле. Когда цыплята выведены наседкой, то они часто забираются к ней под крылья, и она согревает их теплотой своего тела. При искусственном выводе цыплят им устраивают «искусственную матку» или так называемый брудер. Он имеет вид зонта или широкого абажура, надвинутого на керосиновую лампу или небольшую печку. Собираясь вокруг этого зонта или абажура, цыплята получают необходимое для них тепло.

 

Теперь у нас существуют целые „фабрики цыплят"—большие птицеводные совхозы, в которых содержат по нескольку тысяч кур-несушек, а вывод цыплят производят только путем искусственной инкубации. Инкубаторы занимают там целые здания, и в них можно выводить сразу по нескольку десятков тысяч цыплят.

Куры и гуси

 

 

Куры. Предком разнообразнейших домашних пород кур является дикая кустарниковая, или банкивская, курица (Gallus gallus), которая и сейчас обитает в лесах Индии, Бирмы и на Малайском архипелаге.

 

Приручение ее относится к глубокой древности: домашние куры упоминаются в древнеиндейских писаниях за два с лишним тысячелетия до н. э. Уже примерно за полторы тысячи лет до н. э. они были известны в Китае. С другой стороны, куры проникли в Иран как предмет культа, причем петух своим пением давал возможность человеку узнавать время ночью. Из Ирана расселение кур в Россию шло двумя путями: прямым — на север и окружным — через Малую Азию, древнюю Грецию (куда они попали лишь за 500—400 лет до н. э.), Римскую империю, Среднюю Европу (начало христианской эры).

 

Воспитанием и отбором человек вывел многочисленные породы домашних кур, сильно отличающихся от своего дикого предка. Менее других изменена порода бойцовых кур. Чрезвычайно изменилась у кур яйценоскость: вместо 8—10 яиц, откладываемых в год дикой курицей, культурные породы несут за год до 300 яиц, а в рекордных случаях и больше. Кроме яйценосных пород, выведены и мясные, а также смешанной продуктивности.

 

В России имеется много отечественных пород кур, основное достоинство которых заключается в их приспособленности к местным условиям и неприхотливости: таковы украинские ушанки, юрловские, московские, голошейные, семиградские и ряд других. Широко разводятся в России и высокопродуктивные породы: леггорны, русская белая (универсальная порода, отличающаяся скороспелостью), лангшаны (мясные), виандоты (общепользовательные), нью-гемпшир и др.

 

Гуси. Одомашнение гусей, по-видимому, началось еще раньше, чем кур, и происходило более или менее одновременно в разных странах от двух основных корней. Западные (европейские) породы были выведены от дикого серого гуся (Anser anser), до сих пор широко распространенного в Европе и умеренной Азии. Китайские гуси, имеющие черные ноги и клюв и шишку при основании клюва, ведут свое происхождение от сухоноса (Cygnopsis cygnoid) — очень крупного гуся, свойственного югу Восточной Сибири, Внутренней Азии и Дальнему Востоку. В одомашненном состоянии гуси изменились сравнительно мало. Самая крупная из отечественных пород — холмогорские гуси, имеющие шишку на клюве, как и китайские гуси, и достигающие веса 10 кг. Они яйценоски, выносливы и хорошо откармливаются. Тулузские гуси, выведенные во Франции, достигают веса 16 кг и обладают прекрасным мясом, но несут мало яиц.

Еще интересные статьи по теме:

Родословная генома диких видов домашних кур | BMC Biology

Отбор проб, генетическая структура и разнообразие

Мы проанализировали 87 полногеномных последовательностей домашних кур ( n  = 53), красных джунглевых кур (Red ( n  = 6) и яванских красных ( n

 00 3)), серая джунглевая курица (

n  = 3), цейлонская джунглевая курица ( n  = 8), зеленая джунглевая курица ( n  = 12) и обыкновенный фазан ( n  = 2). Наш набор данных включал недавно секвенированные геномы со средней глубиной 30× вместе с общедоступными данными о последовательностях, которые варьировались от 8× до 14×. Во всех 87 геномах было названо 91 053 192 аутосомных однонуклеотидных полиморфизма (SNP). Сводная статистика для сопоставления прочтений и SNP представлена ​​в дополнительном файле 1: таблица S1.

Чтобы понять генетическую структуру и разнообразие четырех видов Gallus , мы провели анализ основных компонентов (PC) и примесей на основе аутосомных SNP, отфильтрованных для контроля неравновесия по сцеплению. PC1 четко отделяет зеленых джунглей от других видов Gallus , а PC2 отделяет красных, серых и цейлонских джунглей (рис.1b), где серые и цейлонские джунглевые куры расположены ближе друг к другу по сравнению с красными и зелеными джунглевыми курами. PC2 также отделяет подвид яванских красных джунглевых кур от других красных джунглевых кур. Анализ примесей резюмирует эти результаты, предоставляя некоторые доказательства общего происхождения между красными и серыми джунглевыми курами при K  = 3, но при оптимальных K  = 5 происхождение каждого вида джунглей отличается (рис. 1c).

Обнаружение истинной филогении

видов Gallus

Мы построили соседнее дерево и сеть NeighborNet, используя аутосомные последовательности 860 377 SNP, разделенных не менее чем 1  kb из общего числа 91 миллиона SNP, и дерево максимального правдоподобия на 1 849 580 экзонные SNP, извлеченные из полных аутосомных полногеномных SNP.Деревья были укоренены с обыкновенным фазаном в качестве внешней группы (рис. 2a, b; дополнительный файл 2: рисунок S1A). Наши результаты показывают, что серая и цейлонская джунглевые куры являются сестринскими видами и образуют кладу, сестринскую по отношению к кладе яванской красной джунглевой курицы, красной джунглевой курице и домашней курице, причем последние две являются парафилетическими. Зеленая джунглевая курица находится за пределами этой клады, что делает ее самым дивергентным видом джунглевых кур. Мы также наблюдаем такие же отношения для Z-хромосомы, как и для митохондриального (mt) генома (рис.2в, г соответственно). Однако последнее показывает, что изученные серые джунглевые куры действительно несут митохондриальный гаплотип домашних/красных джунглевых кур. Все деревья показывают родословную яванской красной джунглевой курицы, лежащую в основе родословной домашней/красной джунглевой курицы.

Рис. 2.

Полногеномная филогения рода Gallus. a , c , d Соседние филогенетические деревья для аутосом, Z-хромосомы и митохондриальной ДНК соответственно. b Матрица расстояний аутосом, построенная из сети NeighborNet SplitsTree4. d Три гаплотипа мтДНК серой джунглевой курицы, встроенные в линию домашней/красной джунглевой курицы, обозначены черной стрелкой. Все деревья укоренены в обыкновенном фазане Phasianus colchicus

Затем мы исследовали степень, в которой другие топологии представлены в аутосомном геноме, используя взвешивание топологии путем итеративной выборки, основанной на окнах из 50 SNP, поддеревьев. ( Твист ) [22].Во-первых, мы оцениваем пропорцию примесей в аутосомном геноме домашней курицы и красной джунглевой курицы. Мы получаем 71% для оценки Twiss на основе суммы топологий T1–T3, которые показывают монофилетическое родство между домашней курицей и красной джунглевой курицей (дополнительный файл 2: рисунок S1C).

Анализ был проведен трижды с использованием домашней курицы, красной джунглевой курицы или яванской красной джунглевой курицы, а также серой, цейлонской и зеленой джунглевых кур и обыкновенного фазана (внешняя группа). Twiss оценивает относительную частоту встречаемости (т. е. вес) каждой из 15 возможных топологий для этих 5 таксонов для каждого окна и по всему геному.

Наиболее взвешенная топология по всему геному (T12), составляющая ~ 20% генома, поддерживает филогению генома аутосомных видов: джунглевая курица)), зеленая джунглевая курица), обыкновенный фазан) (рис. 3), в то время как вторая по величине топология, T9 (в диапазоне 18–19%), вместо этого помещает зеленую джунглевую курицу в качестве сестринских видов по отношению к серой и цейлонской джунглевой курице: (( ((Серая джунглевая курица, Цейлонская джунглевая курица, Зеленая джунглевая курица), Домашняя или красная джунглевая курица или Яванская красная джунглевая курица), Обыкновенный фазан). Существуют также веса для других топологий. В частности, топологии 3 (~ 2,9%), 10 (~ 7,7%) и 15 (~ 4,2%) демонстрируют сестринские отношения между домашней/красной джунглевой курицей и серой джунглевой курицей; топологии 6 (~ 2,2%) и 11 (~ 6%) между цейлонской джунглевой курицей и домашней/красной джунглевой курицей; и топологии 1 (~ 3,2%), 4 (~ 3,1%) и 13 (~ 9,7%) между зеленой джунглевой курицей и домашней/красной джунглевой курицей.

Рис. 3.

Взвешивание топологии путем итеративной выборки поддеревьев ( Twisst ). a 15 возможных топологий (T1–T15) из 5 таксонов. Поскольку количество возможных топологий лучше всего подходит для максимум 5 таксонов [22] и при наличии 7 таксонов в этом исследовании, мы провели анализ трижды: с b домашней курицей «D», c красной джунглевой курицей « R» и d Яванская красная джунглевая курица «J». Средние веса (%) для каждой из 15 топологий включены в каждую полосу, а также указаны на оси Y . Домашняя курица или Красная джунглевая курица или Яванская красная джунглевая курица (DRJ), Серая джунглевая курица (Gy), Цейлонская джунглевая курица (Cy), Зеленая джунглевая курица (Gn) и Обыкновенный фазан (CP)

Результат TreeMix показывает сходные тенденции в филогенетических отношениях ( как указано выше), но это указывает на несколько историй смешения, а именно от красных джунглевых кур к серым джунглям, от цейлонских джунглей к красным джунглям и от корня монофилии серых и цейлонских джунглей к зеленым джунглям (дополнительный файл 2 : рисунок S1B), причем последний соответствует топологии 9 на рис.3а.

Время дивергенции видов

Мы использовали два подхода для оценки времени дивергенции между линиями. Сначала мы измерили среднее аутосомное абсолютное расхождение попарных последовательностей между каждой парой видов. Эта мера представляет собой сумму накопленной дивергенции последовательностей, поскольку в предковой популяции существовали различия в видообразовании и попарных нуклеотидах. Чтобы оценить время разделения видов, мы скорректировали эту меру дивергенции в сторону уменьшения, вычитая предполагаемое наследственное разнообразие, которое мы приняли как среднее разнообразие между двумя таксонами (т.е. д а [23]). Время указано в годах (см. раздел «Материалы и методы»). Среди джунглевых птиц время расхождения составляет несколько миллионов лет, а именно ~   1,2 млн лет назад (миллион лет назад) между красными и яванскими красными джунглевыми курами, ~   1,8 млн лет назад между серыми и цейлонскими джунглями, ~ 2,6–2,9 млн лет назад между красными/ Красные яванские и серые/цейлонские джунглевые куры, и ~ 4 млн лет назад между зелеными и другими видами джунглей, в то время как виды джунглей и линии обыкновенных фазанов разошлись на ~ 21 млн лет назад (подробности всех парных расчетов расхождения см. в Таблице 1).Эти времена расщепления согласуются с родственными деревьями аутосом и Z-хромосомы (рис. 2). Используя тот же подход, мы оцениваем 8093 (ДИ 7014–8768) года накопленного времени дивергенции (одомашнивания) между домашней курицей и красной джунглевой курицей (таблица 1).

Таблица 1 Время расхождения (прямые оценки) между видами джунглей и обыкновенным фазаном во внимание эффективный размер популяции и миграция между видами.Мы оценили ∂a∂i из SFS, используя информацию о полном геноме, полученную из файлов карт бинарного выравнивания. В среднем и по разным попарным анализам наши результаты показывают, что предок рода Gallus имел эффективный размер популяции не менее 1 миллиона. Поскольку ∂a∂i использует SFS, время попарного расхождения с серой джунглевой курицей, яванской красной джунглевой курицей и обыкновенным фазаном не было включено в этот анализ из-за небольшого размера выборки. Время расхождения было оценено как ~ 5.7 млн ​​лет назад (ДИ 4,9–6,1 млн лет назад) между красными и зелеными джунглями, ~ 3,0 млн лет назад (ДИ 2,6–3,2 млн лет назад) между красными и цейлонскими джунглями, ~ 2,2 млн лет назад (ДИ 1,9–2,4 млн лет назад) между цейлонскими и зелеными джунглевых кур и 81 тыс. лет назад (70–89 тыс. лет назад) между домашними курами и красными джунглевыми курами (таблица 2).

Таблица 2. Оценки времени расхождения ∂a∂i между видами джунглей

Полногеномные тесты на интрогрессию между джунглями и домашней курицей общие аллели между домашней курицей и видами

Gallus .Мы использовали D -статистику [24, 25] для проверки полногеномного избытка общих аллелей между домашней курицей и каждым из некрасных видов джунглевых кур по сравнению с красными джунглевыми курами. D значительно больше нуля с высокими показателями Z во всех трех случаях (таблица 3), что указывает на возможную интрогрессию между домашней курицей и серой, цейлонской и зеленой джунглевыми курами. Однако, поскольку серая и цейлонская джунглевые куры являются сестринскими видами, интрогрессия только одного из этих видов в домашнюю курицу может дать значительно положительные значения D в обоих тестах.Соответственно, расчетные пропорции примеси ( f ) близки в обоих случаях, ~ 12% и ~ 14% для серой и цейлонской джунглей соответственно. Расчетные пропорции примесей ниже для Z-хромосом: ~ 6% для серых джунглевых кур и ~ 10% для цейлонских джунглей. Между домашней курицей и зеленой джунглевой курицей они составляют ~ 9% для аутосом и ~ 7% для Z-хромосомы.

Таблица 3 Статистика Паттерсона D и пропорция примеси

Мы также оценили пропорцию примеси ( f ) для аутосомного генома между домашней курицей и красной джунглевой курицей.Мы получили значение 79% между двумя видами, что ближе к 71% из оценки доли деревьев Twiss (дополнительный файл 2: рисунок S1C).

Сканирование генома на наличие интрогрессивных областей

Чтобы идентифицировать конкретные локусы, несущие интрогрессивный аллель, мы рассчитали f d [26], которые оценивают долю локальной примеси в пределах определенного размера окна в 100 kb. Этот размер окна был выбран потому, что он намного больше, чем ожидаемый размер участков общего предка в результате неполной сортировки по происхождению (ILS) между этими видами. Учитывая предполагаемое время их дивергенции и скорость рекомбинации 3 × 10 –8 , можно было бы ожидать, что участки общей изменчивости между видами, возникшие в результате ILS, будут очень небольшими, порядка ~ 8  п.н. (95% ДИ 7– 10 пн) в среднем (см. раздел «Материалы и методы»). Затем мы разделили домашних кур на три группы в зависимости от их географического происхождения и географического расположения видов джунглевых кур: ( i ) Домашние куры из Эфиопии и Саудовской Аравии (географическое распространение к западу от серых и диких красных джунглевых кур) , ( ii ) домашние куры из Шри-Ланки, обитающие на том же острове, что и цейлонские джунгли, и ( iii ) домашние куры из Юго-Восточной и Восточной Азии, в том числе две породы (кеду-хитам и суматра) с индонезийских островов, географической области где встречаются красная и зеленая джунглевые куры, а также лангшанская порода, отобранная в Великобритании, но родом из Китая (рис.1а и рис. 4г).

Рис. 4.

Критерий f d для сравнения популяций серых джунглевых и домашних кур из a Эфиопии и Саудовской Аравии, b c 901 Шри-Ланки и 90 Юго-Восточная Азия (Индонезия) и Восточная Азия (Китай). d Географическая карта с указанием стран и регионов происхождения каждой популяции домашних кур. Серая джунглевая курица G. sonneratii географическое распространение - Индия . Гены в областях-кандидатах, выделенных их размерами, описаны в дополнительном файле 4: таблица S2 и дополнительном файле 8: таблица S3. Ось Y : f d значение от 0 до 1, ось X : число аутосомных хромосом от 1 до 28. См. дополнительные файлы 16 и 19 для сравнения домашних и цейлонских и домашних и зеленых джунглевых кур , соответственно

Интрогрессивные локусы-кандидаты, выявленные f d , дополнительно подтверждаются дополнительными статистическими данными, включая взаимосвязь между топологиями и долей примеси в интрогрессированном локусе, дивергенцию нуклеотидов ( dxy ), генетическую дифференциацию (9005 ) и сеть/дерево гаплотипов. Сначала мы протестировали эти подходы на хорошо известном локусе интрогрессии желтой кожи у кур (chr24: 6 107 101–6 135 115 bp, на основе ссылки GRCg6a). Результаты этих статистических данных согласуются с ранее опубликованными результатами [10] для желтой кожи у домашних кур, которые сгруппированы с серыми джунглями. Нежелтые носители кожи сгруппированы с красными джунглевыми курами (дополнительный файл 3: рисунок S2).

Для анализа интрогрессии между домашней курицей и серой джунглевой курицей большинство пиков интрогрессировано от домашней/красной джунглевой курицы к серой джунглевой курице (см. докторскую диссертацию Рамана Акиньянью Лавала [9]).Мы выбрали здесь три наиболее экстремальных пика f d , которые одинаковы для всех трех групп домашних кур для дальнейшего исследования (рис. 4): область размером 26 Мб на хромосоме 1 в хромосомном положении 141 287 737–167 334 186  п.н., область размером 9 млн пн на хромосоме 2 в положении 11 022 874–19 972 089 пн и область размером 2,8 млн пн на хромосоме 4 в положении 76 429 662–79 206 200 пн (дополнительный файл 4: таблица S2; рис. 6a; дополнительный файл 5: рисунок S3A, дополнительный файл 6: рисунок S4A, дополнительный файл 7: рисунок S5A).И деревья гаплотипов, и сети показывают вложенность некоторых гаплотипов серых джунглевых кур в родословную домашних кур, что согласуется с интрогрессией домашних кур/красных джунглевых кур в серых джунглевых кур (дополнительный файл 5: рисунок S3, дополнительный файл 6: рисунок S4, дополнительный файл 7: рисунок S5 (B–C)). Эти результаты дополнительно подтверждаются Twisst , который указывает на локальное снижение веса топологии видов и увеличение веса для обеих топологий (((серая джунглевая курица, домашняя, красная джунглевая курица), обыкновенный фазан) и ((( Серая джунглевая курица, красная джунглевая курица), домашняя), обыкновенный фазан) (дополнительный файл 5: рисунок S3D, дополнительный файл 6: рисунок S4D, дополнительный файл 7: рисунок S5D).Кроме того, в интрогрессированном регионе-кандидате dxy и Fst снижаются между домашней курицей и серой джунглевой курицей, но не между домашней курицей и красной джунглевой курицей (дополнительный файл 5: рисунок S3, дополнительный файл 6: рисунок S4, дополнительный файл 7 : Рисунок S5 (E – F)). Эти большие геномные области демонстрируют все ожидаемые сигналы недавней интрогрессии домашних кур/красных джунглевых кур в серых джунглевых кур.

Затем мы исследовали противоречивую интрогрессию кандидатов в трех сравнениях географических групп домашних кур, т.е.е. пики присутствуют только в одном или двух сравнениях. На рис. 4а ясно представлены большинство этих интрогрессивных сигналов. Затем мы выбрали восемь пиков (дополнительный файл 8: таблица S3). Длина последовательности для этих участков колеблется от 100 до 500  т.п.н. Деревья и сети гаплотипов показывают, что гаплотипы домашних кур (обозначаемые здесь как targetDom) вложены в гаплотипы серых джунглевых кур или близки к ним, что подтверждает интрогрессию серых джунглевых кур в домашних кур в этих регионах (рис. 5A; дополнительный файл 9: рисунок S6, Дополнительный файл 10: рисунок S7, дополнительный файл 11: рисунок S8, дополнительный файл 12: рисунок S9, дополнительный файл 13: рисунок S10, дополнительный файл 14: рисунок S11, дополнительный файл 15: рисунок S12). Результаты Twisst указывают на локальное увеличение веса для топологии (((Серая джунглевая курица, targetDom), Красная джунглевая курица, Обыкновенный фазан) с пропорциями от 61 до 80%, что намного выше, чем топология вида (((Красная джунглевая курица, targetDom), серая джунглевая курица), обыкновенный фазан) в диапазоне от 14 до 28%, а другая альтернативная топология (((серая джунглевая курица, красная джунглевая курица), targetDom), обыкновенный фазан) в диапазоне от 6 до 11%. Эти локусы также характеризуются пониженными значениями dxy и Fst между серой джунглевой курицей и домашней курицей и повышением dxy и Fst между красной джунглевой курицей и домашней курицей (рис.5; Дополнительный файл 9: рисунок S6, дополнительный файл 10: рисунок S7, дополнительный файл 11: рисунок S8, дополнительный файл 12: рисунок S9, дополнительный файл 13: рисунок S10, дополнительный файл 14: рисунок S11, дополнительный файл 15: рисунок S12 (E –Ф)). Эти регионы интрогрессии серых джунглей в основном встречаются у эфиопских кур ( n  = 8), чем у кур из Саудовской Аравии ( n  = 3). Четыре области также обнаружены у шри-ланкийской курицы, две у суматранских кур, по одной у куры Кеду Хитам и одна у диких красных джунглевых кур (дополнительный файл 8: таблица S3).Интрогрессия, обнаруженная на хромосоме 5, также присутствовала у европейской модной породы кур (Mechelse Koekoek, дополнительный файл 12: рисунок S9). Интрогрессии серых джунглей у ланшанских кур не обнаружено. В этих восьми регионах на хромосоме 12 наблюдается кандидат на двунаправленную интрогрессию длиной 100 т.п.н. с одним гаплотипом серой джунглевой курицы, вложенным в линию домашней/красной джунглевой курицы (дополнительный файл 15: рисунок S12).

Рис. 5.

A 120 т.п.н. (Chr 6: 21 729 370–21 849 500 bp, на основе ссылки GRCg6a) интрогрессировал регион от серой джунглевой курицы к домашней курице. А ф г участок. B Twisst участок ( B 1 его топологии и B 2 их пропорции). Наиболее последовательная топология (80%) имеет монофилетические отношения между targetDom (интрогрессированные домашние гаплотипы) и серыми джунглевыми курами. C dxy и D Fst . Eth, Sau, SriLanka и SE + E — домашние куры из Эфиопии, Саудовской Аравии, Шри-Ланки и Юго-Восточной Азии (Индонезии) + Восточной Азии (Китай) соответственно.targetDom — это интрогрессированные гаплотипы домашних кур от Grey Junglefowl (GreyJ), обозначенные как ( * ) в сети, основанной на гаплотипах E , и F в дереве максимального правдоподобия

Меньшее количество областей-кандидатов можно обнаружить в f d между домашней курицей и цейлонской джунглевой курицей (дополнительный файл 16: рисунок S13). В большинстве исследованных регионов-кандидатов деревья и сети гаплотипов указывают на неразрешенные отношения, тогда как некоторые демонстрируют интрогрессию серой, а не цейлонской джунглевой курицы в домашнюю курицу.Путем дальнейшего анализа каждого пика на графике мы идентифицировали четыре кандидата на интрогрессию областей от цейлонской джунглевой курицы до домашней курицы: три на хромосоме 1, охватывающие 6,52 Мб, 3,95 Мб и 1,38 Мб; и один на хромосоме 3, охватывающий 600 kb (дополнительный файл 8: таблица S3). Сети гаплотипов и другие статистические данные показывают интрогрессию цейлонской джунглевой курицы в один гаплотип домашней курицы из Шри-Ланки для трех областей-кандидатов на хромосоме 1 (дополнительный файл 17: рисунок S14) и в двух шри-ланкийских домашних кур для области хромосомы 3. (Инжир.6б; Дополнительный файл 18: рисунок S15). Область размером 1,38 Мб на хромосоме 1 также демонстрирует интрогрессию от домашней/красной джунглевой курицы к серой джунглевой курице (дополнительный файл 17: рис. S14C). Для четырех интрогрессивных регионов Twisst показывает наивысший вес для топологии, объединяющей целевые образцы домашних кур с цейлонской джунглевой курицей. Только одна область-кандидат, область размером 100 т.п.н., на хромосоме 5 демонстрирует признаки интрогрессии от домашней/красной джунглевой курицы к цейлонской джунглевой курице. Эта интрогрессия поддерживается как сетью гаплотипов, так и весовыми коэффициентами топологии (дополнительный файл 4: таблица S2; рис.6в).

Рис. 6. Топологии

( Twsst ), их оценочные пропорции и сетевой анализ интрогрессии от домашней курицы a до серой джунглевой курицы (2,8 Mb, Chr 4: 76,429,662–79,2906,200p), 3b000p, 190 0b от цейлонской джунглевой курицы до домашней курицы (600 kb, Chr 3: 108 325 801–108 925 700 bp), c домашней курицы/красной джунглевой курицы до цейлонской джунглевой курицы (100 kb, Chr 5: 49 333 700–49 433 700 900 bp1) и домашней джунглевой курицы цыпленок (100 т.п.н., Chr 5: 9 538 700–9 638 700 п.н.), на основе ссылки GRCg6a.(*) интрогрессивные гаплотипы. TargetGreyJ, targetDom и targetCeylon в Twiss являются интрогрессированными, как показала сеть, гаплотипами серой джунглевой курицы, домашней курицы и цейлонской джунглевой курицы соответственно

. между зеленой джунглевой курицей и группами домашних кур (дополнительный файл 19: рисунок S16). Однако и дерево гаплотипов, и сеть поддерживают интрогрессию только в одном случае, в области размером 100 т. п.н. на хромосоме 5 в положении 9 538 700–9 638 700 п.н. (рис.6д; Дополнительный файл 20: рисунок S17). Здесь интрогрессия присутствовала в 10 из 16 гаплотипов Лангшаня (дополнительный файл 8: таблица S3). Эта интрогрессия была подтверждена высоким весом для топологии, группирующей образцы интрогрессированных домашних кур с зеленой джунглевой курицей, а также сокращенными d XY и F ST между домашней курицей и зеленой джунглевой курицей (Дополнительно) файл 20: рисунок S17).

Городские власти Ки-Уэста запретили людям кормить диких кур, а также голубей.

В Ки-Уэсте вам теперь запрещено кормить диких кур, которые бродят по острову.

И не начинайте с голубей и уток, говорят городские власти.

В новое постановление, запрещающее людям кормить диких городских кур или оставлять им еду или воду, были внесены поправки, чтобы добавить голубей, уток и гусей к запрету на кормление.

После предварительного одобрения нового закона 20 января городская комиссия Ки-Уэста во вторник вечером провела второе единогласное голосование за принятие окончательного постановления, которое спонсировал городской комиссар Клейтон Лопес.

«У нас проблемы с цыплятами», — сказал Лопес в среду, добавив, что постановление касается вопросов здоровья и безопасности.

Куры часто ведут себя беспорядочно и, как известно, пускают корни в местах, где их часто кормят.

Центр дикой природы Ки-Уэста и город ранее просили людей не кормить диких птиц, говоря, что это вредно для цыплят, потому что еда, оставленная на земле, может быстро испортиться.

Закон о запрете кормления связан и с другими проблемами.

«Птица в городе может создавать неприятные ощущения, переносить и распространять болезни, разрушать собственность и вызывать большое количество фекальных отложений на общественной собственности», — говорится в новом законе.

Согласно постановлению, теперь незаконно кормить «домашней птицей», которая определяется как цыплята, утки и домашняя птица, включая, помимо прочего, голубей или гусей. По словам помощника городского прокурора Наталии Меллис, расширенное определение того, что нельзя кормить, скорее всего, закроет лазейку.

«Мы внесли это изменение, чтобы решить проблему, связанную с тем, что теперь люди будут пытаться заявить, что кормят голубей, а не цыплят», — сказал Меллис.

Офицеры по соблюдению Кодекса будут следить за соблюдением постановления, которое вступило в силу сразу после голосования во вторник. Если вас поймают за кормлением птиц, вам грозит штраф в размере 250 долларов в день за первое нарушение и 500 долларов в день за повторное нарушение.

Эта история была первоначально опубликована 3 февраля 2021 г., 15:42.

Гвен Филоса освещает Ки-Уэст и Нижние Флорида-Кис для FLKeysNews.com и Miami Herald и живет в Ки-Уэсте. Она работала в New Orleans Times-Picayune, которая в 2005 году получила две Пулитцеровские премии за освещение урагана Катрина. Окончила Университет Индианы.

куриных денег сейчас! - Терри Сэвидж

«Куриные деньги» — это деньги, которые вы не можете позволить себе потерять. Это так просто. Сумма куриных денег, которая вам нужна, зависит от вашего общего финансового положения, этапа жизни и терпимости к риску. Практически всем нужны деньги, которые не предназначены для обычных расходов и не являются частью вашей инвестиционной программы.

Куриные деньги следует откладывать в безопасные краткосрочные инвестиции, такие как застрахованные банковские сертификаты, взаимный фонд денежного рынка или государственные казначейские векселя США. Вы можете получить очень небольшую отдачу от своих денег, но вам не нужно беспокоиться о возврате ваших денег!

Примечание. Важно сравнить доходность этих безопасных инвестиций. В настоящее время процентные ставки по депозитным сертификатам в банках могут быть намного ниже почти 2,5-процентной доходности, которую вы можете получить по казначейским векселям. (Прочитайте мою недавнюю колонку о том, как покупать казначейские векселя на сайте www.TerrySavage.com.)

Долгий забег

В долгосрочной перспективе эти безопасные инвестиции не опередят инфляцию, как можно ожидать от диверсифицированного портфеля акций. Но они считаются по существу «безрисковыми» местами для размещения ваших денег. Время подумать о своей терпимости к риску наступает, когда все спокойно, а не в разгар резких движений на фондовом рынке.

К сожалению, недавняя история заставила людей забыть о возможности того, что рынок может упасть — и оставаться на этом уровне — дольше, чем вы можете себе представить.На медвежьем рынке 1972–1974 годов индекс Доу-Джонса упал с более чем 1000 пунктов до минимума в 570 пунктов, то есть почти на 50 процентов. Хуже того, рынок оставался на уровне около 800 в течение почти десяти лет, что заставило многих отказаться от акций.

Имея «куриные деньги» в стороне, вы можете позволить себе роскошь принимать разумные решения, когда другие паникуют. Знание того, что у вас есть значительная часть ваших заначек в месте, которое не позволит им треснуть, дает вам самодисциплину, чтобы придерживаться разумного, долгосрочного плана инвестиций в акции.

Что теперь делать

Еще не поздно пересмотреть свою потребность в куриных деньгах и переместить несколько долларов из категории риска в категорию «хорошего сна». В конце концов, вы все еще должны иметь много прибыли от 10-летнего бычьего рынка. Вот как начать:

  • 40л(к) План. Эти пенсионные планы предназначены для долгосрочных инвестиций, предназначенных для приумножения денег молодых работников с годами. В результате в них очень мало инвестиций, предназначенных для того, чтобы вы могли «убежать» от риска! Но пожилые работники должны защищать прибыль.
  • Просмотрите варианты инвестиций в своем плане. Если ваш план не предлагает фонд денежного рынка, отметьте вариант «фонд со стабильной стоимостью». На самом деле это договор страхования, по которому выплачивается стабильно низкая процентная ставка, но при этом гарантируется сохранность основного долга. Или ваши 40l(k) могут предложить очень краткосрочный фонд облигаций с высоким рейтингом. Облигации теряют ценность, когда процентные ставки растут, но более короткая продолжительность этих фондов ограничит убытки.
  • Пролонгированные счета IRA. Всегда продлевайте свои 40 л (к), когда увольняетесь с работы или уходите на пенсию, потому что вы найдете более широкий выбор вариантов инвестирования вне плана вашей компании. (Вы не можете пролонгировать, если вы все еще работаете в компании.) Если у вас все еще есть деньги в старом плане от предыдущего работодателя, свяжитесь с Vanguard или Fidelity, чтобы сделать прямой пролонгацию, а затем выберите более консервативные инвестиции.
  • Фонды на целевую дату. Многие работники по умолчанию вкладывают эти фонды в пределах своих 40 фунтов стерлингов, думая, что они справятся с риском. Но даже при приближении выхода на пенсию многие из этих планов очень сильно зависят от фондового рынка, поскольку они планируют рост во время выхода на пенсию. Не бойтесь перевести часть денег в фонд стабильной стоимости или краткосрочных облигаций, чтобы защитить свою прибыль.

В долгосрочной перспективе фондовый рынок и Америка всегда были выигрышной ставкой. И если вы не собираетесь отказываться от своего плана еще двадцать или более лет, не позволяйте рыночным заголовкам помешать вам придерживаться своего обычного инвестиционного плана. Даже пенсионеры нуждаются в некоторой консервативной позиции на фондовом рынке, чтобы стимулировать рост и защитить от инфляции.

Но придерживаться разумного инвестиционного плана становится намного проще, если у вас достаточно «куриных денег», чтобы пережить несколько плохих рыночных лет.И это «Дикая правда».

Город Южная Джорджия строит самый большой в мире топиарий в честь своих диких птиц

Пятница должна была стать первым днем ​​Фестиваля диких цыплят в городе Фицджеральд в Южной Джорджии.

Мероприятие было отменено из-за опасений распространения коронавируса.

Но как стая птиц из Индии поселилась в Фицджеральде? Эта история длится более 50 лет, проходит через неудачную правительственную программу и заканчивается тем, что станет крупнейшим в мире топиарием.

София Салиби из GPB сообщает о том, как стая диких птиц из Индии стала синонимом города Фицджеральд.

Ян Гелдерс — это человек, с которым можно поговорить, если вы хотите узнать что-нибудь о свободном выгуле птиц в Фицджеральде.

Кажется, она знает о них все и рассказала о них всем, от Одюбона до National Geographic.

Она выросла в Фитцджеральде, но уехала из города, когда ей было 16 лет. Когда она вернулась в 80-х, появились цыплята, сказала она.

«Я только что заметила, что в городе бегают куры, и, как все думают, может быть, они выбрались из курятника, — сказала она. — Я все смотрела на этих кур и спрашивала. Они не были похожи на ваших обычных цыплят."

Из Индии Фицджеральду

Так откуда взялись цыплята?

В 1950-х годах Управление рыболовства и дикой природы США отправило эколога по имени Гарденер Бамп, чтобы он выследил следующую крупную дичь для американских охотников.Он путешествовал по миру и в конце концов нашел бирманскую курицу джунглей в Индии.

Некоторых он отправил на воспитание в Джорджию.

Ни одна из птиц, которых пытался представить Бамп, не выжила, включая джунглей, и программа была закрыта.

Но несколько человек из Фитцджеральда прихватили яйца джунглевых кур из местного инкубатория и позволили своим цыплятам вырастить их.

Лесная курица обрела новый дом и живет здесь уже полвека.

"Большая курица" Фитцджеральда

Тот факт, что птицы стали синонимом города, — это то, на что мэр Джим Пакетт делает ставку в своем новом крупном проекте — 62-футовой стрижке в форме цыпленка.

Он был вдохновлен 56-футовым «Большим цыпленком» в ресторане Marietta Kentucky Fried Chicken. Топиарий становился чуть выше, пока он не узнал, что самый большой в мире топиарий, Микки Маус в Дубае, достигает 60 футов.

Эти 2 дополнительных фута поставят городу мировой рекорд. Внутри также будет AirBnB.

«Большая курица» Фитцджеральда еще не закончена.

Пакетт сказал, что некоторым он может показаться сумасшедшим, проект уже дал результаты, на которые он надеется

«Мы получили телефонные звонки от людей со всего мира, мэр, говорящих: «У меня в руках моя кредитная карта.Я готов остаться в этой курице». 

Даже губернатор Брайан Кемп был в восторге, когда Пакетт столкнулся с ним недавно.

«Он сказал: «Как летит эта большая птица?» Если это будет моим наследием, то оно будет делать то, что мне нужно, и вызывать интерес у города Фицджеральд».

 

«Только коренные жители для нас»

Гелдерс сказал, что топиарий великолепен, но еще многое предстоит сделать, чтобы обезопасить птиц.

«Я всегда страстно хотел, чтобы город принял эту птицу как нашу собственную дикую птицу, потому что это означало бы, что она находится под защитой.

Бирманская джунглевая курица — не просто обычная птица. Ученые обнаружили, что они являются общим предком миллиардов цыплят на планете сегодня.

В Индии их становится все меньше и меньше, поэтому для таких исследователей, как Лиер Брисбин, важно, чтобы птицы в Фицджеральде, происходящие от чистых бирманских джунглей, не подвергались опасности.

«Я надеюсь украсить пониманием генетической важности курицы как самого важного источника мясного белка для потребления человеком в мире [и] того, что гены, с которых началось все, что является некоторыми генами, находятся в Фитцджеральде. птицы.

Для Гелдерс ее связь с птицами более личная.

«Он является коренным только для нас и стал коренным для Фицджеральда, так что он заслуживает защиты», — сказала она.

Вот почему Гелдерс сказала, что хотела бы увидеть городской закон, защищающий птиц Фитцджеральда.

Как держать диких птиц подальше от курятника • The Prairie Homestead

Как поселенцы, мы довольно привыкли быть странными…

Потому что, скажем прямо, держу пари, что *большинство* ваших друзей, скорее всего, не топят жир, не выясняют, как снять сливки со свежего молока, и не измельчают домашнюю квашеную капусту.

Но недавно я начал заниматься чем-то совершенно новым, странным… Настолько, что часто заранее предупреждаю друзей, чтобы они не подумали, что я совсем сошел с ума. (По крайней мере, не больше, чем они уже делают)

Предыстория:

Прошлым летом каждый раз, когда я заходил в свой курятник, мне казалось, что я в фильме Альфреда Хичкока « Птицы ». Как только я открывал дверь, меня встречала бешеная стая воробьев, которые начинали бешено летать по курятнику и неловко приближались к моему лицу… И волосам.Не то чтобы мои волосы были каким-то шедевром или чем-то в этом роде, но я точно не хотел, чтобы одна из их крошечных птичьих лапок застряла в моем неряшливом пучке.

Нужно было что-то делать, чтобы дикие птицы не лезли в мой курятник…

Почему дикие птицы и куры не смешиваются

Некоторые из вас могут подумать, что я немного хладнокровен из-за того, что хочу выгнать воробьев из своего курятника, но у меня есть две вполне законные причины для моей вендетты, помимо всей этой истории с птицей в моих волосах. :

1.Дикие птицы могут быть переносчиками болезней, которые могут передаться вашему куриному стаду.

2. Дикие птицы скосят ваш куриный корм. Для реалов. Мне казалось, что прошлым летом я безостановочно наполнял кормушку для цыплят. Добавление стаи из 20 воробьев улучшит ваши запасы корма, и, учитывая, что я кормлю прекрасным, не содержащим ГМО, специально приготовленным кормом (мой рецепт доступен в моей книге Natural Homestead) , я не стал очень хочется поделиться.

Мое безумное решение, чтобы держать диких птиц подальше от курятника

Когда я начал искать способ решить проблему с воробьями, все советы казались милыми, ну мля…

Люди предложили просто держать двери курятника постоянно закрытыми ( мои куры были бы в ярости.. ) или предлагать только очень небольшое количество корма несколько раз в день, чтобы избежать воровства диких птиц. ( Мне лень следить за такой программой. )

Ни один из этих вариантов меня не устроил, поэтому я копнул глубже.

И нашел свое решение в виде… ( вы готовы к этому? Это довольно высокотехнологично…)

Диски и вязальный шпагат.

О да, детка.

Теперь вы понимаете, почему я предупреждаю людей, прежде чем они войдут в мой курятник? Это немного странно.

Конечно, я сначала скептически отнесся к тому, что это вообще сработает, но решил, что попробовать не помешает.

Я порылся в своей коллекции компакт-дисков ( да, как в компакт-диске ), чтобы найти старые, поцарапанные, которые больше не воспроизводятся. Я провязал кусок бечевки через отверстие, а другой конец прикрепил к потолку курятника, и вуаля!

Высокотехнологичные ловушки для воробьев.

Ешь свое сердце, Марта Стюарт.

Но помогают ли они отпугивать диких птиц от курятника?

Да, да, да! Это выглядит странно, но это работает! В течение 24 часов после того, как я повесил свой компакт-диск/шпагат, воробьи исчезли.И не вернулись.

Я предполагаю, что птицам не нравятся блестящие, качающиеся предметы, беспорядочно свисающие с потолка, поэтому это эффективное средство отпугивания.

Я проверил теорию, вынув на время компакт-диски. Конечно же, воробьи вернулись, но снова исчезли, как только я их снова повесил.

Так что да, я похожа на девчонку-поселенку, которая совсем потеряла свои шарики, когда ты заходишь в мой курятник, но мне все равно. Я нашел успешный способ, как отпугивать диких птиц от курятника.Мне больше не нужно пригибаться и нырять, когда я проверяю своих цыплят, и мой запас корма длится намного дольше.

И это, друзья мои, то, что вы называете старым добрым дворовым халтурщиком. 🙂

Пссст. Нравятся странные маленькие советы, подобные этому? Каждую неделю я отправляю электронное письмо с 4-5 моими любимыми советами за неделю. Обычно он включает в себя один или два рецепта, продукты для животных и сумасшедшие находки, подобные этому. Я называю это набором инструментов Homestead. Это на 100% бесплатно, и вы можете зарегистрироваться ЗДЕСЬ.

Больше постов, которые вам понравятся:

 

 

 

Генетика адаптации у современных кур

Обнаружение миллионов высококачественных SNP

Биоинформатический анализ с использованием описанных критериев выявил ~26,3 миллиона предполагаемых SNP и INDEL. После фильтрации был сохранен более 21 миллиона высококачественных биаллельных SNP, которые были либо сегрегированы, либо зафиксированы за нереференсные внутри популяции. Сохранившиеся варианты были распределены в геноме со средней плотностью 1 SNP на каждые ~50 оснований. Около 34% этих SNP (n = 7 146 382) ранее не сообщалось. Количество SNP, обнаруженных в каждой популяции, варьировало от 7,6 до 17,4 млн (табл. 1). Для линий-несушек доля расщепляющихся вариантов была довольно низкой, в среднем 57% от общей изменчивости, в то время как соответствующий средний показатель для бройлеров составлял 65%. Только RJFt несет 86% всех обнаруженных вариантов. Эти результаты показывают, что несушки утратили значительную часть генетического разнообразия, присутствующего у их диких предков, на что также указывают значительно более низкие уровни нуклеотидного разнообразия ( π ) у LR (0.15–0,20%) по сравнению с тем, что наблюдается в RJFt (0,40%; таблица 1), хотя существует вероятность того, что разнообразие нуклеотидов в RJFt несколько завышено, если было отобрано несколько субпопуляций в северном Таиланде. Низкое нуклеотидное разнообразие RJFi (0,13%), по-видимому, связано с тем, что эта популяция в течение многих лет сохранялась как небольшая закрытая гнездящаяся популяция. Наблюдаемое снижение нуклеотидного разнообразия в линиях несушек в основном связано с небольшим числом основателей и многими поколениями скрещивания внутри замкнутых линий с ограниченным размером популяции, а также частично с эффектом сцепленного отбора.

Мы обнаружили 115 107 изменяющих аминокислоты SNP, из которых 17% были предсказаны SIFT как эволюционно неустойчивые (оценка SIFT = 0,00–0,05), 215 810 синонимичных вариантов, 588 491 вариант в пределах нетранслируемых областей и 1100 вариантов с остановкой усиления или потери. Неизвестная часть из них будет иметь функциональные последствия.

Частотный спектр аллеля

Сравнение частотных профилей аллелей диких и промысловых популяций выявляет существенные различия (рис. 1А; рис. S2).У диких птиц (RJFt) распределение частот аллелей показывает заметную чрезмерную представленность редких аллелей, что согласуется с моделью, наблюдаемой для высококачественных данных по многим другим организмам, включая популяции человека и крупного рогатого скота [6, 7]. Напротив, коммерческие популяции, особенно несушки (рис. S2), демонстрируют значительно меньшую долю редких аллелей, что можно объяснить меньшим эффективным размером популяции, вызванным недавним селекционным размножением, что привело к потере редких аллелей.Незначительное превышение доли миссенс по отношению к синонимичным мутациям заметно среди редких аллелей, предположительно вызванное отбором, снижающим частоту аллелей слабовредных мутаций [6, 8].

Рис. 1. Анализ разнообразия SNP.

(A) Сравнение частотного спектра минорных аллелей кодирующих последовательностей в RJFt и коммерческих популяциях. (B) Визуализация распределения популяционно-специфических и групповых вариантов, обнаруженных только при индивидуальном секвенировании.Каждый треугольник представляет количество (10 3 ) вариантов, исключительно сегрегирующих или обнаруживаемых в соответствующей популяции, а перекрывающиеся участки обозначают групповые варианты. (C) Тепловая карта распределения частот аллелей популяционно-специфических вариантов. (D) Анализ основных компонентов куриных популяций. Популяции кодируются как RJFt = красная джунглевая курица (Таиланд), RJFi = красная джунглевая курица (Индия), BL = коричневая несушка, WL = белая несушка, RWp = пул род-белый, BRA = бройлерная линия A, BRB = бройлерная линия B и BRpD = группа бройлерных линий D, BRs = три коммерческих бройлерных линии (BRA, BRB и BRpD).показывают значительно меньшую долю редких аллелей, что может быть связано с меньшим эффективным размером популяции, вызванным недавним селекционным скрещиванием, что привело к потере редких аллелей.

https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007989.g001

На рис. 1B показано распределение популяционно- и группоспецифичных вариантов, обнаруженных только при индивидуальном секвенировании. Из >18 миллионов вариантов, обнаруженных в RJFt, целых 4,4 миллиона были уникальными для этой популяции (рис. 1В).Это предполагает потерю генетического разнообразия во время одомашнивания и размножения, хотя это может быть частично связано с генетическими различиями между птицами RJF, использованными в этом исследовании, и предковой популяцией (ами) красных джунглей, которые способствовали одомашниванию цыплят. Мы сравнили распределение SNP, специфичных для популяции, среди коммерческих и диких кур, чтобы исследовать различия в частотных паттернах (рис. 1C). За исключением инбредной популяции RJFi, несушки демонстрируют более высокие частоты специфичных для популяции аллелей.Это может быть следствием более узкой генетической основы и последовательных поколений селекционного разведения в коммерческих популяциях для увеличения частоты благоприятных аллелей. Большая часть этих локусов, вероятно, перетаскивается на более высокие частоты из-за сцепления с целевыми локусами при отборе [9]. Сводная статистика групповых вариантов, обнаруженных исключительно у несушек и бройлерных линий, представлена ​​в дополнительных таблицах 1–4.

Анализ главных компонентов генетических взаимоотношений

Мы провели всесторонний анализ генетического сходства на основе генотипов из более чем 21 миллиона SNP.Как и ожидалось, индивидуально секвенированные птицы из одной и той же популяции сгруппировались вместе (рис. 1D; рис. S3). Белые (WL) и коричневые (BL) птицы-несушки группировались на расстоянии, хотя они оба являются ярусами, что согласуется с предыдущими данными [10]. Род Уайт (RWp) — порода несушек, выведенная путем скрещивания белых и коричневых несушек и расположенная в середине участка. Кластеры RJF из Таиланда и Индии находились достаточно близко друг к другу. Бройлеры показали сильное скопление в середине участка, вероятно, из-за общего предка всех, восходящего корнями к корнишской породе [11].Эти результаты дают важную исходную информацию для наших попыток идентифицировать локусы, подвергающиеся селекции в домашних популяциях.

Обнаружение выборочного сканирования

а. Анализ генетической дифференциации.

Уровень генетической дифференциации варьируется среди хромосом, категорий аннотаций, а также групп птиц (S4 рис.). Чтобы обнаружить предполагаемые селективные зачистки, мы сначала искали в геноме области с высокой степенью дифференциации между группами (RJF, LRs и BRs). По всему геному мы наблюдали самые большие значения F ST в контрастах между популяциями с наименьшим разнообразием нуклеотидов, отражающим генетический дрейф (таблицы 1 и 2). F ST оценивали в скользящих окнах размером 40 т.п.н. вдоль генома с шагом 20 т.п.н. Размер выборочной развертки зависит от множества факторов, таких как скорость локальной рекомбинации, интенсивность отбора и количество поколений, прошедших с момента возникновения благоприятной мутации и ее закрепления.Таким образом, выборочные развертки различаются по размеру из-за нескольких переменных, что затрудняет определение оптимального размера окна для поиска сигнатур выбора. Таким образом, мы не можем исключить, что наш подход не смог обнаружить развертки, которые были бы обнаружены при использовании других фиксированных или переменных размеров окна. Распределение значений окна-Z F ST представлено на S4C Fig для всех сравнений. Поскольку анализировались только окна с> 10 SNP, количество окон, доступных для анализа, варьировалось от 46 146 до 46 150 на сравнение (таблицы S5–S8).

Профиль F ST также варьировался в зависимости от сравнений и хромосом (рис. S4), что усложняет определение порога, позволяющего отличить истинные селективные развертки от областей, демонстрирующих генетическую дифференциацию из-за генетического дрейфа. Поэтому мы определили предполагаемые свипы как те, которые достигли Z F ST баллов ≥ 6, поскольку они находились в крайнем верхнем конце распределения (S4C рис.). Мы, однако, считаем, что локусы, расположенные дальше по списку, заслуживают дальнейшего изучения в последующих исследованиях.Все окна с Z F ST ≥ 4 в любом из сравнений перечислены в таблице S9.

Только ~0,13% окон (n = 60) имели Z F ST оценку ≥ 6 в сравнении RJFs и Coms, и соответствующие доли составляли ~0,05% для BRs vs. LR» (n = 41), ~ 0,03% для RJF по сравнению с LR (n = 66) и ~ 0,07% для «RJF по сравнению с BR» (n = 90). Всего был нанесен на карту 31 предполагаемый свип с оценками Z F ST , превышающими порог хотя бы в одном из контрастов (табл. 3).Мы использовали локус желтой кожи ( BCO2 ) [2] и локус TSHR [12] в качестве доказательства принципа, показывающего, что наш подход может выявить установленные развертки. Мы наблюдали значение F ST , равное 0,65 (Z F ST = 7,0) по BCO2 (рис. 2А), и локализация полностью перекрывала ранее определенные развертки. Окно, содержащее локус TSHR , показало значение F ST , равное 0.34 (Z F ST = 3,4) в контрасте «RJFs vs. Coms» находится в пределах 9% верхних дифференцированных окон (таблица S6). Другой сигнал (Z F ST = 10,6), перекрывающий ранее обнаруженную развертку, был картирован на хромосоме 1 над IGF1 , который кодирует инсулиноподобный фактор роста 1, важный фактор роста, связанный с размерами тела у собак [1]. 13]. Этот сигнал появился в трех из четырех контрастов, где были включены RJF, и был максимальным при сравнении диких птиц с бройлерами.В нескольких недавних исследованиях сообщалось о QTL, связанных с признаками роста цыплят в этом регионе [14].

Рис. 2. Полногеномная визуализация выборочных разверток-кандидатов.

Каждая точка представляет окно размером 40 кб с шагом 20 кб вдоль генома. (A) ZF ST баллы при различных контрастах популяций цыплят. Гены-кандидаты указаны для каждого сигнала. Сигналы, отмеченные звездочкой, представляют области, в которых отсутствуют аннотированные гены. (B) Манхэттенский сюжет Z | ΔPi | оценки между двумя RJF и четырьмя коммерческими популяциями.(C) Иллюстрация предполагаемых разверток на GGA14 с высоким разрешением. Тепловая карта визуализирует регион в виде значений F ST среди нескольких популяций и групп, где гены или известные элементы, перекрывающие развертки-кандидаты, указаны ниже.

https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007989.g002

Всего одиннадцать предполагаемых зачисток, включая IGF1 , имели Z F ST -оценки более экстремальные, чем у желтокожих/ BCO2 (табл. 3), четыре из которых были локализованы в регионах, в которых отсутствуют аннотированные гены.Другие сигналы перекрываются с HNF4G , TBXAS1 , GLP1R и GJD2 . Особенно интересный сигнал был обнаружен при сравнении RJF/Commercials и был локализован на дистальном конце GGA14 (Z F ST = 9,65), совпадающем с богатой генами областью. Этот сигнал был дополнительно подтвержден анализом различий в разнообразии нуклеотидов между дикой и домашней курицей ( ΔPi ), который выявил высокую степень фиксации у домашней курицы в этом окне на GGA14 (см. раздел «Анализ фиксации» и рис. 2B). , поэтому мы решили дополнительно оценить этот сигнал.

Более пристальный взгляд на развёртку GGA14 (рис. 2C) выявил три отдельных сигнала, выходящих из этой области. Окно с самым сильным сигналом (Z F ST = 9,65) находится в окне с очень высокой плотностью SNP (nSNP = 1798) и перекрывает гены JPT2 (микротрубочки Юпитера, связанные гомологом 2) и . CRAMP1 (гомолог 1 узкого регулятора хроматина). Сигнал отражает сильную генетическую дифференциацию между RJF и всеми домашними курами (рис. 2). JPT2 (также известный как HN1L) демонстрирует высокую консервативность последовательности среди позвоночных и предполагается, что он участвует в развитии эмбриона [15]. Исследование на Drosophila melanogaster показало, что гомолог CRAMP1 участвует в эпигенетической регуляции экспрессии генов [16].

Второй сигнал (GGA14: 14,28–14,32 Мб, ZF ST = 8,4) перекрывает циклин F ( CCNF ) и третий сигнал (GGA14:14,78–14.82, ZF ST = 9,8) попадает в VPS35L (белок 35, подобный вакуолярному, ассоциированному с сортировкой белков).

Мы исследовали эти гены на предмет мутаций, изменяющих функцию, и идентифицировали 6 высокодифференцированных SNP (ΔAF ≥ 0,7) между RJF и коммерческими популяциями, все из которых находятся в CCNF , аннотированных как миссенс-мутации (таблица S10), одна из которых, как было предсказано, быть вредным.

б. Анализ фиксации.

Чтобы расширить анализ локусов при селекции при одомашнивании, мы сравнили уровень нуклеотидного разнообразия между дикими птицами и коммерческими линиями.Для этого анализа мы включили шесть популяций, содержащих данные последовательности от отдельных лиц (см. Таблицу 1). Мы рассчитали абсолютные значения разницы в нуклеотидном разнообразии ( ΔPi ) между группами диких и промысловых птиц (RJFs vs. Coms) в каждом окне и нормализовали результаты с помощью нормализации Z-показателя ( ZΔPi = ( ΔPi win − ΔPi геном )/ σ ( ΔPi геном )). Самый выдающийся сигнал Z|ΔPi| происходит на GGA14, перекрывая сигнал развертки, охватывающий гены JPT2 и CRAMP1L (рис. 2).

На следующем этапе мы оценили разнообразие нуклеотидов для групп птиц, а также для всех шести популяций RJF и коммерческих птиц (рис. S5A и S5B). Последнее сканирование может идентифицировать адаптивный отбор, который произошел до одомашнивания в тех случаях, когда нет существенной генетической дифференциации между популяциями, но наблюдается снижение нуклеотидного разнообразия во всех них. Графики плотности указывают на отсутствие внешнего сигнала в отрицательном хвосте распределения разнообразия, что подразумевает отсутствие аберрантного локального разнообразия в геноме, что также следует из геномного распределения показателей разнообразия (см. S5C Fig).Однако в локальном масштабе мы заметили обширные области, которые сохранялись в нескольких последовательных окнах и охватывают сотни килобаз (рис. 3). Две особенно интересные селективные развертки, присутствующие во всех популяциях, перекрывают гены ALX Homeobox 1 (ALX1) и KIT Ligand (KITLG) на GGA1. Причина классификации их как двух отдельных разверток заключается в том, что они разделены сильно изменчивой областью. ALX1 отвечает за изменение формы клюва среди дарвиновских вьюрков [17]. KITLG является основным фактором, определяющим пигментацию, который играет важную роль в маскировке и сексуальном проявлении [18]. Как показано на рис. 3А, это довольно большая область с необычно низким разнообразием нуклеотидов, и мы не можем исключить возможное участие других генов, находящихся в этой области, вносящих свой вклад в наблюдаемую картину. Однако две возникающие долины гомозиготности, очевидно, сосредоточены над ALX1 и KITLG . Результаты показывают, что морфология клюва и признаки пигментации могли подвергаться отбору у кур до одомашнивания.Другой заметный изгиб расположен на GGA2, охватывающем область ~ 3,5 Мб, содержащую 25 генов (рис. 3B).

Рис. 3. Графическая иллюстрация областей с чрезвычайно низким разнообразием нуклеотидов в популяциях на GGA1 и GGA2.

На панели A две области высокой гомозиготности сосредоточены над ALX1 и KITLG на GGA1. Красные и зеленые прямоугольники, соответственно, отображают хромосомные позиции ALX1 и KITLG . Панель B визуализирует обширную предполагаемую развертку на GGA2, перекрывающую локус EGFR .Каждая точка представляет собой окно размером 40 КБ. Стандартные ошибки оценок ZPi в каждом окне при сканировании сглажены по области, выделенной серым цветом. Нуклеотидное разнообразие было оценено для RJF (две популяции красных джунглей), Coms (четыре товарные линии), BR (две товарные линии бройлеров, BRA и BRB), LR (две популяции несушек, BL и WL) и ALL (все шесть популяций). RJF и рекламных роликов).

https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007989.g003

Геномное обогащение функциональных вариантов

Обширные данные SNP в сочетании с аннотационной информацией для каждого отдельного сайта позволили нам изучить геномное распределение полиморфизмов последовательностей, показывающее сильную генетическую дифференциацию между дикими и домашними курами, а также между бройлерами и несушками. Мы провели анализ обогащения, чтобы определить категории SNP, демонстрирующие дифференциацию между группами птиц. Абсолютная разница частот аллелей (ΔAF) была рассчитана для различных категорий SNP в четырех контрастах (1) RJFs по сравнению с Coms, (2) BRs по сравнению с LRs, (3) RJFs по сравнению с BRs и (4) RJFs по сравнению с LRs и эти значения ΔAF были отсортированы по 10 интервалам частоты аллелей (ΔAF 0–0,1 и т. д.), чтобы проверить возможное обогащение вариантов в разных категориях аннотаций среди SNP, демонстрирующих сильную дифференциацию.Во всех контрастах подавляющее большинство SNP показали ΔAF<0,10 (рис. 4 и S6, таблицы S11–S14). Это означает отсутствие дифференциации между группами птиц по большинству локусов, тогда как небольшой процент вариантов, в том числе отобранных, показал весьма значимую дифференциацию.

Рис. 4. Анализ обогащения для различных категорий SNP.

Панели A и B представляют собой контрасты «RJF против Coms» и «BR против LR» соответственно. UpDwStream означает сайты, расположенные на 5 т.п.о. выше и ниже генов.Черная линия представляет собой общее количество SNP в каждой ячейке ΔAF, а цветные линии представляют логарифмические 2-кратные изменения наблюдаемого количества SNP для каждой категории в каждой ячейке по сравнению с ожидаемым количеством SNP.

https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007989.g004

Интенсивность адаптивного и очищающего отбора различается по геному в зависимости от функциональных свойств; поскольку такие межгенные последовательности развиваются относительно более свободно, чем последовательности, кодирующие белок. Мы наблюдали заметное снижение относительного количества миссенс-замен, показывающее устойчивое снижение выше ΔAF = 0.2 во всех контрастах (рис. 4). SNP с заметными различиями в частоте аллелей (ΔAF≥0,7) между дикими и коммерческими курами демонстрируют очень значительный дефицит миссенс-мутаций (P<2,5×10 -6 ). Мы утверждаем, что это резкое снижение доли дифференцированных миссенс-замен представляет собой очищающий отбор, который снижает частоту слегка вредных мутаций, влияющих на продуктивность и/или здоровье. Таким образом, SNP, демонстрирующие сильную генетическую дифференциацию между дикими и домашними курами, обогащены селективно нейтральными вариантами, частота которых изменилась из-за генетического дрейфа, на что указывает обогащение межгенных SNP (P<0.0001) среди вариантов с ΔAF>0,7. Этот результат резко контрастирует с недавно опубликованными данными для атлантической сельди, где аналогичный анализ SNP с высоким ΔAF показал очень значительное обогащение миссенс-мутациями и другими функционально важными вариантами у вида с огромной популяцией. размер и минимальный генетический дрейф [19].

Увеличение значений log2 для контрастных RJF по сравнению с Coms и плоская кривая для BRs по сравнению с LR (рис. 4) указывают, скорее всего, на то, что часть миссенс-мутаций подвергалась положительному отбору во время одомашнивания.Поэтому мы решили сосредоточиться на высокодифференцированных вариантах миссенс (например, ΔAF>0,70), которых было всего 262 и 188 в контрасте «RJFs vs. Coms» и «BRs vs. LRs» соответственно. Все сильно дифференцированные варианты миссенс во всех четырех контрастах собраны в таблицах S15–S18. В списке SNP с высоким ΔAF мы наблюдали несколько миссенс-вариантов, встречающихся в одном и том же гене. Например, 262 миссенс-замены с ΔAF ≥ 0,70 в контрасте RJFs и Coms встречаются только в 189 различных генах, и соответствующий показатель для контраста BRs vs.LRs — это 188 миссенс-замен в 150 генах. Этот результат может отражать автостоп или, возможно, эволюцию аллелей, состоящих из множественных причинно-следственных вариантов, влияющих на функцию одного и того же гена, что ранее было задокументировано у домашних животных [20].

Мы использовали гипергеометрический тест FUNC [21] для выполнения анализа обогащения онтологии генов на основе списка всех генов, включающих дифференцированные миссенс-мутации, и не обнаружили значительного чрезмерного представления какого-либо конкретного биологического процесса.Тем не менее, мы отметили, что некоторые из этих вариантов встречаются в генах, влияющих на признаки одомашнивания или продуктивности (табл. 4). Однако, поскольку большинство генов обладают плейотропными эффектами, отбор, возможно, может воздействовать на другие функциональные эффекты этих генов, чем те, которые здесь выделены. В следующих разделах мы выделяем некоторые результаты этих анализов.

Эволюция признаков пигментации от дикого к домашнему типу является одним из самых ярких изменений во время одомашнивания [20]. Черты, связанные с внешним видом домашней курицы, были искусственно отобраны по эстетическим соображениям и в качестве товарного знака при создании отдельных пород.В анализе обогащения «RJFs vs. Coms» две миссенс-мутации с самым высоким ΔAF встречаются в CORIN (AF RJFs = 0,09 и AF Coms = 0,96) и в Ski2 Like RNA Helicase 2. ( SKIV2L2 , AF RJFs = 0,71 и AF Coms = 0,00) генов. CORIN является модификатором сигнального белка агути (ASIP) в дермальном сосочке, и его отсутствие вызывает пролонгацию активности ASIP, что приводит к более светлому окрасу шерсти у мышей [22]. SKIV2L2 регулирует пролиферацию меланобластов на ранних стадиях регенерации меланоцитов [23]. Таким образом, оба гена участвуют в процессе пигментации. Однако для CORIN и SKIV2L2 у кур ассоциаций генотип-фенотип пока не установлено.

Среди главных аллелей ΔAF в сравнении RJFs и Coms находится ген, кодирующий жгутиковый белок 2 сперматозоидов ( SPEF2 , AF RJFs = 0,03 и AF Coms = 0,82). SPEF2 участвует в развитии пера. В отличие от современных кур, джунглевые куры используют перья для полета и терморегуляции, которые более важны для диких птиц, чем для коммерческих кур, содержащихся в контролируемой среде. Тем не менее, термоизоляция, должно быть, была важной чертой домашних кур в прошлом, когда птиц содержали в неотапливаемых конюшнях в холодном климате. Кроме того, SPEF2 является основным геном-кандидатом раннего и позднего оперения цыплят [24], что является экономически важным признаком в птицеводстве, поскольку его можно использовать для определения пола цыплят и, вероятно, еще одной причиной дифференциации этого гена. мутация в результате сцепленного отбора.Две другие заметные мутации в этом контрасте перекрывают семейство GLI Zinc Finger 3 ( GLI3 , AF RJFs = 0,03 и AF Coms = 0,79) и член семейства Kinesin 7 ( KIF7 , AF RJFs). и AF Coms = 0,82), оба участвуют в сигнальном пути Sonic hedgehog (Shh), который контролирует нормальное формирование многих тканей и органов во время эмбриогенеза, включая развитие конечностей и крыльев [25, 26]. Необходимы дальнейшие генетические и функциональные исследования этих аллельных вариантов, чтобы подтвердить их возможный вклад в одомашнивание цыплят.

Кодирующие SNP с ΔAF≥0,7 в отличие от BR и LR также включали интересные мутации-кандидаты. Например, миссенс-мутация экстремальной ΔAF (AF BRs = 0,14 и AF LRs = 0,86) происходит в гене рецептора лептина (таблица 4), функция которого в регулировании потребления корма и массы тела хорошо документирована у млекопитающих. [27, 28], тогда как роль взаимодействия лептин-рецептор лептина в регуляции метаболизма у птиц еще не ясна [29]. Другая особенно интересная замена в этом контрасте перекрывает ген множественного эпидермального фактора роста 10 ( MEGF10 , AF BRs = 0.82 и AF LRs = 0,00) на GGA8, известном как миогенный регулятор сателлитных клеток в скелетных мышцах [30]. Ранее было показано, что мутации в MEGF10 вызывают необычную комбинацию дистрофических и миопатических признаков, приводящую к слабости мышц у людей [30, 31], что позволяет предположить, что описанная здесь мутация может влиять на рост мышц у бройлеров. Тот факт, что разные линии бройлеров имеют высокую частоту вариантного аллеля в этом локусе, согласуется с этим предположением.Другие заметные мутации в этом контрасте были обнаружены в гене IGSF10 , связанном с возрастом полового созревания [32], и PLEKHM1 с предполагаемой ролью в остеопорозе [33].

В этой статье сообщается об открытии и характеристике более 20 миллионов SNP в геноме цыпленка с целью определить те из них, которые имеют потенциальные функциональные последствия — либо имеющие адаптивные преимущества, либо вредные эффекты. Насколько нам известно, это на сегодняшний день крупнейшее исследование такого рода на курах, поскольку было секвенировано большое количество особей и обнаружено большое количество вариантов последовательности.О 34% (n = 7 146 383) SNP ранее не сообщалось. Результаты выявили тонкую дифференциацию между дикими и современными курами в большинстве локусов, тогда как небольшой процент локусов показал сильную дифференциацию. Анализ селекции предоставил исчерпывающий список из нескольких десятков независимых локусов, которые, вероятно, способствовали одомашниванию или улучшению производства. Мы подтвердили сильную дифференциацию между красными камышовыми курами и домашними курами по ранее зарегистрированным локусам BCO2 и TSHR .Мы идентифицировали 34 предполагаемых селективных свипа, локализованных, среди прочего, с KITLG , ALX1 , IGF1 , DLK1 , JPT2 и CRAMP1 . Контрастность отдельных SNP между группами птиц выявила несколько высокодифференцированных вариантов кодирования в таких генах, как CORIN и SKIV2L2 , участвующих в пигментации, и LEPR , MEGF10 и SPEF2 , которые, возможно, влияют на признаки, важные для продуктивности животных. SNP с выраженными различиями в частоте аллелей между дикими и домашними курами показали весьма значительный дефицит доли миссенс-мутаций (P<2,5×10 -6 ).

Администрация Байдена хочет защитить малых степных цыплят, что может ограничить бурение

Администрация Байдена предложила федеральную защиту малых степных цыплят в соответствии с Законом об исчезающих видах, утверждая, что животное сталкивается с рядом угроз и сокращением численности.

Малый степной цыпленок — это вид степного тетерева, который обитает на территории пяти штатов, включая Техас, Нью-Мексико, Оклахому, Канзас и Колорадо.

Америка меняется быстрее, чем когда-либо! Добавьте «Изменение Америки» в свою ленту Facebook или Twitter , чтобы быть в курсе новостей.

Служба охраны рыбных ресурсов и дикой природы США (FWS) в среду предложила включить популяцию малых луговых кур на юго-западе Техаса Панхандл и в восточной части Нью-Мексико как находящуюся под угрозой исчезновения, а птиц в северной части ареала вида - как находящуюся под угрозой исчезновения.

Общественные собрания по предложению состоятся в июле, и общественность будет иметь 60 дней для комментариев. Может пройти год, прежде чем решение будет принято.

По данным FWS, средняя пятилетняя популяция по всему ареалу вида составляет около 27 000 птиц. По оценкам, ареал обитания этой птицы сократился по всему ее историческому ареалу примерно на 90 процентов.

Сокращение численности видов было вызвано деградацией и фрагментацией южных Великих равнин из-за добычи нефти и газа, сельского хозяйства и все более высоких температур.

«Утрата исконных пастбищ и прерий Америки на юге Великих равнин привела к резкому сокращению численности малых луговых кур и других пастбищных птиц», — заявила региональный директор FWS Эми Людерс.

Действия администрации Байдена могут иметь большие последствия для отрасли ископаемого топлива, поскольку диапазон видов, которые могут быть защищены на федеральном уровне, пересекается с богатым нефтью и газом Пермским бассейном.

Федеральная защита, скорее всего, наложит ограничения на новые разработки нефти и газа в регионе, где бродят птицы.

The Washington Post сообщает, что биолог FWS Клэй Николс сказал, что действия, которые могут привести к убийству степных цыплят или утрате их среды обитания, могут быть запрещены.

Защитники природы отмечают, что искусственные сооружения, такие как линии электропередач, телефонные столбы и буровые установки, служат убежищем для хищных птиц, которые нападают на степных кур, что делает этот вид уязвимым.

В 2014 году FWS включила малую степную курицу в список видов, находящихся под угрозой исчезновения, но это решение было отменено в суде, и вместо него было заключено добровольное соглашение о сохранении среды обитания.

Экологические группы в 2016 году подали петицию о включении в список находящихся под угрозой исчезновения, утверждая, что программы добровольного сохранения потерпели неудачу.

Подробнее Истории изменить Америку

Впервые в 3000 лет, Тасманские дьяволы родились на австралийском Mainland

«Вымершая» гигантская черепаха, найденная в Галапагосе

Охрана консервации Вымерший хищник дикой реки всплывает

Kia представляет новый электромобиль, который может заряжаться менее чем за 20 минут

Чернобыль показывает признаки возможной новой ядерной аварии, ученые говорят

EPA Orders Спортивное нефтеперерабатывающее завод ДЛЯ ВЫКЛЮЧЕНИЯ ПОСЛЕ МНОЖЕСТВЕННЫХ АВАРИЙ И «ПРЯМОЙ» УГРОЗЫ ЗДОРОВЬЮ

 

.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *