Перейти к содержимому

Рыба лист: уход, содержание, размножение, совместимость, корм, фото-обзор

Содержание

уход, содержание, размножение, совместимость, корм, фото-обзор

В процессе эволюции у хищников и их жертв постоянно идет борьба приспособлений. Первые пытаются придумать все более изощренные способы охоты и маскировки, а вторые – возможность уйти от них. Рыба-лист – один из самых ярких примеров использования мимикрии (подражания неживым предметам) в живой природе. Это позволяет ей эффективно охотиться из засады и прятаться от врагов. Рыбу-лист не часто встретишь в домашних аквариумах из-за сложностей содержания и кормления, но она представляет собой одну из самых необычных и интересных по поведению рыб.

Общие сведения

Рыба-лист (Monocirrhus polyacanthus) – пресноводная лучеперая рыба из семейства Многоколючниковые. Является единственным представителем своего рода.

Этот типичный хищник обитает в Амазонии, а самой интересной его особенностью является удивительная адаптация к ловле добычи. Формой тела и окрасом рыбка напоминает сухой лист дерева, плывущий по течению.

Для усиления эффекта рыбка медленно дрейфует вниз головой, двигаясь с помощью прозрачных плавников. Но стоит только небольшой рыбке потерять бдительность и приблизится к такому «листику», хищник открывает свою необычайно широкую пасть и буквально всасывает свою жертву.

Питание исключительно живым кормом, особые условия содержания и неуживчивость с другими видами обусловили редкое распространение данного вида в аквариумистике. Однако, если вас не пугают подобные трудности, и есть возможность создать подходящий биотопный аквариум, то вы можете приобрести одного из самых необычных питомцев с интереснейшими формами поведения.

Внешний вид

Рыба-лист обладает сильно уплощенным телом. Голова заостренная, на нижней челюсти расположен небольшой червеобразный отросток, что еще больше придает рыбке схожесть с отмершим листом дерева. Рот крупный, составляет до 60% от размера головы.

Вырастает рыбка длиной до 8 см. Окраска может отличаться в зависимости от местообитания.

Если рыбка предпочитает места с большим количеством водных растений, то ее окрас обычно желто-зеленый. В открытой воде цвет может измениться на коричневый. Зачастую окраска тела не цельная, а в виде чередующихся темных и светлых полос. От глаза по кругу расходятся темные линии.

Мягкая часть спинного плавника, а также хвостовой и анальный прозрачные, что позволяет рыбке перемещаться, не рискуя быть опознанной. Также спинной и анальный плавники имеют ярко выраженную зубчатость.

Таким образом, внешнее строение рыбы-листа полностью соответствует ее кредо засадного хищника. Но подобная маскировка не только помогает эффективно охотиться, но и порой спасает рыбку от более крупных хищников.

Ареал обитания

Родиной рыбы-листа являются речные системы Южной Америки, входящие в бассейн Амазонки. Ее можно обнаружить в Бразилии, Перу, Венесуэле, Колумбии и Боливии.

Реки в данной части света насыщенны гуминовыми веществами, зачастую имеют темную окраску. На дне обнаруживается большое количество опавших листьев и коряг. Именно среди них и прячется рыба-лист, подкарауливая очередную добычу.

Уход и содержание

Для одной особи рыбы листа оптимальным будет аквариум объемом от 70 литров. Чаще всего его оформляют как биотопный.

В качестве субстрата используется песок или мелкая галька, лучше темного цвета, чтобы рыбки смотрелись контрастнее. Основными декорациями являются натуральные коряги, камни, а также специально обработанные листья деревьев (например, индийского миндаля), которые укладываются на дно.

Из растений рекомендуется использовать широколиственные виды, например, крупные эхинодорусы. Рыбки не любят яркого освещения, и эти растения, в дополнение к плавающим на поверхности видам, позволяют создать естественный полумрак. К тому же, листья эхинодорусов часто являются излюбленным местом для откладывания икры.

Аквариум необходимо обеспечить качественной фильтрацией (но без сильного течения) и аэрацией.

Особое внимание следует уделить правильным параметрам воды. Как и многие жители Амазонки и ее притоков, рыба-лист предпочитает теплую, мягкую и кислую воду. Полезно добавить в нее кондиционер Tetra ToruMin. Он содержит экстракт натурального торфа и позволит создать в аквариуме «черную» тропическую воду, в которой рыбкам будет максимально комфортно.

Оптимальные параметры воды для содержания: Т=23-29°С, pH=5.0-6.8, GH=1-10.

Совместимость

Идеальный вариант для содержания рыбы-листа – это видовой аквариум. При этом поселяют обычно одну особь или пару самец-самка.

Сожительство с мелкими и даже средними видами рыб исключено. Инстинкты хищника рыбы-листа необычайно сильны, поэтому рано или поздно все, что можно употребить в пищу, будет съедено.

Слишком крупные соседи могут стать угрозой для рыбы листа, ведь постоять за себя в бою она вряд ли сможет. Считается, что наиболее подходящими соседями для нее станут представители лорикариевых сомов (анциструсы, птеригоплихты и т. п.)

Кормление рыбы-листа

Согласно исследованиям, основу рациона рыбы-листа в природе составляют именно мелкие виды рыб, преимущественно из семейств харациновые и лебиасиновые. У молодых особей в меню также встречаются различные беспозвоночные: ракообразные, жуки, личинки.

Удивительно, но рыбки способны заглотить даже довольно крупных жертв благодаря своему широко растягивающемуся рту. Рыба-лист не отличается прожорливостью, обычная суточная норма – 2-3 рыбки.

К сожалению, этот вид совершенно не воспринимает сухой корм. Молодых особей можно подкармливать крупным мотылем или кусочками креветок, но взрослые особи предпочитают только живую добычу. Для этого возникает необходимость содержания «сорных» рыбок, которые быстро размножаются, например, гуппи.

Размножение и разведение

Разведение рыбы-листа в домашних условиях возможно, но для этого придется приложить ряд усилий. Прежде всего, необходима пара производителей. Половозрелыми рыбки становятся в возрасте около полутора лет. Ярко выраженный половой диморфизм отсутствует. Самки в период нереста выглядят крупнее, и у них появляется хорошо различимый яйцеклад.

Нерест происходит непосредственно в видовом аквариуме или в специальном нерестовом, объем которого должен быть не менее 100 литров. Очень важно наличие плоских поверхностей – камней, коряг и широколиственных растений. Стимулом к нересту является поддержание температуры на уровне не менее 25°С и постепенное понижение жесткости до 2-4 dH при помощи частых небольших подмен воды. Самих же производителей обильно кормят.

Если рыбки готовы к нересту, то вскоре можно будет наблюдать брачный танец у поверхности воды, после которого самка откладывает на субстрат до 300 икринок. После оплодотворения их самцом женскую особь следует удалить, ведь бремя ухода полностью берет на себя новоиспеченный отец. Он обеспечивает икринкам ток воды, обмахивая их своими плавниками, удаляет погибшие яйца.

Инкубация икры занимает 3-5 дней, после чего на протяжении еще трех дней личинки питаются за счет своих желточных мешков. Затем самца следует отсадить, и остается только выкормить молодь. Это обычно является самой сложной задачей, ведь малькам требуются живые корма, а сами они очень чувствительны к качеству воды. Кроме того, необходима регулярная сортировка, ведь подросшие мальки совсем не прочь проглотить своих более мелких братьев и сестер.

Рыба-лист (Monocirrhus polyacanthus)

Рыба-лист, научное наименование Monocirrhus polyacanthus, принадлежит семейству Polycentridae. Обладает удивительной адаптацией — маскировкой под опавшие листья, позволяющей незаметно подкараулить жертву и съесть её. Очень интересный представитель лабиринтовых, однако особая диета сильно усложняет содержание в домашнем аквариуме, поскольку трудно обеспечить наличие живой рыбы для кормления. Не рекомендуется начинающим аквариумистам не только из-за рациона питания, но и высоких требований к качеству воды.

Среда обитания

Происходит из Южной Америки с территории современных Бразилии, Перу, Венесуэлы, Колумбии и Боливии. Обитает в многочисленных речных системах среди тропических лесов. Предпочитает мелководные регионы с медленным течением и многочисленными корягами и опавшей листвой.

Краткие сведения:

  • Объём аквариума — от 70 л.
  • Температура — 23–29°C
  • Значение pH — 5.0–6.8
  • Жёсткость воды — мягкая (1–10 dGH)
  • Тип субстрата — любой тёмный
  • Освещение — приглушённое
  • Солоноватая вода — нет
  • Движение воды — очень слабое
  • Размер рыбы — до 10 см.
  • Питание — живая рыба
  • Темперамент — неуживчивый
  • Содержание поодиночке или в паре самец/самка

Описание

Взрослые особи достигают в длину около 10 см. Внешний облик весьма специфичен и связан с узкоспециализированным хищным образом жизни. Узкое желтовато-коричневое тело по форме и рисунку напоминает высохший лист дерева.

Питание

Хищник, питающийся мелкой рыбой. Способ охоты уникален, данный вид не только похож на опавший лист дерева, но и имитирует его дрейфующее движение в воде. Рыба-лист подстерегает жертву в засаде, зависая под углом возле коряг, либо медленно покачиваясь как опавшая листва плывёт по течению до стайки ничего не подозревающих маленьких рыбок. Когда они приближается на достаточное расстояние происходит молниеносная атака — особая конструкция челюстей позволяет буквально заглатывать несчастную жертву.

Хищные инстинкты очень сильны и Рыба-лист не принимает альтернативные продукты кроме живой рыбы, например, подойдут быстро размножающиеся Гуппи и некоторые другие живородящие виды. Съедает в день по одной две рыбки.

Содержание и уход, обустройство аквариума

Рекомендуемый объём резервуара для одной рыбы начинается от 70 литров. Особое внимание следует уделить оформлению, в котором обязательно должны присутствовать коряги в виде корней или ветвей деревьев, растения с широкими листьями такие как Эхинодорусы и несколько скоплений плавающей растительности. Субстрат тёмный.
В качестве дополнения дно можно устилать опавшими листьями деревьев, которые предварительно высушиваются, а затем замачиваются несколько дней в воде до тех пор, пока не станут тонуть. Заменяют раз в одну или две недели.
К другим немаловажным требованиям относятся: приглушённый уровень освещённости, минимальное движение воды, кислые значения pH при малой карбонатной жёсткости. Оборудование подбирается и настраивается исходя из этих требований.

Поведение и совместимость

Не смотря на свой хищный образ жизни Рыба-лист не может постоять за себя в компании с крупными рыбами ввиду скромного размера. Наиболее предпочтителен видовой аквариум, населённый исключительно представителями этого же вида. В качестве соседей можно рассматривать только представителей сомообразных, например, Фарловеллу или Леопардовый сом.

Разведение / размножение

Появление потомства вполне возможно в общем аквариуме при условии наличия зарослей широколиственных растений в очень мягкий и кислой воде при тусклом освещении. Однако, вырастить мальков очень не простое занятие. С началом брачного периода самцы усиливают окраску, а самки заметно округляются. Нерест сопровождается своего рода танцами, когда рыбы кружат у поверхности рядом с друг другом, пока самка не решит отложить икринки. Кладку образуют под поверхностью широкого листа, все может быть отложено до 300 яиц. Защиту и заботу о кладке берёт на себя самец.
Мальки появляются в течение 3–4 дней. По мере взросления рацион питания должен меняться. Начинают с артемий и дафний, а затем следует подавать живых мальков других рыб. Организовать кормление проще в отдельном резервуаре, а не в основном аквариуме. Кроме того, большое значение имеет качество воды, которое быстро снижается из-за остатков трапезы мальков. Тем кто планирует заняться разведением Рыбы-листа придётся решать задачи постоянного доступа к живому корму и поддержанию чистоты воды.

Болезни рыб

Главная причина большинства болезней — это неподходящие условия содержания и некачественный корм. В случае обнаружения первых симптомов следует проверить параметры воды и наличие высоких концентраций опасных веществ (аммиак, нитриты, нитраты и т. д.), при необходимости привести показатели в норму и лишь потом приступать к лечению. Подробнее о симптомах и методах лечения в разделе «Болезни аквариумных рыб».

Рыба-лист

Содержание статьи

Рыба-лист встречается в Амазонке и Западной Гвиане, в водоёмах, богатых растительностью.

В окрасе особей преобладают коричневые, зелёные и жёлтые цвета, плавники — хвостовой, анальный и мягкая часть спинного — прозрачные.

Вдоль всего тела, начиная от глаза, наискось вниз и вверх у рыбы-лист есть три тёмные полосы, а на подбородке, вперед и вниз, торчит один маленький усик.

Своё название рыба-лист получила за то, что в воде держится наискось вниз головой и среди растений напоминает упавший сухой лист. Маскировка для неё очень важна, поскольку в её рацион входит только рыба, а сама рыба-лист плавает достаточно плохо, чтобы догнать возможную добычу.

Икру самки прикрепляют к очищенным камням или к листьям подводных растений. Охраной кладки занимается самец.

Рыба-лист (Monocirrhus polyacanthus).

Ареал обитания

Бассейны рек Амазонка, Гайана, Риу-Негру. Водится у берегов малых и средних водоёмов, болот, прудов, лесных ручьев с медленным течением.

Особенности

В длину рыба-лист достигает до 8 см. У неё высокое яйцевидное тело, с боков значительно уплощённое, острое рыло с небольшим отростком-усиком на подбородке. Окрас переменчив и зависит от окружающей среды: жёлто-зелёный, с мраморным узором, когда рыба прячется между растениями, и коричневый (тёмно-коричневый), с мраморным узором, в открытой воде. От глаза рыбы начинаются тонкие темные полосы: одна идёт наискось к «D» и вверх, вторая к корню «С», последняя наискось к брюшку и вниз. Телом и окрасом рыба похожа на засохший лист.

Только при отсутствии растений рыба-лист становится заметной.

Различия между полами

Профиль брюха взрослой особи у самки выгнут сильнее, чем у самца.

Содержание

Рыба-лист может обитать в аквариуме с другими видами, но с крупными особями. Необходимая длина аквариума в таком случае — минимум 50 см. В его наполнение должны входить густые группы большелистных растений, коряги и крупные камни. Рекомендуемые параметры: 22-26 °С, рН 6-7, dH 2-10°.

Благодаря удивительным возможностям мимикрии, рыбу-лист — не отличить от растения.

Размножение

Для разведения необходим нерестовый аквариум объёмом от 80 л и больше, наполнение аналогично обычному аквариуму для содержания. Параметры воды: 26-28 °С, dH 2-4° (рекомендованные И. Петровицким параметры — dH до 10°, но КН 0°), рН 6-6,5. О. Рыбаковым и А. Полонским рекомендовано мягкое освещение. Для нереста в аквариум поселяют только одну пару рыб. Самка может отложить до 300 икринок (икра мелкая, прозрачная) на камень, корягу или нижнюю сторону большого листа, иногда — на стенку аквариума. Т.к. заботой о потомстве у данного вида занимается самец, обмывая икринки плавниками, то, получив кладку, самку переселяют из аквариума. Созревание икринок занимает 3-4 суток; на третий день, когда мальки начинают плавать, самца также переселяют.

Мальков следует кормить мелкими личинками циклопа и коловратками. Половая зрелость у рыбы-листа наступает в 16 месяцев.

Аквариум для содержания таких рыбок должен быть наполнен растениями, корягами и камешками.

М. Лайфман и В. Расков разводили рыб в аквариуме объемом 100 л, с насаждениями эхинодоруса, камнями и корягами. Соблюдались следующие параметры воды: 25-26 °С, dH 7°, рН 6. По достижении 16 месяцев, когда особи в длину имели 8 см, самка отложила икру на обратную сторону листа и была переселена в другой аквариум. Самца переселили, когда мальки поплыли. Наблюдая за ними, В. Расков и М. Лайфман отметили, что они прожорливо реагировали на корм любого размера, однако если в корме встречались очень большие экземпляры, то мальки гибли, подавившись. Также среди мальков имелись случаи каннибализма.

С. Воронов, также разводивший данный вид, отметил, что для успешного разведения использовавшаяся им вода требовала тщательной очистки через фильтр высокой мощности производства США, после чего она приобретала лёгкий голубоватый цвет. В качестве субстрата С. Воронов использовал крупнолистные пластмассовые растения и специально загибал книзу концы листьев для стимуляции нереста. В аквариум он сажал одну самку и двух самцов, поддерживая температуру воды на уровне 28-29 °С.

Рыбки напоминают плавающие высохшие листики.

Отложенную икру С. Воронов переместил в другой аквариум с аналогичными нерестовому условиями, за исключением воды: в неё был добавлен раствор метиленовой сини в слабой концентрации. Перемещение было вызвано гибелью икринок в нерестовике: икра отрывалась от субстрата из-за взмахов плавников самца. Его функцию в аквариуме выполнял фильтр с обтянутыми поролоном водозаборными щелями для защиты личинок от попадания внутрь.

Из записей С. Воронова: «Начинать кормить нужно коловратками. Давать первые семь дней, затем переходить на мелкого циклопа. Когда мальки вырастут до 2,5 см, можно кормить их рыбной молодью других видов. Каннибализма среди мальков не наблюдал: содержал вместе мальков разного возраста (длиной в 4-5 мм и 10-12 мм). В качестве корма для поросли можно использовать коретру, но смотреть, чтобы не подавились. Лучше всего подходит сочетание молоди иных видов рыб и циклопа; мотыль и трубочник, как корм, реакции у молодняка не вызывают. В конце кормления необходимо освежить воду: кислая среда приводит к гибели мальков, поэтому следует заменить одну шестую объёма аквариума, соблюдая параметры воды».

Рыба-лист страдает вспучиванием глаз, поэтому нужно следить за температурным режимом воды в аквариуме.

Также он сделал важное для содержания рыб открытие: «Глаза у рыбы-листа подвержены частому заболеванию — вспучиванию. Лечение обнаружил случайно: увеличил температуру воды до 32-34 °С и значительно её аэрировал. При таких параметрах глаза возвращаются в нормальное состояние, наблюдается выздоровление.

Питание

Необходим живой корм, в том числе небольшие рыбы. По записям Г. Штерба, рыба-лист любит живородящих карпозубых, также он отмечает ситуацию совместного проживания гуппи и рыбы-листа в общем аквариуме, когда гуппи учатся избегать нападений.

Рыба-лист довольно агрессивный сожитель.

Иные черты

Рыба-лист обладает спокойным характером, любит тенистые места. В водоёме предпочитает плавать в среднем водном слое, маскируется среди растений, опустив вниз голову. Хищник, иногда случаются стычки с другими особями.

Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите фрагмент текста и нажмите Ctrl+Enter.

РЫБА ЛИСТ (Monocirrhus polyacanthus) » Домашний аквариум


В природных условиях рыба лист населяет бассейн реки Амазонка, протекающей в Южной Америке. Также рыб можно встретить в пресноводных водоемах Азии и Африки.


Monocirrhus polyacanthus имеет тело яйцевидной, уплощенной формы. Голова с заостренным рылом. На нижней челюсти имеется небольшой червеобразный отросток. Окраска рыбы варьируется в довольно широких пределах и зависит от места, где она обитает. Особи, живущие среди растений, имеют желто-зеленую окраску, а на открытой воде их расцветка изменяется на коричневатую. От глаз рыбы идут линии темного цвета. В целом окраска тела рыбы напоминает усохший лист, что делает рыбу еле заметной на фоне опавшей листвы, опустившейся на дно и очень сильно помогает ей при охоте. У самок в отличие от самцов профиль живота более выгнут. Размер рыбы в аквариумных условиях достигает 8 см.

Содержать рыбу-лист желательно в видовом аквариуме объемом от 120 л. Возможно содержание в общем аквариуме с другими, более крупными по размерам рыбами. Содержать с более мелкими рыбами их не стоит, т.к. все они будут служить для них добычей. Рыба-лист ведет сумеречный образ жизни. Основную часть времени рыба проводит в среднем слое воды.

Параметры воды, следующие: температура 22-26°С, жесткость dH 3-12°, кислотность рН 6,2-7,0. В фильтрующий элемент фильтра воды нужно поместить кусочки торфа.


Рыбы не любят яркого света, поэтому освещение должно быть очень слабым или вовсе отсутствовать. Это необходимо учитывать при высадке растений и выбирать те их виды, которые нетребовательные к свету.

На дне необходимо разместить большое количество различных растений, имеющих крупные листья, а также коряги и камни.

Основным кормом для рыбы –листа являются мелкие живые рыбешки. Ежедневно им необходимо давать столько рыбы, сколько по сути они весят. По отзывам некоторых аквариумистов рыб можно приучить к другим кормам постепенно давая им креветок, которых осторожно подносят в пинцете к носу рыбы, но шансы на положительный эффект не всегда удачны. Искусственные корма рыбы не едят.

 

Размножение

Своей половозрелости рыба-лист достигает в возрасте около 1,5 лет.

Для нереста рыб необходим нерестовый аквариум объемом около 100 л. Стимулируют нерест понижением жесткости воды до dH 2-4°, обильным питанием, а также частыми подменами воды небольшими порциями.

Перед нерестом производители подготавливают место нереста, в качестве которого обычно выступают большие плоские камни, коряги или лист растения. Самка выметывает на субстрат около 300 мелких полностью прозрачных икринок. Сразу после икрометания самку отсаживают, а ухаживать за икрой оставляют самца. Самец следит за икрой, обмахивая ее своими плавниками, тем самым не давая ей закиснуть. Икра инкубируется в течение 3-5 дней, а спустя еще 3 суток крохотные мальки начинают и питаться. В это время отсаживают самца. Нужно отметить, что очень часто среди мальков наблюдается каннибализм, поэтому по мере роста их необходимо сортировать.



Мальков кормят артемией, циклопами и коловратками.

Инкубационный период 3-4 суток, мальки плывут через 3 суток. Самца удаляют, а малькам дают коловраток и мельчайших науплиусов циклопа.

Обнаружили ошибку или мёртвую ссылку?

Выделите проблемный фрагмент мышкой и нажмите CTRL+ENTER.
В появившемся окне опишите проблему и отправьте Администрации ресурса.

Рыба-лист Monocirrhus polyacanthus

Семейство: Полицентровые.

 

Места обитания:

Бассейны рек Амазонка и Риу-Негру, Гайана. Держатся вблизи берегов небольших водоемов, медленно текущих и тенистых лесных ручьев, небольших прудов и болот.

 

Отличительные признаки:

Длина до 8 см. Тело яйцевидное, высокое, очень сильно уплощено с боков. Рыло острое, на нижней губе червевидный отросток. Окраска изменчива, зависит от среды. Когда рыба между растениями, то желто-зеленая, с рисунком под мрамор, в открытой воде — коричневатая или темно-коричневая, с рисунком под мрамор. От глаза идут тонкие темные линии: одна наклонно, по направлению к спинному плавнику, вверх, вторая горизонтально, до корня хвостового плавника, третья наклонно по направлению к брюшку, вниз. Форма тела и окраска напоминают увядший лист, особенно при охоте.  У взрослой самки несколько сильнее выгнут профиль брюха.

 

Содержание:

Спокойные, любящие тенистые места рыбы. Иногда стоят среди растений головой вниз. Хищники. Бывают стычки друг с другом. Держатся в среднем слое воды. Можно содержать в общем аквариуме длиной от 50 см, но только с крупными рыбами. Много густых насаждений растений с крупными листьями, крупные камни, коряги. Вода: 22-26 °С, dH 2-10°, рН 6-7. У этих рыб довольно часто происходит заболевание глаз — они сильно вспучиваются. Оптимальный вариант лечения: сильно аэрируя воду, поднять температуру до 32-34 °С. В этих условиях глаза вскоре становятся нормальными и рыбы выздоравливают.   Корм: живой, обязательно мелкая рыба.

 

Разведение:

Нерестовый аквариум от 80 л, устроенный как при содержании. Вода: 26- dH 2-4° (И. Петровицкий рекомендует dH до 10°, но КН 0°), рН 6-6,5. Рекомендуется приглушенное освещение. На нерест обычно сажают пару рыб. Самка мечет до 300 мелких, прозрачных икринок на нижнюю сторону крупного листа, или на камень, или на корягу, или даже на стекло аквариума. После нереста самку удаляют, а самец ухаживает за икрой, обмахивая ее плавниками. Инкубационный период 3-4 суток, мальки плывут через 3 суток. Самца удаляют, а малькам дают коловраток и мельчайших науплиусов циклопа. Половая зрелость в возрасте 16 месяцев.

Аквариумистика - Рыба-лист пресноводная

Рыба-лист пресноводная, Рыба-лист амазонская (Monocirrhus polyacanthus, Amazon leaf fish, South American leaf fish)

Семейство: полицентровые (Polycentridae)

Внешнее описание: рыба-лист пресноводная очень интересная рыбка с очень необычным внешним видом. Окраска рыбки очень изменчивая и во многом это зависит от среды обитания, внешний вид рыбки помогает ей одновременно охотиться на жертв и скрываться от хищников. Половой диморфизм не выражен отличить самку можно только в период нереста, она имеет более округлое брюшко

Естественный ареал обитания: рыбка очень широко распространена в Южной Америке, встречается в водах: Бразилия, Перу, Венесуэле, Колумбии, Боливии

Размеры: максимальный размер рыбки - 10 см

Слой обитания: рыбка занимает наиболее удобные позиции для охоты

Поведение: хищник, рыбка не рекомендуется для содержание в неволе, в качестве соседей подходят только донные виды рыб такие как лорикариевые или броняковые виды сомов

Обустройство аквариума: минимальный объем аквариума для одной рыбки - 200 литров. Успешное содержание скорее связано не с объемом аквариума, а его обустройством, оно должно отлично подходить под окраску рыбки, кроме того рыбка достаточно специфический хищник, а значит ей требуются особые условия содержания. Аквариум должен быть слабо освещенным, достаточно густо засажен растениями, должны присутствовать коряги и другие элементы декорации

Параметры воды: температура 23-29ºC, pH 5.0-6.8, dGH 1-10°

Питание: исключительно живые рыбки, молодых особей можно кормить живыми кормами: насекомыми, мотылем, но взрослые особи принимают только рыбок

Разведение: несмотря на все "но" в плане содержания рыбки в условиях неволи, разведение в этих условиях возможно. В аквариуме должны присутствовать плотные заросли растений, параметры воды: рН 6,0-6,5, dGH 1-5°, температура 26°. В аквариуме должна быть только одна пара, кормить нужно исключительно живым кормом. Рыбки поднимаются к поверхности и в месте там плавают около часа, после чего самец покидает самку, в то время она приступает к икромету, самец позже возвращается и оплодотворяет икру, после самку надо удалить из аквариума. Метается до 300 икринок, икра откладывается на крупных листьях с обратной стороны, или на большой поверхности твердого элемента (камни). После появления мальков (3-4 дня) самца нужно также удалить из аквариума. Мальки первые дни питаются желчными мешочками, позже принимают науплии артемии, очень скоро мальки начнут требовать живой корм, в том числе и мальков рыб, иначе могут приняться за друг друга.

Примечание: рыбка настойчиво не рекомендуется для содержания в условиях неволи

Видео (Рыба-лист пресноводная, Рыба-лист амазонская (Monocirrhus polyacanthus, Amazon leaf fish, South American leaf fish):

Рыбная мята - Кухонные травы

Поделись!

Рыбная мята — кулинарная приправа, используемая во многих азиатских кухнях, а также агрессивный сорняк. Узнайте, что делать с рыбной мятой, хотите вы ее в своем саду или нет.

Этот пост может содержать партнерские ссылки. Вы можете прочитать мою партнерскую политику здесь.

Рыбная мята – выращивайте ее в контейнере!

Что такое рыбная мята?

Мята рыбная ( Houttuynia cordata ), также известная как растение-хамелеон, хвост ящерицы, рыбий сусло и растение радуга, представляет собой травянистое многолетнее растение, произрастающее в Юго-Восточной Азии, Китае, Корее и Японии.

Имеет широкие сердцевидные листья с выступающими жилками и маленькие белые цветы , которые появляются в начале лета. Растения вырастают до 3 футов в высоту и ширину.

Лист используется во многих азиатских кухнях в качестве овоща или свежей пряности, также можно есть корень рыбной мяты. Имеет необычный вкус, напоминающий рыбу (отсюда и название).

Считается инвазивным растением из-за его способности отрастать из подземных корневищ, которые хрупки и легко отламываются, образуя новые растения, если их потревожить.

Это означает, что он может легко распространяться, и от него чрезвычайно трудно избавиться.

Если вы планируете выращивать его, я бы порекомендовал посадить его в контейнер, чтобы его было легче контролировать. В противном случае вы можете обнаружить, что он появляется по всему вашему саду.

Как вырастить растение рыбной мяты

H. cordata  вырастить очень легко (некоторые сказали бы, слишком просто!). Вы можете вырастить его из семян, но, вероятно, проще всего вырастить его из черенка или корня другого растения.Вы можете окунуть его в гормон укоренения, чтобы помочь ему укорениться, но, вероятно, он будет хорошо расти, даже если вы этого не сделаете.

Рыбная мята растет во влажных или влажных почвах, поэтому ее следует хорошо поливать. Он хорошо себя чувствует как на полном солнце, так и в полутени.

Для чего используется рыбная мята?

Можно ли есть рыбную мяту?

Да! Он используется, в частности, в кухнях Юго-Восточной Азии.

Листья можно использовать (в умеренных количествах) в качестве гарнира к супам и салатам, а также готовить с мясом и рыбой на гриле или в свежих блинчиках с начинкой.

Корень рыбной мяты также съедобен. Он чем-то похож на шарик спагетти, его можно есть сырым или приготовленным, а также использовать в качестве приправы. Корни известны как zhe’ergen в китайской кухне.

Рецепты рыбной мяты

Вот несколько ссылок на рецепты, в которых используется рыбная мята:

Вы также можете приготовить чай из сушеных листьев растения или из цветов.

Сушеные листья рыбной мяты, используемые для приготовления чая.

Рыбная мята используется в медицинских целях.

H.cordata  используется в традиционной китайской медицине для лечения проблем с пищеварением, лихорадки, кашля, укусов насекомых, проблем с почками, гриппа и многого другого.

Однако следует отметить, что нет научных доказательств того, что H.cordata можно использовать в качестве лекарства, а использование неутвержденных растительных лекарственных средств может быть опасным.

На самом деле есть исследование, показывающее, что инъекция Houttuynia Cordata может вызвать серьезные аллергические реакции!

Как избавиться от рыбной мяты?

Если Н.Cordata  / растение-хамелеон растет не в том месте, от которого очень трудно избавиться. Поскольку он размножается корневищами, он может распространяться под землей и отрастать снова, даже если вы удалили все следы растения над землей.

Убьет ли Раундап растение-хамелеон?

Да, но, вероятно, потребуется несколько приложений. Кроме того, вам нужно будет выкопать корни из земли.

Поскольку он распространяется через подземные корневища, все они должны быть удалены из почвы, иначе растение снова вырастет.

Рассчитывайте пройти этот процесс несколько раз, прежде чем растение будет уничтожено.

Подробная статья о том, как избавиться от хамелеона.

*Это сообщение в блоге содержит партнерские ссылки, это означает, что если вы нажмете на ссылку и купите продукт, который я рекомендую, я получу небольшую комиссию, но с вас не будет взиматься ни цента больше – заранее спасибо за твоя поддержка!

Поделись!

Границы | Leaf-FISH: микромасштабное изображение бактериальных таксонов на филлосфере

Введение

В растениях обитают разнообразные микробные сообщества, состоящие из дрожжей, грибов, архей, бактерий и вирусов.Четкие различия между микробиомами растений и инокулятами окружающей среды (воздух, Maignien et al., 2014 и почва, Lundberg et al., 2012) указывают на то, что среда обитания растений обогащается определенными типами микробов. Микробные сообщества также четко дифференцированы по генотипу растений (Bodenhausen et al., 2014; Horton et al., 2014) и органам растений (Knief et al., 2012; Bodenhausen et al., 2013). Растения частично контролируют процессы микробной колонизации, изменяя состав питательных веществ в локальной среде (Bulgarelli et al. , 2013). Иммунная система растений реагирует на патогенные бактерии с помощью различных стратегий, которые варьируются от запрограммированной смерти до высвобождения антимикробных соединений, позволяя при этом колонизировать полезные и комменсальные бактерии (Lebeis, 2014).

Ткани надземных растений характеризуются наличием воскообразного вещества, образованного эпидермисом, кутикулой. Обладая водопроницаемостью почти на три порядка ниже, чем у клеточных стенок растений, кутикула защищает листья от высыхания, радиации и патогенных агентов (Домингес и др., 2011). Несмотря на эти суровые условия, в филлосфере обитает разнообразное микробное сообщество с оценочной плотностью 10 6 -10 7 клеток см -2 (Lindow and Brandl, 2003), которое формируется генотипом растения-хозяина (Knief et al. ., 2010b; Redford et al., 2010; Horton et al., 2014), сезонные изменения (Ercolani, 1991) и география (Knief et al., 2010b). Микроорганизмы филлосферы проявляют специализированные адаптивные черты к чрезвычайно сухой и олиготрофной эфемерной среде на поверхности листьев, такие как производство фитогормонов, антибиотиков и пигментов, агрегация и хемотаксис (Vorholt, 2012). В частности, биосинтез ауксина распространен среди ассоциированных с растениями бактерий в филлосфере (Lindow and Brandl, 2003), обладает известными эффектами, стимулирующими рост растений, и считается, что он способствует заражению листовыми патогенами (рассмотрено в Spaepen and Vanderleyden, 2011).

Независимые от культуры молекулярные методы использовались для характеристики микробного разнообразия филлосферы у все большего числа видов растений (например, Lambais et al., 2006; Knief et al., 2008, 2010b; Delmotte et al., 2009; Redford et al. ., 2010; Майньен и др., 2014; Copeland et al., 2015), но наше понимание микробной динамики филлосферы все еще ограничено. Филлосферные сообщества обычно содержат сотни микробных таксонов (Ottesen et al., 2013; Maignien et al., 2014), что примерно на порядок меньше, чем ризосферные сообщества. Микробная характеристика филлосферы часто достигается с помощью высокопроизводительного секвенирования филогенетических маркерных генов, включая 16S рРНК у бактерий (Lundberg et al. , 2012; Maignien et al., 2014) и ITS у грибов (Cordier et al., 2012). Относительно мало исследований изучали функциональные профили филлосферных сообществ (Delmotte et al., 2009; Atamna-Ismaeel et al., 2012; Knief et al., 2012; Ottesen et al., 2013; Chafee et al., 2015). Однако методы группового секвенирования листьев стирают свидетельства микромасштабных взаимодействий между бактериями и поверхностью листа (Cardinale, 2014; Esser et al., 2014). Филлосферные таксоны преодолевают экстремальные условия окружающей среды на поверхности листьев (ультрафиолетовое излучение, высыхание) отчасти за счет колонизации разнообразных гетерогенных микросред с благоприятными условиями для эпифитных бактерий (Melotto et al., 2008). Трещины кутикулы, устьица, гидатоды, жилки, трихомы и железы важны для бактериальной колонизации и играют ключевую роль в колонизации листьев человеческими патогенами, что является важным вопросом для безопасности пищевых продуктов (Teplitski et al., 2011). Например, патоген Clavibacter michiganensis колонизировал листья томатов через гидатоды (Carlton et al. , 1998), Salmonella enterica предпочтительно колонизировал трихомы на листьях томатов (Barak et al., 2011), а клетки E.coli O157:H7, которые проникали в устьица, более эффективно сопротивлялись обработке хлором (Saldaña et al., 2011).

Чтобы исследовать динамику бактериальной колонизации и взаимодействия бактерий с хозяином в филлосфере, нам нужны методы визуализации микробного распределения с высоким разрешением на микроуровне. Генетически измененные бактерии, экспрессирующие маркерные гены флуоресценции, такие как GFP, выявили некоторые ключевые процессы колонизации филлосферы. К ним относятся данные об образовании агрегатов (Monier and Lindow, 2003, 2005b), выживаемости иммигрантских бактерий (Monier and Lindow, 2005a), изменениях скорости метаболизма (Leveau and Lindow, 2001), характере колонизации (Compant and Reiter, 2005; Барак и др., 2011), размер кворума (Dulla and Lindow, 2008) и репродуктивный успех (Remus-Emsermann and Leveau, 2010). Встречающиеся в природе листовые бактерии визуализировали с помощью неспецифических красителей в сочетании с сканирующей электронной микроскопией, эпифлуоресцентной микроскопией и конфокальной микроскопией (Davis and Brlansky, 1991; Morris et al. , 1997; Fett and Cooke, 2003). Из-за высокой автофлуоресценции листья представляют собой сложную поверхность для флуоресцентных исследований гибридизации in situ (FISH) с использованием олигонуклеотидных зондов, предназначенных для нацеливания на определенные таксоны бактерий.Существует несколько примеров протоколов FISH, оптимизированных для визуализации микробного распределения на надземных тканях растений (Li et al., 1997; Brandl et al., 2001; Shinkai and Kobayashi, 2007; Piccolo et al., 2010). Элегантным обходным путем для аутофлуоресценции растений было использование TAPE-FISH, переноса поверхностных микроорганизмов на клейкую ленту, используемую в плодах томатов (Bisha and Brehm-Stecher, 2009) и в листьях Arabidopsis thaliana (Remus-Emsermann et al. др., 2014).

В этой работе мы описываем надежный и легко переносимый протокол для создания трехмерных изображений in planta для визуализации многовидовых эпифитных микробных сообществ листьев с использованием Arabidopsis thaliana в качестве модельного организма. Преимущество нашего метода Leaf-FISH по сравнению с предыдущей работой заключается в возможности визуализировать несколько таксономически различных микробов непосредственно в ассоциации с микроструктурами листьев. Наш метод основан на методе комбинаторной маркировки и спектральной визуализации флуоресцентного in situ гибридизации (CLASI-FISH) (Valm et al., 2011, 2012). CLASI-FISH использует спектральную деконволюцию для разделения перекрывающихся флуоресцентных сигналов от нескольких отдельных зондов, позволяя одновременно визуализировать in situ неограниченное количество микробных таксонов.Мы применили те же принципы для разделения специфического флуоресцентного сигнала меченых зондов, нацеленных на бактерии в филлосфере, от сигнала от растительной ткани. Наш метод преодолевает и даже использует преимущества аутофлуоресценции растений за счет использования простой и экономичной предварительной обработки перед фиксацией ткани в сочетании с конфокальной лазерной сканирующей микроскопией (CLSM) и принципами обработки изображений CLASI-FISH (Valm et al. , 2011, 2012).

Мы использовали многоэтапный подход к проверке метода.Во-первых, мы определили методы фиксации и гибридизации с использованием in vitro , выращенных Arabidopsis , инокулированных отдельными изолятами. Мы использовали проверенный метод для изучения естественного распределения микробов на листьях арабидопсиса , выращенного в теплице. Мы также проверили переносимость этого метода на другие растительные системы, помимо Arabidopsis , с использованием взморника, подводного однодольного растения, хорошо приспособленного к жизни в океане. Во-вторых, мы продемонстрировали пригодность Leaf-FISH для in situ таксономической идентификации микроорганизмов листьев путем одновременного обнаружения трех филогенетически различных микробов in situ на листьях Arabidopsis .В качестве теста для метода мы исследовали пространственное распределение эталонного и вновь выделенного штамма обыкновенной розово-пигментированной филлосферы рода Methylobacterium. Априори мы ожидали, что эти штаммы будут иметь сходное распределение на поверхности листа из-за их общей метаболической ниши (факультативная метилотрофия) и способности продуцировать активные фитогормоны. Однако визуализация показала, что даже близкородственные виды бактерий, имеющие общие физиологические признаки, могут постоянно занимать совершенно разные микрониши листа.Этот тестовый пример иллюстрирует сложность прогнозирования распределения бактерий в филлосфере на основе исключительно филогенетической и физиологической информации и подтверждает важность разработки методов визуализации, подходящих для изучения микробиома филлосферы in situ.

Материалы и методы

Растительный материал

Арабидопсис

В этом исследовании использовались два разных источника листьев: выращенный в теплице A. thaliana L.растения резюме. Columbia (Col-0) (Lehle Seeds, США), естественно колонизированные бактериями из окружающей среды (подробности см. в Maignien et al., 2014) и выращенных in vitro растений (0,5 X MS с витаминами при pH 5,8 с 0,7% агара, Рисунок S1A), выращенный из семян, стерилизованных с поверхности. Листья, вырезанные из аксеничных растений, инкубированных в течение ночи с определенными смесями бактерий, были визуализированы, чтобы продемонстрировать пригодность Leaf-FISH для идентификации таксонов (полное описание методов инкубации см. в разделе «Визуализация множественных бактериальных таксонов в листьях арабидопсиса»).Листья растений, выращенных из семян, инокулированных Methylobacterium adhaesivum B5A (выделенных в этом исследовании, см. Методы на дополнительном материале) или эталонным штаммом Methylobacterium extorquens PA1 (Knief et al., 2010a), использовали для изучения предпочтений колонизации листьев при в условиях in vitro (полное описание методов инокуляции см. в разделах «Инокуляция моноизолятом семян арабидопсиса» и «Характеристика штаммов Methylobacterium для колонизации филлосферы Arabidopsis »).

Зостера

Eelgrass ( Zostera marina ) был собран в Вудс-Хоул, Массачусетс (США) в июне 2013 г.

Метод FISH и Leaf-FISH

Крепление

Свежие листья (10–20 in vitro листьев/фрагментов листьев на пробирку) (рис. S1B) инкубировали при комнатной температуре на орбитальном шейкере при низкой скорости (90 об/мин) в течение 1 ч в 10 мл 1 X PBS (Fisher Scientific, США) с добавлением 2% параформальдегида (EMS, США). Мы протестировали другие технические подходы для оптимизации этапа фиксации, такие как вариации техники заливки агара, описанной в Brandl et al.(2001). В частности, мы поместили срезы листьев в 0,8% агарозу с низкой температурой плавления, используя небольшие камеры для гибридизации (например, Secure-Seal, EMS, США). Однако использование агарозы было чрезвычайно трудоемким, а листья, покрытые агарозой, были лабильными и трудными в обращении. Мы объединили агарозное покрытие с легким вакуумом, чтобы повысить эффективность этапа фиксации, но это привело к сильному изменению распределения бактериальных клеток, многие из которых были удалены из тканей растения и обнаружены в агарозном покрытии. Обработка «голых» листьев, определяемых здесь как ткани, не залитые или не обработанные какими-либо покрывающими агентами перед фиксацией, требовала менее интенсивных манипуляций и сокращения времени и затрат на подготовку, поскольку позволяла объединять листья во время этапов фиксации и удаления пигмента. Отсутствие защитного покрытия не привело к значительным потерям бактерий с поверхности листьев (см. Дополнительный материал).

Удаление пигмента

Листья инкубировали в 10 мл свежеприготовленного 50% этанола.Последовательно процент этанола в смеси увеличивали (70, 80, 85, 90 и 95%), и на каждом этапе листья инкубировали не менее 30 мин. Как правило, материал in vitro дважды инкубировали в 95% этаноле, в то время как тепличный материал требовал от трех до пяти замен для достижения полного отбеливания тканей (рис. S1C, S2A, B). Растительный материал хранили при температуре -20°C в 10 мл 95% этанола в течение 2 дней перед дальнейшей оптимизацией удаления пигмента. Долговременное хранение фиксированных тканей проводили при -20°C в 50% этаноле/1 х PBS.

Гибридизация

Ткани регидратировали до любых стадий гибридизации в стерильной дистиллированной воде или 1 X PBS. В каждую пробирку Эппендорфа объемом 0,7 мл, содержащую 400 мкл предварительно нагретой гибридизационной смеси, переносили от двух до четырех листьев и инкубировали при 46°С в течение 1,5 ч. Буфер для гибридизации (0,01% SDS, 0,02 М Трис-HCl, рН 7,5, 0,2 М/0,1 М NaCl и 20%/30% «Hi-Di» формамид) готовили свежим. Соответствующие комбинации зондов добавляли к каждой смеси для гибридизации до конечной концентрации 5 нг мкл -1 каждая.Зонды, использованные в этом исследовании, представляли собой общий набор эубактерий EUB338 I, II и III (Amann et al., 1990; Daims et al., 1999), Methylobacterium -специфический mybm-1388 (Pirttilä et al., 2000). и Pseudomonas , специфичный для PSE227 (Watt et al., 2006). Листья переносили в новые пробирки с 1 мл предварительно нагретого промывочного буфера (0,01% SDS, 0,02 М трис-HCl, pH 8,0, 0,22/0,11 М NaCl, 5 мМ ЭДТА, если жесткость ≥20%), и инкубировали при 48°C в течение 10 минут. Листья промывали стерильной дистиллированной водой, помещали на предметное стекло и ткани высушивали в темноте.ProLongGold с DAPI или без него (Life Technologies, США) добавляли в каждый лист перед покрытием стеклянной крышкой. Образцы хранили в течение ночи в темноте при комнатной температуре. Для длительного хранения препараты хранили при температуре 4°С.

Тестирование и оценка специфичности зонда

Специфичность гибридизации всех зондов была протестирована путем оценки их эффективности в чистых и смешанных культурах бактерий. Соответствующий объем бактериальной культуры фильтровали через фильтр 0,22 мкм (GTTP, Millipore, США).После фиксации в 1 х PBS и 1% параформальдегиде в течение 1 ч при комнатной температуре срезы фильтров подвергали стандартному протоколу гибридизации in situ с использованием смеси зондов EUB338 I, II и III, конъюгированных с родамином красным, mybm. -1388, конъюгированный с Alexa-488, и PSE227, конъюгированный с Alexa-647 (Life Technologies, США). Общее количество клеток, присутствующих на поле, оценивали путем подсчета в стандартном эпифлуоресцентном микроскопе (Zeiss Axioskop2) с использованием окрашивания DAPI.

Получение и анализ изображений

Изображения были получены с помощью лазерного сканирующего конфокального микроскопа Zeiss LSM 780 (Carl Zeiss Microscopy GmbH, Германия), оснащенного 32-канальным GaAsP-детектором и 8 лазерными линиями с использованием объектива с числовой апертурой 100 × 1,4. Каждое поле зрения визуализировали с помощью последовательного возбуждения соответствующими комбинациями лазеров для каждой комбинации флуорохромов, включая 633- (Alexa-647, эмиссия ~670 нм), 561- (родаминовый красный, эмиссия ~591 нм) и 488- (Alexa-647, эмиссия ~ 591 нм). -488, эмиссия ~520 нм).Для максимального соотношения сигнал-шум каждое изображение было получено как среднее из четырех изображений с разрешением 12 или 16 бит (4096–65 536 уровней серого) и размером кадра 1024 X 1024. Результирующий размер изображений составил 84,94. мкм × 84,94 мкм. Трехмерные изображения были созданы с использованием Z-стеков в многодорожечном режиме. Количество треков было оптимизировано с использованием опции мультитрекинга, чтобы свести к минимуму перекрестные помехи и обесцвечивание флуорофоров. Для создания трехмерных изображений обычно делалось от 5 до 16 изображений на поле, каждое на расстоянии 0,5–1 мкм по оси Z.Начиная с поверхности листа, наша способность отображать внутренние ткани листа определялась остаточной фоновой автофлуоресценцией, испускаемой клетками листа. Области подкутикулы и подустьица легко визуализировались (глубина примерно 10–15 мкм) даже в зрелых листьях тепличных растений. В молодых листьях растений in vitro низкая автофлуоресценция после удаления пигмента позволила получить изображение поперек лезвия. Более крупные составные изображения размером до 400 мкм × 400 мкм были созданы путем объединения меньших изображений, созданных, как описано выше.Захват в лямбда-режиме использовался для создания мультифлуоресцентных изображений без перекрестных помех путем параллельного или последовательного получения изображений со спектральной информацией о каждом пикселе.

Спектральные изображения были разделены с использованием алгоритма линейного разделения, реализованного в программном пакете ZEN (Carl Zeiss) в соответствии с протоколами производителя. Линейное разделение применялось с использованием соответствующей библиотеки эталонных спектров, полученной для определения интересующей области (ROI) в наборах эталонных изображений. Для выявления фоновой растительной аутофлуоресценции в библиотеки эталонных спектров были включены образцы растительных тканей (поверхностные участки кутикулы, трихомы, хлоропласты и отдельные участки устьиц).ROI были нарисованы на изображениях, соответствующих листьям Arabidopsis , и включали образцы, собранные из разных структур и с разных глубин. В большинстве случаев комбинации трех эталонов, связанных с объектом, было достаточно, чтобы разделить изображения и минимизировать сигнал в остаточном компоненте. Эталонные спектры также включали немеченые клетки, выращенные в виде монокультур Methylobacterium, Sphingomonas и Pseudomonas для обнаружения возможной аутофлуоресценции, как показано для Pseudomonas на видео S2; клеток в культуре Sphingomonas , меченных EUB338 (родаминовый красный), Methylobacterium , меченных EUB338 (родаминовый красный) и mybm-1388 (Alexa-488), и Pseudomonas , меченных EUB338 (родаминовый красный) и PSE-267 (Alexa-227 ) и приобретаются с каждой длиной волны возбуждения. Для представления многоцветного изображения Leaf-FISH изображению каждого несмешанного канала флуорофора был назначен другой псевдоцвет. Как рекомендовано Valm et al. (2012), слои автофлуоресценции рассматривались как другой спектральный признак, который необходимо идентифицировать после разделения. Чтобы создать многоцветный Leaf-FISH, изображения, полученные с каждым несмешанным флуорохромом, плюс изображения, сгенерированные с несмешанной автофлуоресценцией тканей растений, были ложноокрашенными. Все полученные изображения были объединены, а яркость была отрегулирована независимо для получения окончательного изображения.Дополнительная обработка изображений проводилась на Фиджи (Schindelin et al., 2012).

Визуализация множественных бактериальных таксонов в листьях

Arabidopsis

Мы проверили эффективность метода Leaf-FISH для таксономической идентификации бактерий, используя стерильные листья , выращенные in vitro Arabidopsis , инкубированные в известной смеси бактериальных изолятов. К ним относятся Sphingomonas sp. (C3A2) и Methylobacterium adhaesivum (B5A) (выделены в этом исследовании; см. Дополнительный материал), а также эндофит тополя Pseudomonas putida W619 (Taghavi et al., 2009) любезно предоставлено доктором Даниэлем ван дер Лели. Перед инокуляцией все изоляты культивировали при 30°С и 180 об/мин в течение 48 ч в соответствующей жидкой среде LB (0,5 г л -1 NaCl). Плотность клеток и жизнеспособность культур оценивали с помощью Live/Dead BacLight L7012 (Live Technologies, США). Аликвоту каждой культуры добавляли в пробирку Falcon объемом 50 мл, содержащую 15–20 свежевырезанных листьев Arabidopsis , и 30 мл свежей LB, и инкубировали в течение ночи, как описано выше. Для компенсации быстрого роста Pseudomonas на среде LB в инкубационную смесь добавляли в 10 раз больше культур Methylobacterium и Sphingomonas (1 мл против100 мкл Pseudomonas ). Перед фиксацией и гибридизацией для визуализации бактерий листья промывали в стерильной дистиллированной воде для удаления бактериальных клеток, не прикрепленных к поверхности листьев.

Колонизация

Arabidopsis Филлосфера под in Vitro Условия
Инокуляция семян арабидопсиса моноизолятом

Стерильные семена Arabidopsis (10% хлорная известь 20 мин, промытые в стерильной дистиллированной воде 10 раз) инкубировали 20 мин при комнатной температуре в 1.Пробирки Эппендорфа на 5 мл, содержащие 0,5 мл 10 4 клеток мл -1 соответствующего изолята бактерий. Каждый бактериальный изолят, используемый для инокуляции семян, культивировали при 30°C и 180 об/мин в течение 48 ч в жидкой среде, среде LB (0,5 г л -1 NaCl) или среде MM. Перед инокуляцией плотность клеток и жизнеспособность культуры оценивали с помощью Live/Dead BacLight L7012 (Live Technologies, США). Стерильные и инокулированные семена переносили в соответствующие прямоугольные прозрачные полипропиленовые микробоксы (Combiness Microbox, Бельгия) (10–12 семян в микробоксе, четыре микробокса на обработку за опыт).Растения выращивали в 200 мл автоклавированной 0,5 X минимальной среды MS с витаминами, pH 5,8, 0,7% агара и фильтровальных крышек (+XXL). Предыдущие эксперименты пришли к выводу, что высокий газообмен (81,35 GE день -1 ) способствовал общим макроскопическим характеристикам листьев и более интенсивному росту в среде MS без источника углерода (данные не показаны). Посеянные семена хранили при 4°С в темноте в течение 48–72 ч. Проращивание проводили при слабом освещении, что достигается путем покрытия микроящиков теневой сеткой в ​​рефрижераторном инкубаторе Precision Plant Growth Refrigeration Incubator 818 (Thermo Scientific, США) в цикле свет 8 ч (23°С), темнота 16 ч (21°С). .Через 2 недели проростки помещали в условия полного освещения (120–180 мкмоль м -2 с -1 ). Микробоксы меняли каждые 2–3 дня, чтобы свести к минимуму позиционные эффекты. Стадия взрослой особи достигалась через 6 недель в культуре (стрелкование наблюдалось менее чем у 25% растений).

Для этого протокола инокуляции семян мы определили как «успешный колонизатор» любой изолят, который последовательно демонстрировал обильную колонизацию листьев Arabidopsis , не мешая развитию растения-хозяина. Кроме того, мы считаем желательным признаком низкий рост на среде MS для растений. Следуя критериям, описанным выше, мы выбрали для колонизации филлосферы Arabidopsis в условиях in vitro исследования двух штаммов Methylobacterium; M. adhaesivum (B5A), выделенный в этом исследовании, и близкородственный лабораторный изолят M. extorquens PA1. In vitro растений, выращенных из инокулированных семян, затем использовали для экспериментов Leaf-FISH.Стерильные растения выращивали в качестве эталона и использовали для оценки любых потенциальных изменений морфологии или развития растений, вызванных инокуляцией семян. Для обеспечения повторяемости наблюдаемых моделей колонизации две когорты растений были независимо инокулированы семенами для каждого изолята Methylobacterium .

Характеристика штаммов
Methylobacterium для колонизации Arabidopsis Филлосфера

Производство индоловой кислоты (ИУК) штаммом Methylobacterium adhaesivum B5A и эталонным штаммом Methylobacterium extorquens PA1 измеряли, как определено Glickmann and Dessaux (1995). Продукцию фитогормонов оценивали в трехкратной повторности на культурах, выращенных в жидких ЛБ и ММ при 30°С и 180 об/мин в течение 10 дней. На второй, седьмой и десятый день в культуре измеряли оптическую плотность при 600 нм и концентрацию ИУК (реактив Сальковского R2, 4,5 г FeCl 3 на литр в 10,8 М H 2 SO 4 ) при 535 нм. . Концентрацию индола определяли по пятиточечной кривой концентрации (0-10 мг/мл -1 ) синтетической 3-индолуксусной кислоты (Sigma-Aldrich, США), свежеприготовленной в каждой соответствующей среде.Эффект in vivo продукции IAA каждым штаммом Methylobacterium (B5A, PA1) оценивали путем количественного определения их способности вызывать адвентивную органогенную реакцию тканей листьев Arabidopsis . Листья, свежесрезанные с нескольких 6-недельных аксеничных растений in vitro Arabidopsis , объединяли и инкубировали при комнатной температуре в течение 20 мин в бидистиллированной воде с солевым раствором (0,85% NaCl) или солевой воде с добавлением аликвоты Methylobacterium (штаммы B5A или PA1), выращенные в течение 48 ч в ММ. Промытые листья (8–13) помещали в чашки Петри (по восемь чашек на штамм) с 10 мл МС с витаминами рН 5,8, 0,7%-ного агара с добавлением 30 г -1 сахара и выдерживали на 8-часовом свету (120°С). –180 мкмоль·м −2 с −1 ) 16-часовой темновой цикл. Контрольные листья (аксенические) помещали в среду MS (отрицательный контроль, три повтора) или среду MS с добавлением 1,5 мг л -1 ИУК (положительный контроль, три повтора). Наличие придаточных корней или каллусов определяли каждые 2 недели путем визуального осмотра в течение 6-недельного периода.

Результаты

Описанный здесь метод FISH позволяет получать изображения филлосферных микроорганизмов с высоким разрешением, присутствующих на поверхности листьев и в областях подкутикулы, сохраняя при этом структурный контекст, обеспечиваемый микроструктурами листьев (рис. 1–5). Ключевыми особенностями метода Leaf-FISH являются снижение фоновой аутофлуоресценции и сохранение распределения бактерий и микроструктуры растений при одновременном получении сильного специфического сигнала гибридизации от бактериальных клеток. Уменьшение фонового сигнала облегчает визуализацию с использованием традиционных методов FISH даже в эпифлуоресцентных микроскопах (рис. S1F, S2B). Захват и обработка изображений в соответствии с подходом CLASI-FISH (Valm et al., 2012) позволяет различать сложные флуоресцентные сигналы от бактерий, помеченных несколькими зондами, и даже автофлуоресценцию на технически сложной поверхности листьев (рис. 3, 4). Метод Leaf-FISH одинаково эффективен для обнаружения бактерий в теплице (рис. 1) или in vitro (рис. 1, 3–5), выращенных на листьях арабидопсиса .Кроме того, наш протокол легко переносится на другие виды растений (рис. 2). Мы также демонстрируем применение нашего метода для определения предпочтений микросреды обитания у двух штаммов рода Methylobacterium (рис. 5).

Рисунок 1 . Бактерии на поверхности выращенного в теплице Arabidopsis тесно связаны с микроструктурой листа. Все бактериальные клетки были помечены общими зондами EUB338 I, II и III (здесь и далее зонд показан красным, если не указано иное). Все изображения были получены с использованием 100-кратного объектива на конфокальном микроскопе Zeiss LSM780. (A) Ортогональная проекция, 13 конфокальных изображений. Бактерии на поверхности листа распределяются по неравномерному профилю поверхности листа, о чем свидетельствует автофлуоресценция листа (синий цвет здесь и в других местах). (B) Составное трехмерное изображение с использованием захвата Z-стека, 6 изображений (глубина 5 мкм) и проанализировано с использованием линейного разделения. (C) То же изображение, что и (B) , фон удален для облегчения визуализации бактерий. (D–F) Различные виды одного и того же изображения, созданного с помощью захвата Z-стека, 19 изображений (глубина 9 мкм). (D) Трехмерное изображение для визуализации. Изображение имеет цветовую кодировку для обозначения расстояния от поверхности (от красного до темно-синего). На вставке показаны высококонтрастные детали, иллюстрирующие неровности кутикулы в этой области (желтая стрелка). (E) Ортовид в максимальной проекции (X, Y и Z), показывающий бактерии на кутикуле. Автофлуоресценция растений показана серым цветом, бактерии — белым. Снаружи ортовиды, созданные на Фиджи по данным флуоресценции, демонстрируют неровности поверхности (синие стрелки).Бактерии показаны черным цветом (желтая стрелка). (F) 3D-рендеринг того же изображения. Дополнительную информацию можно найти в видео S1 (флуоресценция от EUB338, проходящий свет, полученный во время конфокальной сканирующей микроскопии, и перекрытие обоих сигналов). Желтая полоса, 10 мкм.

Рисунок 2 . Визуализация бактерий на листьях водного покрытосеменного растения Zostera marina (морская трава). Все бактериальные клетки были помечены общим зондом EUB338 I, II и III (красный).Все изображения были получены с использованием 100-кратного объектива на конфокальном микроскопе Zeiss LSM780. (A,B) Ортовид в максимальной проекции (X, Y и Z) изображений Z-стека (10 и 9), снятых в канальном режиме, с шагом 1 мкм каждое (объектив 100X, Zeiss LSM780). На поверхности листа можно наблюдать высокую плотность бактериальных клеток. (C,D) Трехмерные составные изображения, созданные с использованием захвата Z-стека (глубина 9 и 8 мкм). Изображения имеют цветовую кодировку для обозначения расстояния от поверхности (от красного до темно-синего). Также предоставляются трехмерные изображения по оси Z.Колонизации субкутикулярной области не наблюдалось. Желтая полоса, 10 мкм.

Рисунок 3 . Визуализация смешанных микробных агрегатов на поверхности листа и в области непосредственно под кутикулы выращенных in vitro листьев Arabidopsis , инкубированных с Sphingomonas, Methylobacterium и Pseudomonas . Все конфокальные изображения были созданы с использованием объектива Zeiss LSM780 с увеличением 100 и обработаны с использованием спектрального разделения. Метилобактерии и Псевдомомы помечены комбинацией зондов (EUB338 I, II и III и mybm-1388 или PSE227) и имеют ложную окраску в розовый и желтый цвет соответственно. Sphingomonas помечен только EUB338 I, II и III и показан красным цветом. FISH EUB338 I, II и III, конъюгированные с родамином, mybm-1388 с Alexa-488 и PSE227 с Alexa-647. (A–C) Соответствуют различной обработке изображения Z-стека, 16 конфокальных изображений на расстоянии 1 мкм друг от друга. Устьица обозначены стрелками (A) Трехмерное изображение, созданное с использованием только слоев, идентифицированных как специфическое флуоресцентное излучение общего и таксон-специфического бактериального зонда (зондов) (рис. S5 для специфического разложения флуорофора).В планшете (B) автофлуоресценция растений включена в качестве дополнительного слоя к трехмерному изображению (C) Ортопроекция изображений Z-stack, глубина 15 мкм. Бактерии распределены пиками и бороздками на поверхности растений, поэтому в одной плоскости видны только несколько клеток. Стрелки сигнализируют о клетках внутри стоматической камеры. Основное изображение соответствует Z = 0 (см. Видео S3 в дополнительных материалах) (D) Агрегат, образованный клетками, идентифицированными как Methylobacterium, Pseudomonas и Sphingomonas . (E) Изображение, показывающее Pseudomonas и Methylobacterium adhaesivum B5A возле устьиц. (F) Pseudomonas и Methylobacterium adhaesivum B5A, образующие агрегаты на трихоме Arabidopsis , 15 изображений Z-Stack общей глубиной 14 мкм. На всех панелях желтая полоса, 10 мкм.

Рисунок 4 . Композитное трехмерное изображение (4 × 4 фрагмента, приблизительно 340 мкм), показывающее Sphingomonas, Methylobacterium и Pseudomonas на поверхности листьев , выращенного in vitro Arabidopsis . (A) Смесь для гибридизации включала зонды EUB338 I, II и III (конъюгированные с родамином, ложно окрашенные в красный цвет), Methylobacterium mybm-1388 (Alexa-488pink) и Pseudomonas PSE227 (Alexa-647, желтый). (B) Фрагмент, показывающий клетки в области устьиц, рамка примерно 50 мкм. (C) Изображение после удаления фона, прямоугольник ~100 мкм. (D) Результат автоматического подсчета частиц, указывающий на пригодность изображений для автоматического количественного определения клеток (Фиджи).Желтая полоса, 50 мкм.

Рисунок 5 . Преимущественная микросреда обитания двух видов Methylobacterium в моноизоляте посевного материала , выращенного in vitro , выращенного Arabidopsis (линза 100X, Zeiss LSM780). (A–C) M. extorquens PA1 преимущественно обнаруживали в ротовых камерах. (А) FISH EUB338 I, II и III, конъюгированные с Alexa-488; (B) Ортопроекция изображений Z-стека, глубина 8 мкм, FISH EUB338 I, II и III, конъюгированные с родамином. (C) Проекция максимальной интенсивности, состоящая из четырех изображений (глубина 4 мкм). (D–F) M. adhaesivum B5A преимущественно заселяет поверхность листьев. (D) FISH EUB338 I, II и III, конъюгированные с Alexa-488; (E) Ортопроекция изображений Z-stack, глубина 9 мкм, FISH EUB338 I, II и III, конъюгированные с родамином, и mybm-1388, конъюгированные с Alexa-488. (F) Проекция максимальной интенсивности, состоящая из пяти изображений (глубина 5 мкм). М.adhaesivum B5A на трихомах растений. Для облегчения визуализации в каждой чашке флуоресценция растений была ложно окрашена в голубой цвет, а бактерии — в ложнорозовый цвет. Желтая полоса, 10 мкм.

Проверка метода: техническое тестирование

Уменьшение автофлуоресценции позволяет получить подробную трехмерную визуализацию распределения бактерий на поверхности листьев

Фоновый сигнал, вызванный аутофлуоресценцией листьев Arabidopsis , полностью маскировал любой сигнал, испускаемый флуорофорами бактериальных зондов (рис. S2C,D) при использовании обычного микроскопа для флуоресценции в проходящем и падающем свете (Zeiss Axioskop2).CLSM (Zeiss LSM780) с последующей интенсивной обработкой конфокальных изображений после захвата привела к несколько лучшим результатам на краях листьев (данные не показаны), но мы не смогли подтвердить бактериальную визуализацию других областей листа. Чтобы уменьшить фоновую флуоресценцию, испускаемую тканями растений, мы включили в наш протокол этап предварительной обработки, состоящий из серии этапов обезвоживания в этаноле. Использование этанола для постепенного обезвоживания листьев арабидопсиса успешно удаляет большую часть пигментов из клеток (рис. S1C).Под микроскопом обработанные листья выглядят полупрозрачными (обесцвеченными) (рис. S2B) и имеют более низкие уровни аутофлуоресценции. Уменьшение фонового сигнала позволило четко идентифицировать специфическое флуоресцентное излучение бактериальных зондов и визуализировать бактериальные клетки, присутствующие на листьях (рис. S2E-H), даже с использованием обычных микроскопов (Zeiss Axioskop2).

В изображениях, полученных с помощью спектральной визуализирующей конфокальной микроскопии, остаточная автофлуоресценция растений была включена в конфокальные изображения после разделения в виде слоев, которые можно было модифицировать во время постобработки изображений.Фоновый сигнал (ы) генерировал подробные изображения поверхности растения и подкожных областей, что позволяло одновременно визуализировать микроструктуры листа и связанные с ним бактерии (рис. 1A–C). Трехмерные изображения показывают непрерывное распределение некоторых бактерий на поверхности листа в подкожных тканях (рис. 1А). Каждый из флуорофоров зонда и аутофлуоресценция растений были включены в изображение как отдельный слой, который можно отображать одновременно (рис. 1B) или независимо (рис. 1C) в виде 2-D или 3-D изображений.Как и ожидалось, бактериальные клетки неравномерно распределены на пиках и впадинах поверхности листьев (рис. 1D, E) и часто встречаются в трещинах кутикулы, устьицах или вблизи жилок.

Возможность переноса метода Leaf-FISH на другие системы растений

Мы выбрали взморник ( Zostera marina ) для проверки применимости метода Leaf-FISH к другим растительным системам. Адаптация Eelgrass к океаническому образу жизни влияет на важные механизмы, которые наземные растения используют для влияния на структуру связанных с ними микробиомов листьев.У взморника отсутствуют устьица (обычная точка проникновения патогенов в наземные растения), потеряны гены для производства летучих терпенов и представлена ​​модифицированная клеточная стенка с низким содержанием метилированных пектинов и сульфатированных галактанов, важных для гомеостаза ионов, поглощения питательных веществ и O 2 /CO 2 в солевых условиях (Olsen et al., 2016). Наземные и водные растения также различаются по составу и динамике ядра микробиома листьев. В то время как микробиом листьев отличается от инокулята воздуха в Arabidopsis (Maignien et al., 2014) в Zostera его состав очень изменчив, отражая соседние прибрежные морские воды в взморнике (Fahimipur et al. , 2017). Несмотря на глубокие изменения физиологии и морфологии листьев, наш метод Leaf-FISH успешно генерировал изображения естественного микробного сообщества на листьях взморника. Бактерии, помеченные смесью зондов EUB338 I, II и III, конъюгированных с родамином красным, были легко видны в ортопроекциях или трехмерных изображениях поверхности листа (рис. 2).Как и ожидалось, плотность бактерий в этом подводном морском растении была намного выше, чем в наземном арабидопсисе .

Пригодность метода Leaf-FISH для идентификации таксонов бактерий на поверхности листьев

Чтобы оценить специфичность нашего протокола, мы создали упрощенное бактериальное сообщество, инокулируя аксенические листья , выращенные in vitro Arabidopsis , с известной смесью некоторых из наиболее часто встречающихся бактериальных таксонов филлосферы ( Sphingomonas, Pseudomonas и ). Methylobacterium ) (Vorholt, 2012).Тестирование зонда проводили на чистых культурах. Клетки (визуализированные с помощью окрашивания ДНК DAPI) успешно гибридизировались с общим зондом EUB338 I, II и III (рис. S3A, B). Эффективная одновременная гибридизация на фильтрах с использованием общих зондов EUB338 I, II и III и родоспецифичных зондов также была достигнута для культур Methylobacterium и Pseudomonas (mybm-1388 и PSE227 соответственно). Эксперименты FISH, проведенные на смешанных культурах на фильтрах и листьях, подтвердили, что ни один из наших таксон-специфических зондов не показал значительной перекрестной гибридизации с непреднамеренными мишенями.Высокая эффективность гибридизации (рис. S3A,B) и специфичность выбранных зондов FISH наблюдались в фильтрах и в planta (рис. S3B-D). Спектральный анализ разделения был необходим всякий раз, когда присутствовал Pseudomonas , поскольку конкретный штамм, использованный в этом исследовании, характеризовался высокой автофлуоресценцией (см. Видео S2 в дополнительных материалах).

Наш метод успешно генерирует таксономически информативные трехмерные изображения для визуализации бактерий, населяющих поверхность растений и подкожное пространство (рис. S4) или связанных с микроструктурами листьев (рис. 3).Четкая специфическая эмиссия флуоресценции, связанная с каждым из флуорофоров, конъюгированных с набором зондов, нацеленных на клетки Methylobacterium, Pseudomonas и Sphingomonas (рис. 3A-C), наблюдалась даже в плотных бактериальных агрегатах (рис. 3D-F). Изображения без фона (рис. 3А) и/или изображения, демонстрирующие определенные таксоны (рис. S5), могут быть созданы путем удаления сигналов автофлуоресценции растений во время обработки изображений после захвата. В наших экспериментальных условиях P.putida W619 был в изобилии на поверхности листьев, но также часто обнаруживался внутри устьичных полостей и субкутикулярных пространств (см. рисунок S4, видео S2, S3). Таким образом, возможность создания трехмерных изображений была необходима для получения доступа к полному распределению P. putida W619 в филлосфере Arabidopsis (рис. 3A–C).

Возможность манипулировать фоновым сигналом, связанным с аутофлуоресценцией растений, и сильным сигналом гибридизации таксон-специфических зондов открывает двери для различных подходов к визуализации, таких как создание составных изображений на неровной поверхности листьев. Мы создали трехмерные мозаичные изображения для захвата распределения бактерий на больших участках поверхности листа, например, плитки 4 × 4 для общей области изображения 340 × 340 мкм (рис. 4А), одновременно обеспечивая достаточное разрешение для выделения редких таксонов. в структурно информированном контексте даже в «фиктивных» микробных сообществах, в которых преобладает один вид (рис. 4В). Обработка изображений после захвата, удаляющая фоновый сигнал, связанный с растением (рис. 4C), создает изображения, подходящие для автоматической обработки изображений, такой как стандартный анализ подсчета частиц, реализованный на Фиджи (Schindelin et al., 2012; Рисунок 4D). Расхождений между оценками плотности клеток, рассчитанными с помощью визуального подсчета или автоматических программ подсчета клеток, не наблюдалось. Дополнительный автоматизированный анализ, специфичный для таксонов, может быть легко выполнен с использованием различных комбинаций слоев, генерируемых каждой картиной излучения зонда (как показано на дополнительном рисунке S5).

Практическое применение: колонизационные предпочтения Methylobacterium sp. на

арабидопсис филлосфера

В условиях in vitro мы исследовали прогностическую способность генетического сходства и общих физиологических признаков, чтобы сделать вывод о конкретных предпочтениях микросреды обитания бактерий, выделенных из филлосферы Arabidopsis .Мы соединили Methylobacterium B5A с другим близкородственным колонизатором филлосферы PPFM, M. extorquens PA1 (95% идентичность B5A на основе гена 16S рРНК; дополнительная фигура S6). Первоначально PA1 был выделен из Arabidopsis Knief et al. (2010a), а штамм, который мы использовали, находился в непрерывном лабораторном культивировании в течение многих поколений (подарок доктора Криса Маркса). Секвенирование по Сэнгеру гена 16S рРНК и анализ BLAST по базе данных NCBI идентифицировали наш изолят B5A как тесно связанный с Methylobacterium adhaesivum (Tani et al., 2012a) (штамм 91b) и к изоляту Arabidopsis Methylobacterium 256 (Knief et al. , 2010a) (идентичность последовательности >99% в обоих случаях; дополнительная фигура S7). Methylobacterium B5A и PA1 колонизируют листья растений в условиях in vitro в большом количестве при инокуляции семян (подтверждено обнаружением FISH). Между инокулированными растениями и аксеничными контрольными растениями не наблюдалось никаких изменений в характере роста, форме растения или времени стрелкования.

Помимо филогенетических отношений, мы проверили другие общие черты, такие как способность вырабатывать фитогормоны.Соединения индола (≥0,25 мг/мл -1 , анализ Сальковского) были обнаружены в каждом изоляте в любых условиях культивирования (среда MM или LB) уже через 3 дня культивирования и увеличивались в ходе эксперимента. После 10 дней культивирования в ММ не было выявлено существенных различий в продукции индола (PA1, 0,7–1,75 мг мл -1 , в среднем 1,1 мг мл -1 ; B5A: 1,4–2,1 мг мл -1 , в среднем 1,6 мг мл -1 ). Аналогичные результаты были получены для клеток, культивируемых в среде LB.Биогенную активность соединений индола подтверждали с помощью анализа in vivo . Через две недели после инокуляции иссеченных листьев Arabidopsis проявляли эффекты, обычно связанные с воздействием ауксина, такие как клеточная дедифференцировка и образование микрокаллусов с последующим образованием придаточных корней (дополнительная фигура S7). Листья Arabidopsis , обработанные синтетической ИУК или инокулированные любым из штаммов Methylobacterium , продемонстрировали значительно более высокое индуцированное образование каллусов/корнеобразования (положительный контроль 1 мг/л ИУК: среднее значение 65.9 ст.д. 6,2%; PA1: 30,8 ± 6,8%; В5А: 43,9 ± 7,3%; p ≤ 0,05 по Краскелу-Уоллису/Манну-Уитни), чем ожидалось по спонтанным событиям (отрицательный контроль: 5,4 ± 2,7%). Более сильный ответ, наблюдаемый в положительном контроле, может быть связан с тем, что синтетический ауксин сразу же становится доступным в среде для свежесрезанных листьев, в то время как в случае фитогормона, выделяемого бактериями, мы ожидаем, что начальная концентрация будет низкой и нарастает. увеличивается по мере увеличения плотности бактерий на листьях.

Микросреда обитания этих двух близкородственных продуцентов гормонов, успешных колонизаторов Arabidopsis филлосферных штаммов Methylobacterium была исследована путем визуализации распределения микроорганизмов на поверхности листьев. Мы визуализировали листья нескольких растений из двух независимо выращенных когорт растений для выделения, одиночно инокулированных PA1 или B5A. Для рутинного анализа была выбрана абаксиальная поверхность. Визуализацию осуществляли методом FISH с использованием зондов EUB338 и mybm-1388.Ассоциация бактерий с микроструктурами растений была качественно оценена в зависимости от их присутствия внутри устьичного отверстия и/или полости, поверхности листа, других микросред обитания (например, боковая граница листа, трихомы) или комбинации любой из предыдущих категорий. Изображения были получены в самой нижней, средней и верхней частях каждого из листьев. Всего было исследовано 50 полей микроскопии, положительных на наличие бактерий, для M. extorquens PA1 и 38 для M. adhaesivum B5A. Methylobacterium extorquens PA1 локализовался в области стоматита на 78,9 ± 13,10% изображений (рис. 5А–С). В 7,5 ± 10,7% этих случаев клетки PA1 наблюдались одновременно на поверхности листьев и в области устьиц (рис. 5В). Для Methylobacterium adhaesivum B5A одновременная встречаемость составила 23,8 ± 1,6%. Клетки В5А наблюдались исключительно в области устьиц только в 9,9 ± 5,2% микроскопии. B5A демонстрировал совершенно иные предпочтения в микросреде обитания по сравнению с PA1 и часто локализовался над кутикулой листа (более 66.2 ± 3,6% исследованных полей, рис. 5D, E). B5A обычно ассоциировался с трещинами или бороздками, хотя также регистрировались ассоциации с другими микроструктурами, такими как трихомы (рис. 5F). В наших условиях культивирования анализ трехмерных изображений указывает на небольшую подкожную колонизацию B5A или PA1 или ее отсутствие. B5A преимущественно обнаруживали на поверхностных участках (рис. 5E, белые стрелки), в то время как клетки PA1 были ограничены внутри полости устьиц (рис. 5B, белые стрелки).

Обсуждение

Визуализация микробных сообществ широко используется для изучения сложных взаимоотношений между растениями и микроорганизмами в ризосфере (обзор в Cardinale and Berg, 2015), но на сегодняшний день немногие исследования были сосредоточены на визуализации бактерий на надземных частях растений.Здесь мы предлагаем надежный и легко переносимый метод для одновременной визуализации нескольких таксонов бактерий на поверхности растений. Комбинируя предварительную обработку листьев для удаления пигмента, флуоресцентную гибридизацию in situ и конфокальную лазерную сканирующую микроскопию (CLSM), метод Leaf-FISH обеспечивает одновременную визуализацию нескольких таксонов бактерий на уровне рода в одном поле зрения непосредственно на поверхности растений. Визуализация филлосферных бактерий в структурно-информированном контексте открывает новые способы сбора информации о стратегиях бактериальной колонизации, предпочтениях микросреды обитания, микробных взаимодействиях и отношениях между бактериальным сообществом и растением-хозяином. Наш метод содержит четыре основных новшества, которые позволяют улучшить визуализацию бактериальных сообществ на листьях. Во-первых, наш протокол подготовки значительно снижает автофлуоресценцию растений, обеспечивая четкую визуализацию микроструктур растений. Во-вторых, использование спектральной деконволюции позволяет реконструировать трехмерные структуры под поверхностью листа с помощью конфокальной лазерной сканирующей микроскопии (КЛСМ). В-третьих, мы можем создавать большие трехмерные составные изображения поверхности листа без ущерба для разрешения. Наконец, мы демонстрируем, что метод Leaf-FISH подходит для таксономической идентификации бактерий на поверхности листьев с использованием нескольких флуоресцентно меченных олигонуклеотидных зондов.

Технические усовершенствования в Leaf-FISH

Традиционно аутофлуоресценция растений считалась ограничивающим фактором для микроскопического анализа бактерий в филлосфере (Shinkai and Kobayashi, 2007; Piccolo et al., 2010; Remus-Emsermann et al. , 2014), так как чрезвычайно высокий фоновый шум, создаваемый собственная автофлуоресценция растительных тканей размывает целевые сигналы. В нашем методе используется этап удаления пигмента, опосредованный этанолом, для уменьшения аутофлуоресценции растений при сохранении достаточного сигнала для точного воссоздания микроструктур листьев с использованием CLSM.Наш метод преодолевает пагубные последствия аутофлуоресценции растений и использует их в нашу пользу для решения отношений между бактериями и растениями в контекстуальном пространстве. Сигнал(ы) аутофлуоресценции листа, независимо полученный и обработанный как другой флуорофор(ы), создает полностью редактируемые слои, которые можно модифицировать или даже удалить во время обработки после захвата.

Одним из элегантных и успешных подходов к обходу аутофлуоресценции растений и изучению распределения бактериальных сообществ в тканях растений является TAPE-FISH (Bisha and Brehm-Stecher, 2009; Remus-Emsermann et al., 2014), заключающийся в переносе поверхностных микроорганизмов на клейкую ленту. Этот шаг заменяет сложную поверхность листьев растений на 2D-фильтроподобную поверхность, гораздо более подходящую для обычных экспериментов FISH. Однако трехмерные изображения филлосферы в planta , такие как изображения, созданные с помощью Leaf-FISH, добавляют структурный контекст к изучению взаимодействия растений и бактерий, показывая, как часто более чем один фактор может влиять на распределение клеток. CLSM создает последовательные оптические слайды, регистрируя флуоресценцию, излучаемую целевыми зондами и тканями растений в каждой фокальной плоскости, а затем объединяет эти независимо полученные изображения Z-стека в одно трехмерное изображение.Поверхности листьев представляют собой неровные поверхности, которые могут демонстрировать резкие топографические изменения на относительно небольших расстояниях, например, показанные на рисунках 1D–F, где можно наблюдать вертикальный перепад 6–7 мкм на расстоянии 15–20 мкм. В некоторых случаях бактерии наблюдались также на возвышенных участках («поверхностные «вершины»), а не в защищенных «долинах». Однако этот неожиданный результат был объяснен добавлением к изображению структурного контекста (рис. 1E), показывающего глубокие неровности кутикулы в области, где скапливается более высокая плотность бактерий.

Используя CLSM, мы преодолели трудности, связанные с одновременной фокусировкой нескольких областей листа, создав большие трехмерные составные изображения (рис. 4; 340 × 340 мкм 2 ) без ущерба для разрешения на уровне отдельных клеток. Возможность отображать большие участки поверхности листа может помочь получить точные глобальные или таксон-специфические плотности клеток встречающихся в природе микроорганизмов в филлосфере, избегая систематических ошибок из-за пятнистого распределения бактерий. Однако методы гибридизации могут приводить к другим отклонениям.Ремус-Эмзерманн и др. (2014) сообщили, что определенные группы филлосферных бактерий, характеризующиеся наличием инфракрасной автофлуоресценции, не смогли продемонстрировать какой-либо сигнал гибридизации при использовании комбинации TAPE-FISH и эпифлуоресцентной микроскопии. В нашем анализе мы не наблюдали неустойчивого гибридизационного поведения бактериальных штаммов, характеризующихся автофлуоресценцией (например, Pseudomonas или Methylobacterium B5A, PA1) в чистых культурах или в planta (например,г., рисунки S3A,B). Хотя это и не описано в настоящей рукописи, также важно учитывать, что визуализация грамположительных таксонов может потребовать модификации этапа фиксации (Thurnheer et al., 2004). Наконец, методы, основанные на гибридизации, включают несколько этапов, которые, особенно при выполнении на тканях, не покрытых смолой или агаром, потенциально могут изменить пространственное распределение бактерий в филлосфере. Наш метод, кроме того, требует градиента дегидратации в этаноле для удаления автофлуоресценции.Чтобы установить роль нашего метода в потенциальных событиях перераспределения бактерий, необходимо провести дальнейшие эксперименты, специально предназначенные для решения этого вопроса. Следующие шаги в разработке метода Leaf-FISH должны включать сравнение моделей распределения, обнаруженных с помощью различных методов визуализации, таких как прямая визуализация клеток, экспрессирующих флуоресцентные белки, по сравнению с Leaf-FISH (см. , например, Brandl et al., 2001).

Значение для микробиологии филлосферы

Методы визуализации значительно улучшают наше понимание процессов колонизации филлосферы.Листовые микроорганизмы могут присутствовать уже во время развития листа или, чаще всего, колонизировать его из источников окружающей среды (Leveau, 2015). Для клеток-иммигрантов случайные события играют большую роль в определении успеха колонизации, поскольку большинство микросред обитания листьев не поддерживают высокую численность популяции (Remus-Emsermann and Leveau, 2010). При благоприятных условиях мигрирующие клетки будут делиться, а дочерние клетки останутся вместе, образуя агрегаты. Переменные, специфичные для микрорайона, такие как доступность воды, будут определять окончательный размер популяции, необходимый для запуска опосредованных реакций, опосредованных ощущением кворума (Dulla and Lindow, 2008).Для некоторых фитопатогенов, часто встречающихся на поверхности растений, таких как Pseudomonas sp. , апопласт листа является предпочтительной средой обитания. Эпифитный и апопластный образ жизни характеризуются различными источниками питания и стрессами, характерными для каждой микросреды обитания, каждый из которых требует различных метаболических реакций (Yu et al., 2013). Трехмерные изображения, полученные методом Leaf-FISH, могут пролить свет на колонизацию этих компартментов. Поперечный анализ трехмерных изображений встречающихся в природе бактерий подтверждает, что некоторые таксоны редко колонизируют подкутикулярные пространства (рис. 5D–F), в то время как другие образуют агрегаты, которые часто ведут себя как единое целое вдоль кутикулы и подкутикулярных компартментов, таких как устьичные камеры (рис. 1A, 5A–C). , рисунок S4, видео S2, S3).Используя автофлуоресценцию Pseudomonas (видео S2 в материале) и FISH с таксон-специфическими зондами (видео S3 в дополнительном материале), мы показали, что наш метод подходит для идентификации клеток Pseudomonas как в кутикуле, так и в ближайших подкожных областях. Эти части листа недоступны для методов визуализации поверхности, таких как TAPE-FISH. Таким образом, трехмерное изображение является значительным шагом вперед для изучения естественного непрерывного распределения бактерий в филлосфере, включая верхние слои апопласта или устьичных камер, и регистрации различных стадий колонизации без срезов.

Практический пример: Колонизация метилобактериями

Arabidopsis

Одновременная визуализация кутикулы, подкутикулярных областей, устьичных камер и других микросред обитания дает высокоинформативные данные о предпочтениях конкретных микросред и стратегиях колонизации филлосферными бактериями. Чтобы проиллюстрировать этот момент, мы выбрали две близкородственные факультативные метилотрофные бактерии с розовым пигментом (PPFM) для проведения экспериментов по контролируемой колонизации филлосферы Arabidopsis . Methylobacterium используют метанол в качестве источника углерода и энергии (Delmotte et al., 2009) и успешно колонизируют филлосферу Arabidopsis . PPFM являются известными продуцентами фитогормонов, таких как IAA (Omer et al., 2004), и их присутствие, как сообщается, полезно для развития протонем у мхов (Hornschuh et al., 2002), роста растений (Madhaiyan et al., 2004; Tani et al., 2012b) и повышенной системной резистентности (Madhaiyan et al., 2006). В свою очередь, ассоциированные с растениями бактерии могут получить пользу от манипулирования уровнями гормонов растений (Faure et al., 2008) для повышения их приспособленности путем локальной модификации микросреды обитания в филлосфере (Lindow and Brandl, 2003). Мы продемонстрировали, что Methylobacterium extorquens PA1, хорошо охарактеризованная бактерия, выделенная из филлосферы Arabidopsis (Knief et al., 2010a), и Methylobacterium adhaesivum B5A, недавно выделенные в этом исследовании, продуцируют активные соединения ИУК в чистой культуре. и при совместном культивировании с листьями растений. И Methylobacterium adhaesivum , и M.extorquens являются эффективными колонизаторами филлосферы, как показано здесь и в других местах (Knief et al. , 2010a; Verginer et al., 2010; Wellner et al., 2011). Стратегии дифференцированной колонизации уже давно предполагаются для Arabidopsis-, ассоциированного с Methylobacterium . (Knief et al., 2010a) предположили, что более высокая плотность, зарегистрированная для растений Arabidopsis , инокулированных различными штаммами Methylobacterium , чем у растений, инокулированных одним штаммом, может быть связана с различным заполнением ниши.Наши результаты подтверждают специфические для таксонов предпочтительные микросреды обитания у Methylobacterium , где B5A обитает в кутикуле и иногда на трихомах (рис. 5F), а M. extorquens PA1 (рис. 5A–C) почти исключительно был обнаружен в устьичной камере.

Определение предпочтений микросреды обитания имеет важные практические последствия для понимания и потенциального контроля заражения патогенами через поверхность листьев, а также распространения патогенов человека через колонизацию поверхности листьев (Rastogi et al. , 2013; Эрлахер и др., 2015). Многие патогены человека со значительными последствиями для общественного здравоохранения, в том числе Salmonella, Shigella и E. coli O157:H7, прикрепляются к листьям растений или колонизируют их (рассмотрено в Berger et al., 2010). Некоторые преимущественно колонизируют специфические микроместа обитания листьев, такие как устьичные полости, которые могут обеспечить защиту во время химической дезактивации (Saldaña et al., 2011). Сообщалось о положительной и отрицательной корреляции между присутствием патогена и составом сообщества (Rastogi et al., 2012), предполагая потенциальное использование комменсальных бактерий для ограничения колонизации патогенами растений и человека. (Innerebner et al., 2011) сообщили, что способности защищающих растения штаммов Sphingomonas достигать высокой плотности в филлосфере недостаточно для снижения инфекционности Pseudomonas , что указывает на то, что другие факторы, возможно, обусловленные специализированными взаимодействиями на близком расстоянии. , может играть определяющий эффект в фитозащитном поведении. Leaf-FISH подходит для визуализации и может позволить более глубоко изучить таксон-специфические стратегии колонизации, распределение и взаимодействия комменсальных и патогенных бактерий на поверхности листьев, чтобы понять пространственные предпочтения, которые могут играть важную роль в динамике патогенов и комменсалов. .

Мы представляем здесь надежный протокол визуализации, подходящий для идентификации на уровне рода бактерий, присутствующих в кутикуле и подкожных областях листьев растений. Возможность переноса метода Leaf-FISH на другие системы растений вместе с возможностью объединения большого количества зондов открывает двери для изучения микробных взаимодействий на поверхности листьев на уровне штаммов. Кроме того, возможность создавать трехмерные изображения поверхности растений с высоким разрешением, несомненно, будет полезна для более глубокого понимания взаимодействия микроорганизмов и растений.

Вклад авторов

EP и SS разработали это исследование и составили рукопись. EP вырастил in vitro растений, выделил и идентифицировал филлосферные бактерии, а также получил изображения эпифлуоресценции и CLSM. EP и SS проанализировали данные и определили протокол визуализации. Оба автора прочитали и одобрили окончательный вариант рукописи.

Финансирование

Финансирование было предоставлено Фондом Дж. Унгера Ветлесона компании SS.

Заявление о конфликте интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Благодарности

Мы благодарим JL Mark Welch, B. Rossetti, Z. Cardon, M. Chafee, L. Maignien и F. Rodriguez Vazquez за критические обсуждения и чтение рукописи, Z. Cardon за использование теплицы MBL, JL Mark Welch, B. Rossetti за помощь в работе с CLSM и CLASI-FISH. Methylobacterium extorquens PA1 был любезно предоставлен доктором Крисом Марксом, а Pseudomonas putida W619 — доктором Даниэлем ван дер Лели. Мы благодарим рецензентов за их предложения и комментарии, которые значительно улучшили эту рукопись.

Дополнительный материал

Дополнительный материал к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2017.02669/full#supplementary-material

.

Каталожные номера

Аманн Р., Биндер Б., Олсон Р., Чизхолм С., Деверо Р. и Шталь Д. (1990). Комбинация олигонуклеотидных зондов, нацеленных на 16S рРНК, с проточной цитометрией для анализа смешанных микробных популяций. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 56, 1919–1925 гг.

Реферат PubMed | Академия Google

Атамна-Исмаэль, Н., Финкель, О., Глейзер, Ф., фон Меринг, К., Форхольт, Дж. А., Коближек, М., и др. (2012). Бактериальный аноксигенный фотосинтез на поверхности листьев растений. Окружающая среда. микробиол. 4, 209–216. doi: 10.1111/j.1758-2229.2011.00323.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Барак, Дж. Д., Крамер, Л. К., и Хао, Л. Ю. (2011). Колонизация растений томата Salmonella enterica зависит от сорта, и предпочтительными местами колонизации являются типовые трихомы. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 77, 498–504. doi: 10.1128/AEM.01661-10

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Berger, C.N., Sodha, S.V., Shaw, R.K., Griffin, P.M., Pink, D., Hand, P., et al. (2010). Свежие фрукты и овощи как средства передачи возбудителей болезней человека. Окружающая среда. микробиол. 12, 2385–2397. doi: 10.1111/j.1462-2920.2010.02297.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Биша, Б.и Брем-Штехер, Б.Ф. (2009). Простая липкая лента для отбора проб с поверхности томатов в сочетании с быстрой флуоресцентной гибридизацией in situ для обнаружения Salmonella . Филос. Транс. Р. Соц. Лонд. Б. биол. науч. 75, 1450–1455. doi: 10.1128/AEM.01944-08

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Боденхаузен, Н. , Бортфельд-Миллер, М., Акерманн, М., и Форхольт, Дж. А. (2014). Подход синтетического сообщества выявляет генотипы растений, влияющие на микробиоту филлосферы. Генетика PLoS. 10:e1004283. doi: 10.1371/journal.pgen.1004283

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Боденхаузен, Н., Хортон, М.В., и Бергельсон, Дж. (2013). Бактериальные сообщества, связанные с листьями и корнями Arabidopsis thaliana . PLoS ONE 8:e56329. doi: 10.1371/journal.pone.0056329

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Брандл, М. Т., Киньонес, Б., и Линдоу, С.Э. (2001). Гетерогенная транскрипция гена биосинтеза индолуксусной кислоты в Erwinia herbicola на поверхности растений. Проц. Натл. акад. науч. США 98, 3454–3459. doi: 10.1073/pnas.061014498

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Булгарелли, Д., Шлеппи, К., Шпепен, С., Вер Лорен ван Темаат, Э. , и Шульце-Леферт, П. (2013). Структура и функции бактериальной микробиоты растений. год. Преподобный завод биол. 64, 807–838. doi: 10.1146/annurev-arplant-050312-120106

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Кардинале, М., и Берг, Г. (2015). «Визуализация взаимодействия растений и микробов», в «Принципы взаимодействия растений и микробов — микробы для устойчивого сельского хозяйства» , изд. Б. Лугтенберг (Лейден: Springer), 299–309.

Академия Google

Карлтон В., Браун Э. и Глисон М. (1998). Попадание Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis в листья томатов через гидатоды. Фитопатология 88, 525–529.

Реферат PubMed | Академия Google

Чафи, М.Е., Майньен, Л., и Симмонс, С.Л. (2015). Влияние различной биомассы образца на сравнительную метагеномику. Окружающая среда. Микробиол . 17, 2239–2253. дои: 10.1111/1462-2920.12668

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Компант, С. , и Рейтер, Б. (2005). Эндофитная колонизация Vitis vinifera L.бактерией, стимулирующей рост растений Burkholderia sp. штамм PsJN. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 71, 1685–1693. doi: 10.1128/AEM.71.4.1685-1693.2005

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Коупленд, Дж. К., Юань, Л., Лайегифард, М., Ван, П. В., и Гуттман, Д. С. (2015). Сезонная смена сообщества микробиома филлосферы. Мол. Взаимодействие растительных микробов. 28, 274–285. doi: 10.1094/MPMI-10-14-0331-FI

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Кордье, Т., Робин, К., Капдевьель, X., Фабрегетт, О., Депре-Лусто, М.-Л., и Ваше, К. (2012). Состав филлосферных грибных комплексов бука европейского ( Fagus sylvatica ) значительно варьирует по градиенту высот. Новый Фитол. 196, 510–519. doi: 10.1111/j.1469-8137.2012.04284.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Даймс, Х. , Брюль, А., Аманн, Р., Шлейфер, К.Х., и Вагнер, М. (1999). Специфического для домена зонда EUB338 недостаточно для обнаружения всех бактерий: разработка и оценка более полного набора зондов. Сист. заявл. микробиол. 22, 434–444. дои: 10.1016/S0723-2020(99)80053-8

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Дэвис, К., и Брлански, Р. (1991). Использование мечения иммунозолотом с помощью сканирующей электронной микроскопии для выявления фитопатогенных бактерий на поверхности листьев. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 57, 3052–3055.

Реферат PubMed | Академия Google

Дельмотт, Н., Книф, К., Шаффрон, С., Иннеребнер, Г., Рощицки, Б., Schlapbach, R., et al. (2009). Протеогеномика сообщества раскрывает понимание физиологии филлосферных бактерий. Проц. Натл. акад. науч. США 106, 16428–16433. doi: 10.1073/pnas.00106

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Домингес, Э. , Эредиа-Герреро, Дж. А., и Эредиа, А. (2011). Биофизический дизайн кутикулы растений: обзор. Новый Фитол. 189, 938–949. doi: 10.1111/j.1469-8137.2010.03553.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Дулла, Г.и Линдоу, С.Э. (2008). Размер кворума Pseudomonas syringae невелик и обусловлен наличием воды на поверхности листа. Проц. Натл. акад. науч. США 105, 3082–3087. doi: 10.1073/pnas.0711723105

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Эрлахер А., Кардинале М., Грубе М. и Берг Г. (2015). Биотический стресс изменил структуру и обилие энтеробактерий в микробиоме салата. PLoS ONE 10:e0118068.doi: 10.1371/journal.pone.0118068

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Эссер, Д. С., Лево, Дж. Х. Дж., Мейер, К. М., и Виганд, К. (2014). Пространственные масштабы взаимодействия между бактериями и между бактериями и поверхностью листа. FEMS микробиол. Экол. 91, fiu034–fiu034. doi: 10.1093/femsec/fiu034

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Фахимипур, А. К., Кардиш, М. Р., Ланг, Дж. М., Грин, Дж.Л., Эйзен, Дж. А., и Стахович, Дж. Дж. (2017). Глобальная структура микробиома взморника . 83, 1–12. doi: 10.1128/AEM.03391-16

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Фор, Д., Вереке, Д., и Лево, Дж. Х. Дж. (2008). Молекулярная коммуникация в ризосфере. Почва для растений 321, 279–303. doi: 10.1007/s11104-008-9839-2

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Гликманн, Э., и Дессо, Ю. (1995).Критическое исследование специфичности реактива Сальковского к индольным соединениям, продуцируемым фитопатогенными бактериями. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 61:793.

Реферат PubMed | Академия Google

Hornschuh, M., Grotha, R., and Kutschera, U. (2002). Эпифитные бактерии, связанные с мохообразным Funaria hygrometrica : влияние штаммов Methylobacterium на развитие протонемы. Растение Биол. 4, 682–687. doi: 10.1055/s-2002-37403

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Хортон, М.W., Bodenhausen, N., Beilsmith, K., Meng, D., Muegge, B.D., Subramanian, S., et al. (2014). Полногеномное ассоциативное исследование микробного сообщества листьев Arabidopsis thaliana . Нац. коммун. 5:5320. doi: 10.1038/ncomms6320

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Иннеребнер, Г., Книф, К., и Форхольт, Дж. А. (2011). Защита Arabidopsis thaliana от патогенных для листьев Pseudomonas syringae штаммами Sphingomonas в контролируемой модельной системе. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 77, 3202–3210. doi: 10.1128/AEM.00133-11

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Knief, C. , Delmotte, N., Chaffron, S., Stark, M., Innerebner, G., Wassmann, R., et al. (2012). Метапротеогеномный анализ микробных сообществ филлосферы и ризосферы риса. ISME J. 6, 1378–1390. doi: 10.1038/ismej.2011.192

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Книф, К., Фрэнсис Л., Канте Ф. и Форхольт Дж. А. (2008). Независимая от культивирования характеристика популяций Methylobacterium в филлосфере растений с помощью автоматического анализа рибосомных межгенных спейсеров. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 74, 2218–2228. doi: 10.1128/AEM.02532-07

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Книф, К., Фрэнсис, Л., и Форхольт, Дж. А. (2010a). Конкурентоспособность различных штаммов Methylobacterium в филлосфере Arabidopsis thaliana и идентификация репрезентативных моделей, в том числе M.extorquens PA1. Микроб. Экол. 60, 440–452. doi: 10.1007/s00248-010-9725-3

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Книф, К. , Раметт, А., Фрэнсис, Л., Алонсо-Бланко, К., и Форхольт, Дж. А. (2010b). Участок и виды растений являются важными факторами, определяющими состав сообщества Methylobacterium в растительной филлосфере. ISME J. 4, 719–728. doi: 10.1038/ismej.2010.9

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ламбе, М.Р., Кроули, Д.Э., Кьюри, Дж.К., Бюлль, Р.К., и Родригес, Р.Р. (2006). Бактериальное разнообразие в кронах деревьев атлантического леса. Наука 312:1917. doi: 10.1126/наука.1124696

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Лево, JHJ (2015). «Жизнь микробов на надземных частях растений», в Принципах взаимодействия растений и микробов — Микробы для устойчивого сельского хозяйства , изд. Б. Лугтенберг (Лейден: Springer), 17–24.

Академия Google

Лево, Дж.HJ и Lindow, SE (2001). Аппетит эпифита: количественный мониторинг потребления сахаров бактериями в филлосфере. Проц. Натл. акад. науч. США 98, 3446–3453. doi: 10.1073/pnas.061629598

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ли, С., Спир, Р. Н., и Эндрюс, Дж. Х. (1997). Количественная флуоресценция in situ гибридизация Aureobasidium pullulans на предметных стеклах микроскопа и поверхности листьев. Филос.Транс. Р. Соц. Лонд. Б. биол. науч. 63, 3261–3267.

Реферат PubMed | Академия Google

Лундберг, Д. С., Лебейс, С. Л., Паредес, С. Х., Юрстон, С., Геринг, Дж., Малфатти, С., и соавт. (2012). Определение основного микробиома корня Arabidopsis thaliana . Природа 488, 86–90. doi: 10.1038/nature11237

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Мадхайян М., Пунгузали С., Сентилкумар М., Сешадри С., Chung, H., Yang, J., et al. (2004). Стимуляция роста и индукция системной устойчивости у сорта риса Co-47 ( Oryza sativa L.) с помощью Methylobacterium spp. Бот. Бык. акад. Грех. 45, 315–324. Доступно в Интернете по адресу: http://ejournal.sinica.edu.tw/bbas/content/2004/4/Bot454-07-info.html

Академия Google

Мадхайян, М., Пунгужали, С., Сундарам, С., и Са, Т. (2006). Новый взгляд на внекорневое применение метанола, влияющего на метилотрофную динамику филлоплана и стимулирование роста хлопчатника ( Gossypium hirsutum L.) и сахарного тростника ( Saccharum officinarum L.). Окружающая среда. Эксп. Бот. 57, 168–176. doi: 10.1016/j.envexpbot.2005.05.010

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Maignien, L., Deforce, A.E., Chafee, M.E., Eren, A.M., and Simmons, S.L. (2014). Экологическая сукцессия и стохастическая изменчивость в совокупности филлосферных сообществ Arabidopsis thaliana . MBio 5:e00682-13. doi: 10.1128/mBio.00682-13

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Мелотто, М., Андервуд, В. , и Хе, С. (2008). Роль устьиц во врожденном иммунитете растений и лиственных бактериальных заболеваниях. год. Преподобный Фитопатол. 46, 101–122. doi: 10.1146/annurev.phyto.121107.104959

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Монье, Дж. М., и Линдоу, С. Е. (2003). Дифференциальная выживаемость одиночных и агрегированных бактериальных клеток способствует образованию агрегатов на поверхности листьев. Проц. Натл. акад. науч. США 100, 15977–15982. дои: 10.1073/пнас.2436560100

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Монье, Дж. М., и Линдоу, С. Е. (2005a). Агрегаты резидентных бактерий способствуют выживанию иммигрантов на поверхности листьев. Микроб. Экол. 49, 343–352. doi: 10.1007/s00248-004-0007-9

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Монье, Дж. М., и Линдоу, С. Е. (2005b). Пространственная организация двухвидовых скоплений бактерий на поверхности листьев. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 71, 5484–5493. doi: 10.1128/AEM.71.9.5484-5493.2005

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Моррис, К.Е., Монье, Дж.М., и Жак, М. (1997). Методы наблюдения микробных биопленок непосредственно на поверхности листьев и их выделения для выделения культивируемых микроорганизмов. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 63, 1570.

Реферат PubMed | Академия Google

Олсен, Дж. Л., Рузе, П., Верхелст, Б., Lin, Y.-C., Bayer, T., Collen, J., et al. (2016). Геном морской травы Zostera marina показывает адаптацию покрытосеменных растений к морю. Природа 530, 331–335. doi: 10.1038/nature16548

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Омер З., Томболини Р., Броберг А. и Герхардсон Б. (2004). Продукция индол-3-уксусной кислоты факультативными метилотрофными бактериями с розовым пигментом. Регулятор роста растений. 43, 93–96. doi: 10.1023/B:РОСТ.0000038360.09079.ad

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Оттесен, А. Р., Гонсалес Пенья, А., Уайт, Дж. Р., Петтенгилл, Дж. Б., Ли, К., Аллард, С., и др. (2013). Базовое исследование анатомической микробной экологии важного пищевого растения: Solanum lycopersicum (помидор). ВМС Микробиол . 13:114. дои: 10.1186/1471-2180-13-114

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Пикколо, С., Ферраро, В., Альфонсо, А., Settanni, L., Ercolini, D., Burruano, S., et al. (2010). Наличие эндофитных бактерий в листьях Vitis vinifera , обнаруженное с помощью флуоресцентной гибридизации in situ . Энн. микробиол. 60, 161–167. doi: 10.1007/s13213-010-0023-6

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Пирттиля, А. М., Лаукканен, Х., Поспиех, Х., Мюллиля, Р., и Хохтола, А. (2000). Обнаружение внутриклеточных бактерий в почках сосны обыкновенной ( Pinus sylvestris L. ) путем гибридизации in situ . Заяв. Окружающая среда. микробиол. 66, 3073–3077. doi: 10.1128/AEM.66.7.3073-3077.2000

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Rastogi, G., Coaker, G.L., и Leveau, JHJ (2013). Новое понимание структуры и функции микробиоты филлосферы с помощью высокопроизводительных молекулярных подходов. FEMS микробиол. лат. 348, 1–10. дои: 10.1111/1574-6968.12225

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Растоги, Г., Sbodio, A., Tech, JJ, Suslow, T.V., Coaker, G.L., and Leveau, JHJ (2012). Листовая микробиота в агроэкосистеме: пространственно-временная изменчивость состава бактериального сообщества на полевом салате. ISME J. 6, 1812–1822 гг. doi: 10.1038/ismej.2012.32

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Редфорд, А.Дж.А., Бауэрс, Р.М.Р., Найт, Р., Линхарт, Ю., и Фиерер, Н. (2010). Экология филлосферы: географическая и филогенетическая изменчивость распределения бактерий на листьях деревьев. Окружающая среда. микробиол. 12, 2885–2893. doi: 10.1111/j.1462-2920.2010.02258.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ремус-Эмзерманн, М. Н. П., и Лево, Дж. Х. Дж. (2010). Связь неоднородности окружающей среды и репродуктивного успеха при разрешении одной клетки. ISME J. 4, 215–222. doi: 10.1038/ismej.2009.110

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ремус-Эмзерманн, М. Н. П., Люкер, С., Мюллер, Д.Б., Поттхофф Э., Даймс Х. и Форхольт Дж. А. (2014). Анализ пространственного распределения естественных колонизирующих филлосферу бактерий на A rabidopsis thaliana , выявленный с помощью флуоресцентной гибридизации in situ . Окружающая среда. микробиол. 16, 2329–2340. дои: 10.1111/1462-2920.12482

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Saldaña, Z., Sánchez, E., Xicohtencatl-Cortes, J., Puente, J.L., and Girón, J. A. (2011). Поверхностные структуры, участвующие в колонизации устьиц растений и листьев шига-токсигенными штаммами Escherichia coli O157: H7. Перед. микробиол. 2:119. doi: 10.3389/fmicb.2011.00119

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Schindelin, J., Arganda-Carreras, I., Frise, E., Kaynig, V., Longair, M., Pietzsch, T., et al. (2012). Фиджи: платформа с открытым исходным кодом для анализа биологических изображений. Нац. Методы 9, 676–682. doi: 10.1038/nmeth.2019

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Синкай Т. и Кобаяши Ю. (2007).Локализация рубцовых целлюлозолитических бактерий на растительных волокнистых материалах, определенная с помощью флуоресценции гибридизации in situ и ПЦР в реальном времени. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 73, 1646–1652. doi: 10.1128/AEM.01896-06

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Тагави, С. , Гарафола, К., Мончи, С., Ньюман, Л., Хоффман, А., Вейенс, Н., и соавт. (2009). Исследование генома и характеристика эндофитных бактерий, оказывающих благотворное влияние на рост и развитие деревьев тополя. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 75, 748–757. doi: 10.1128/AEM.02239-08

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Тани А., Сахин Н., Мацуяма Ю., Эномото Т., Нисимура Н., Йокота А. и др. (2012а). Высокопроизводительная идентификация и скрининг новых видов Methylobacterium с использованием MALDI-TOF/MS анализа целых клеток. PLoS ONE 7:e40784 doi: 10.1371/journal.pone.0040784

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Тани, А., Такай Ю., Судзукава И., Акита М., Мурасе Х. и Кимбара К. (2012b). Практическое применение опосредованного метанолом мутуалистического симбиоза между видами Methylobacterium и мхом, озеленяющим крышу, Racomitrium japonicum . PLoS ONE 7:e33800. doi: 10.1371/journal.pone.0033800

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Теплицкий, М., Уорринер, К., Барц, Дж., и Шнайдер, К.Р. (2011). Распутывание метаболических и коммуникационных сетей: взаимодействие энтеробактерий с фитобактериями и их влияние на безопасность продукции. Тенденции микробиол. 19, 121–127. doi: 10.1016/j.tim.2010.11.007

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Валм, А.М., Марк Уэлч, Дж.Л., и Борисый, Г.Г. (2012). CLASI-FISH: принципы комбинаторной маркировки и спектрального изображения. Сист. заявл. микробиол. 35, 496–502. doi: 10.1016/j.syapm.2012.03.004

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Валм, А. М., Марк Уэлч, Дж. Л., Рикен, К. В., Hasegawa, Y., Sogin, M.L., Oldenbourg, R., et al. (2011). Системный анализ организации микробного сообщества с помощью комбинаторной маркировки и спектральной визуализации. Проц. Натл. акад. науч. США 12, 1–11. doi: 10.1073/pnas.1101134108

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Verginer, M., Siegmund, B., Cardinale, M., Müller, H., Choi, Y., Míguez, C.B., et al. (2010). Мониторинг растительного эпифита Methylobacterium extorquens DSM 21961 методом ПЦР в реальном времени и его влияние на вкус клубники. FEMS микробиол. Экол. 74, 136–145. doi: 10.1111/j.1574-6941.2010.00942.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ватт М., Хугенхольц П., Уайт Р. и Виналл К. (2006). Количество и местонахождение местных бактерий на корнях пшеницы, выращенной в поле, определено количественно с помощью флуоресценции гибридизации in situ (FISH). Окружающая среда. микробиол. 8, 871–884. doi: 10.1111/j.1462-2920.2005.00973.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Велнер, С., Лоддерс, Н., и Кемпфер, П. (2011). Разнообразие и биогеография отдельных филлосферных бактерий с особым акцентом на Methylobacterium spp. Сист. заявл. микробиол. 34, 621–630. doi: 10.1016/j.syapm.2011.08.005

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Yu, X., Lund, S.P., Scott, R.A., Greenwald, J.W., Records, A.H., Nettleton, D., et al. (2013). Транскрипционные ответы Pseudomonas syringae на рост в эпифитных и апопластических участках листьев. Проц. Натл. акад. науч. США 110, E425–E434. doi: 10.1073/pnas.1221892110

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Хищники: Листовая рыба - Практическое рыболовство

Натан Хилл идентифицирует замаскированного хищника, который действительно не похож ни на одного другого охотника. Познакомьтесь с мастером камуфляжа.

Эволюция - замечательная вещь, порождающая такое разнообразие жизни, которое ускользает даже от ума самого креативного фантаста. Monocirrhus polyacanthus столь же чужероден, как и все, что может появиться на Марсе.

Для любителей хищных рыб эти южноамериканские имитаторы листьев представляют немалую проблему. Их сложно кормить, они требуют безупречной воды и проводят много времени незаметными среди листвы. Однако увидеть, как они ведут себя естественно в аквариуме, — это награда, оправдывающая весь ваш труд. Более того, у них блестящие козлиные бородки!

Южноамериканские листовые рыбы принадлежат к крошечному семейству Polycentridae.Род Monocirrhus делит это семейство со своим родственным родом Polycentrus, типичным представителем которого является вид P. schomburgkii, но эта последняя рыба не может пленить на том же уровне из-за отсутствия продвинутого камуфляжа первого.

Мастер-мимик

У обоих одинаковые массивные вытянутые рты и стебель, но M. polyacanthus имеет преимущество перед своим родственником благодаря более высокой скорости кормления и времени удара всего 0,2 секунды или меньше, что делает его одним из самых самые быстрые едоки в мире.

Больше всего привлекает камуфляж и мимика Monocirrhus. Есть много слов, чтобы описать аспекты его скрытого поведения, когда он имитирует дрейф мертвого листа, и есть споры о том, как следует классифицировать такое поведение.

Вместо того, чтобы просто прибегать к окраске, типичной для замаскированной рыбы, M. polyacanthus идет гораздо дальше. Рыба пришла не только для того, чтобы иметь тот же цвет, что и отмершая листва, но и для того, чтобы копировать ее форму вплоть до кончика листа — отсюда и эта характерная «борода».

Эту тему переняли и другие южноамериканцы, в частности Фарлоуэлла, сом-веточка, но листовая рыба никогда не выдает игры, прибегая к рыбным движениям многих других мимиков.

Эволюция листовых рыб учла даже самый распространенный недостаток хищников — очевидную форму глаза. В этом случае его профиль был размыт с прямыми заштрихованными линиями. Это сосредоточенный хищник.

Эта рыба окружена множеством мифов, особенно в том, что касается кормления. Мнения об оптимальных условиях расходятся, а некоторые предположения безоговорочно продержались слишком долго.

Листовую рыбу часто называют облигатным рыбоядным, питающимся исключительно рыбой, но это ошибочное предположение. Исследования выловленных в дикой природе особей выявили целый ряд продуктов в кишечнике, и, несмотря на то, что рыба имеет большое значение, она ни в коем случае не составляет единственную диету.

Многие виды M. polyacanthus были выловлены в одном конкретном регионе, и было проанализировано содержимое их внутренностей, в среднем 64% рыбы и 36% беспозвоночных.Из последних большая часть была насекомыми, которые не всегда обитали в воде, хотя было также обнаружено много креветок.

Эти данные свидетельствуют о том, что они с радостью принимают жуков, падающих в воду, и предлагают альтернативные варианты кормления для содержащихся в неволе рыб. Из потребляемой рыбы 75% идентифицируемого содержимого составляли либо тетра из рода Hemigrammus, либо рыбы-карандаши Nannostomus.

У этих диких рыб средний размер добычи составлял до 35% длины тела хозяина, что значительно меньше, чем в расхваливаемом фольклоре, что они охотно съедают рыбу, превышающую половину их собственного размера.

Даже пищевое поведение приобрело интересные черты. Помимо высокоскоростного удара и связанной с ним ротовой структуры, рыба обладает замечательным способом «укладывать» добычу внутрь, скручивая свою добычу так, что и голова, и хвост направлены назад, ко рту. Это позволяет «складывать» несколько рыб по порядку, позволяя рыбе-листу накапливать добычу на случай, если еды станет мало.

Рот пещеристый, но тонкий, выдается вперед и составляет почти 60% длины головы.

M. polyacanthus при необходимости проявляет хроматические (цветовые) изменения. Меняя цвет от темно-коричневого до осенне-желтого, рыба может адаптироваться к любым условиям.

Обычно среди листьев, которые они скопировали, можно найти рыбу-листа, хотя они кажутся почти безразличными к модели, которую они воспроизвели в ходе эволюции. Они, как правило, дрейфуют в одиночестве, наслаждаясь преимуществами укрытия и добычи, предлагаемыми обитанием среди прибрежной растительности - часто травы и тростника.

Техника плавания и преследования впечатляет. Хотя у них, как и у любой другой рыбы, есть плавники, плавники, используемые для передвижения, гиалиновые, то есть лишены пигментации. Два грудных плавника трудно увидеть, а кончики анального и спинного плавников одинаково прозрачны, и именно благодаря быстрому порханию этих плавников рыба сохраняет жесткую позу, двигаясь и приближаясь для добычи.

При дрифте характерно плывет боком. Рыба изгибается и качается, но редко двигается вертикально, как и плавающий лист.Освоив эту форму плавания, иллюзия листа завершена.

Спасти, просто задыхаясь

В литературе упоминается одна из первых коллекций этих рыб, начиная с 1920 года, когда задача заключалась в том, чтобы просто отравить весь ручей и посмотреть, что всплывет. Лишь случайно задыхающееся поведение листовидной рыбы отделяло ее от других листообразных форм, дрейфующих по ныне умирающему водному пути.

Можно мне оставить эту рыбу?

Листовые рыбы требовательны, не в последнюю очередь в вопросе кормления.Их невероятно трудно отучить от живых кормов, и они рекомендуются только самым преданным аквариумистам, имеющим опыт замены живых кормушек на мертвые корма.

Мертвое кормление не является чем-то неизвестным, и некоторые киперы сообщают, что листовая рыба даже берет мертвую пищу с рук. На ранних стадиях следует рассмотреть достаточное количество речных креветок, а также насекомых и даже дождевых червей. Было бы разумно сначала выпотрошить корм для беспозвоночных, скармливая что-то питательное, что перейдет к листовой рыбе.

Параметры воды должны быть максимально приближены к условиям дикой природы. Температура воды варьируется в дикой природе, но будет приемлемой в пределах 22-25°C/72-77°F, а pH должен быть низким, оптимально между 5,0 и 6,0, если эти рыбы должны быть в лучшем виде.

Существует связанная с этим проблема увеличения патогенной нагрузки при более высоких значениях pH, и эти рыбы не приспособлены для борьбы с условно-патогенными бактериями и грибками. Статистически кажется, что после голодания восприимчивость к болезням является наиболее частой причиной смерти среди содержащихся в неволе M.полиакант.

Жесткость была бы лучше, если бы она была столь же низкой, часто предлагались значения GH 5-8° DH.

Поскольку эта рыба обитает только в медленно движущейся или статической воде, течение в аквариуме должно быть таким же умеренным. Я всегда предпочитаю внешние канистры, и при достаточном ограничении потока и диффузии на большую площадь — скажем, распылительной штанге — можно достичь оптимального потока. Мое предпочтение внешнего отчасти зависит от проблемы обслуживания. Листовые рыбы нервны и склонны к острому стрессу, поэтому разумно свести к минимуму практическое взаимодействие внутри аквариума.

В отличие от медленного течения, очень важны отличные условия воды. Аммиак, нитриты и нитраты не допускаются, и в первую очередь необходимо произвести подмены воды.

Точно так же рыбы плохо реагируют на лекарства, и их, вероятно, следует рассматривать только в крайнем случае.

Уровни освещения лучше всего сочетаются с большим количеством плавающих растений, но это не ночная рыба, и она будет находиться в вашем аквариуме в дневное время. Темные субстраты разумны, но не обязательны, но основа из листового опада, кажется, принимается с наибольшей готовностью.Посадка обязательна, и любой тип, будь то широколиственный, кустистый или травянистый, будет высоко оценен.

При правильном содержании вы можете ожидать хороших 8-9 лет от листовой рыбы, но будьте бдительны в течение этого времени.

Любые признаки плохого состояния здоровья необходимо устранять как можно раньше, а для рыбы, которую трудно увидеть, наблюдение может занять довольно много времени. M. polyacanthus за это время достигнет максимальной длины 8 см/3,1 дюйма, но достигнет своего полного взрослого размера намного раньше.

Бэби-бум или просто много опавших листьев? Разведение Monocirrhus polyacanthus

Разведение Monocirrhus не рекомендуется тем, кто хочет добиться высоких показателей успеха. Как рыба со строгими требованиями, она имеет тенденцию привлекать меньшую аудиторию, и переключение на мальков может оказаться самым сложным аспектом воспроизводства.

Определение пола листовой рыбы обычно возможно, когда рыба участвует в нересте, но это может быть затруднительно заранее. Рыба половая и половозрелая, ее длина составляет всего 4 см / 1,6 дюйма, а у активных самок можно увидеть яйцеклад. Может быть трудно определить, какая именно пара из коллекции.

Нерест может быть вызван либо повышением температуры, либо повышением кислотности, либо и тем, и другим.Успешная забота о водных условиях приведет к тому, что рыба по очереди будет очищать поверхность — чаще всего лист — перед началом размножения.

В любом месте за один присест откладывается до 300 яиц, и самец проявляет заботу, хотя и не без беспокойства со стороны самки, и было бы благоразумно удалить ее на этом этапе. С интервалом от 60 часов мальки начинают свободно плавать, и на этом этапе самец почти или совсем не обращает на них внимания, его родительское внимание ослабевает.

Мальки прожорливы и каннибалы, пожирающие крошечные организмы и друг друга с одинаковым апломбом.На этом этапе следует обеспечить хороший запас всех мелких и извивающихся вещей, хотя некоторые любители сообщают об успешном кормлении своих мальков порошкообразными и сухими кормами.

Смотрите другие статьи из этой серии:

Харацин полосатой щуки

Гоплии, водные волки

Если вам понравилась эта статья, почему бы не оформить подписку на журнал «Практическое рыболовство»? Ознакомьтесь с нашим последним предложением подписки.

Leaf-FISH: метод гибридизации in situ для визуализации бактериальных таксонов на поверхности растений

дои: 10.1007/978-1-0716-1115-9_8.

Принадлежности Расширять

Принадлежности

  • 1 Морская биологическая лаборатория, Центр экосистем, Вудс-Хоул, Массачусетс, США. [email protected]
  • 2 Морская биологическая лаборатория, Центр экосистем, Вудс-Хоул, Массачусетс, США.

Элемент в буфере обмена

Елена Л. Передо и соавт. Методы Мол Биол. 2021.

Показать детали Показать варианты

Показать варианты

Формат АннотацияPubMedPMID

дои: 10.1007/978-1-0716-1115-9_8.

Принадлежности

  • 1 Морская биологическая лаборатория, Центр экосистем, Вудс-Хоул, Массачусетс, США. [email protected]
  • 2 Морская биологическая лаборатория, Центр экосистем, Вудс-Хоул, Массачусетс, США.

Элемент в буфере обмена

Полнотекстовые ссылки Параметры отображения цитирования

Показать варианты

Формат АннотацияPubMedPMID

Абстрактный

Пространственная характеристика микробных сообществ с высоким разрешением имеет решающее значение для точного понимания взаимодействия микроб-микроб и микроб-растение на поверхности листьев (филлосфера).Однако листья являются особенно сложной поверхностью для методов визуализации из-за их высокой автофлуоресценции. В этой главе мы описываем метод Leaf-FISH. Leaf-FISH — это метод флуоресцентной гибридизации in situ (FISH), специально адаптированный к требованиям тканей растений. Leaf-FISH использует комбинацию предварительной обработки листьев в сочетании со спектральной визуализацией конфокальной микроскопии и постобработкой изображений для визуализации таксонов бактерий в структурно-информированном контексте, воссозданном из остаточной фоновой автофлуоресценции тканей.Leaf-FISH подходит для одновременной идентификации нескольких таксонов бактерий с использованием нескольких таксон-специфичных флуоресцентно меченных олигонуклеотидных зондов (комбинаторное мечение).

Ключевые слова: арабидопсис талийский; Комбинаторная маркировка; флуоресцентная гибридизация in situ; Лист; микросреды; Филлосфера.

Похожие статьи

  • Leaf-FISH: микромасштабное изображение бактериальных таксонов на филлосфере.

    Передо Э.Л., Симмонс С.Л. Передо Э.Л. и соавт. Фронт микробиол. 2018 9 января; 8:2669. doi: 10.3389/fmicb.2017.02669. Электронная коллекция 2017. Фронт микробиол. 2018. PMID: 29375531 Бесплатная статья ЧВК.

  • Количественная флуоресцентная гибридизация in situ Aureobasidium pullulans на предметных стеклах микроскопа и поверхности листьев.

    Ли С., Спир Р.Н., Эндрюс Дж.Х. Ли С и др. Appl Environ Microbiol. 1997 г., август; 63 (8): 3261-7. doi: 10.1128/aem.63.8.3261-3267.1997. Appl Environ Microbiol. 1997. PMID: 9251214 Бесплатная статья ЧВК.

  • MiL-FISH: мультимеченые олигонуклеотиды для флуоресцентной гибридизации in situ улучшают визуализацию бактериальных клеток.

    Шимак М.П., ​​Кляйнер М. , Ветцель С., Либеке М., Дубилье Н., Фукс Б.М.Шимак М.П. и др. Appl Environ Microbiol. 2015 16 октября; 82 (1): 62-70. doi: 10.1128/AEM.02776-15. Печать 2016 1 января. Appl Environ Microbiol. 2015. PMID: 26475101 Бесплатная статья ЧВК.

  • Микробиология филлосферы: на границе между микробными особями и растением-хозяином.

    Remus-Emsermann MNP, Schlechter RO. Remus-Emsermann MNP и соавт. Новый Фитол.2018 июнь; 218(4):1327-1333. doi: 10.1111/nph.15054. Epub 2018 5 марта. Новый Фитол. 2018. PMID: 29504646 Рассмотрение.

  • Олигонуклеотидные зонды для РНК-направленной флуоресцентной гибридизации in situ.

    Сильверман А.П., Кул Э.Т. Сильверман А.П. и соавт. Adv Clin Chem. 2007;43:79-115. Adv Clin Chem. 2007. PMID: 17249381 Рассмотрение.

использованная литература

    1. Домингес Э., Эредиа-Герреро Х.А., Эредиа А. (2011) Биофизический дизайн кутикулы растений: обзор.Новый фитол 189: 938–949. https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2010.03553.x - DOI - пабмед
    1. Оттесен А.Р., Гонсалес Пенья А., Уайт Дж.Р., Петтенгилл Дж.Б., Ли К., Аллард С., Райдаут С., Аллард М. , Хилл Т., Эванс П., Штрейн Э., Массер С., Найт Р., Браун Э. (2013) Базовый обзор анатомических микробная экология важного пищевого растения: Solanum lycopersicum (томаты).БМС Микробиол 13:114. https://doi.org/10.1186/1471-2180-13-114 - DOI - пабмед - ЧВК
    1. Maignien L, Deforce AE, Chafee ME, Eren AM, Simmons SL (2014) Экологическая последовательность и стохастическая изменчивость в сборке филлосферных сообществ Arabidopsis thaliana. MBio 5: e00682-13. https://doi.org/10.1128/mBio.00682-13 - DOI - пабмед - ЧВК
    1. Vorholt JA (2012) Микробная жизнь в филлосфере.Nat Rev Microbiol 10: 828–840. https://doi.org/10.1038/nrmicro2910 - DOI - пабмед
    1. Мелотто М. , Андервуд В., Хе С. (2008)Роль устьиц во врожденном иммунитете растений и лиственных бактериальных заболеваниях.Annu Rev Phytopathol 46: 101–122. https://doi.org/10.1146/annurev.phyto.121107.104959.Роль - DOI - пабмед - ЧВК

Показать все 30 ссылок

Типы публикаций

  • Поддержка исследований, не-U.С. Правительство

термины MeSH

  • Бактерии / рост и развитие*
  • Гибридизация in situ, флуоресценция / методы*
  • Микроскопия, конфокальная / методы
  • Олигонуклеотидные зонды / генетика
  • Листья растений / микробиология*

LinkOut — больше ресурсов

  • Полнотекстовые источники

  • Прочие литературные источники

Целая рыба на банановом листе, приготовленная на гриле • Кулинарные рецепты на пару

Думаете, это может понравиться кому-то еще? Поделиться любовью!

Бывают моменты, когда я должен просто пожать плечами в поражении, положить камеру и просто пойти сделать из себя Кровавую Мэри. Только после первого глотка я хватал чистый лист бумаги, черный маркер и просто рисовал вам свое блюдо. Потому что красивой мертвой рыбы не бывает:

Этот желтохвостый окунь не выглядит таким счастливым. Хорошо. Знаю, знаю. Он не бодрый, потому что он чертовски мертв. Но мне хочется думать, что в моем веселом солнечном мирке моя еда хочет, чтобы была съедена. Неужели я настолько самонадеян, чтобы поверить, что эта рыба годами виляла хвостиком, мечтая об идеальной смеси специй, которая усилила бы ее природную сладость? Спорит со своими одноклассниками, какой способ приготовления подчеркивает его ореховый вкус и слоёную текстуру: приготовление на гриле или приготовление на пару?

Что ж, надеюсь, этот малыш гордится мной – я выбрал простое, копченое и приготовленное на гриле.Почистив рыбу целиком, я начинил ее свежей зеленью из сада и щедро посыпал морской солью Малдона, подарком Мелинды и Дэни (которая, кстати, теперь является любимой солью в Steamy Kitchen. )

Жарка целой рыбы на банановом листе делает 2 вещи:

  1. Предотвращает прилипание хрупкой рыбы к решетке гриля.
  2. Придает рыбе мягкий дымный, сладкий вкус.Если у вас нет бананового листа, вы можете просто использовать пару листов оловянной фольги.

    Целая рыба на банановом листе, приготовленная на гриле

    • 1 целая рыба
    • морская соль и перец
    • горсть свежих трав (я использовала тайский базилик и кинзу)
    • 1 столовая ложка растительного масла
    • 1-3 банановых листа в 3 раза больше, чем ваша рыба) или двойной слой фольги
    • шпагат
    • дольки лимона
    • Разогрейте гриль-барбекю на высокой мощности в течение 15 минут.

    • Если вы используете замороженный банановый лист, разморозьте его в раковине в теплой воде, разверните.

    • Очистите рыбу целиком: попросите вашего торговца рыбой очистить рыбу и выпотрошить ее. Чистить рыбу в домашней кухонной раковине — грязное дело! Даже несмотря на то, что ваш торговец рыбой потрошил для вас рыбу, вот важный совет. Выстилка области кишечника имеет очень рыбный вкус и запах. Обычно тонкая мембрана все еще прикреплена. Просто используйте кончик ножа, чтобы очистить жесткую мембранную подкладку и вытащить ее.Иногда цвет белый, иногда розоватый. После очистки острым ножом надрежьте рыбу по диагонали 3 раза с каждой стороны, чтобы она приготовилась более равномерно (что я совершенно забыл сделать на своем фото).

    • Приправить и нафаршировать целую рыбу: Приправить рыбу внутри морской солью и свежемолотым перцем. Начинить свежей зеленью - стебли и все такое. Используйте шпагат, чтобы связать рыбу, чтобы травы не выпадали во время гриля. Смажьте обе стороны рыбы растительным маслом. Приправить снаружи морской солью и перцем.

    • Гриль: Когда гриль разогреется, положите банановый лист на решетку и аккуратно поместите рыбу в середину листа. Вы можете использовать несколько слоев, если хотите. Лист свернется и обуглится, приобретя чудесный дымчато-коричневый цвет. Жарьте 6-10 минут, затем осторожно переверните рыбу большой лопаткой и жарьте еще 6-10 минут. Моя 1,5-фунтовая рыба заняла около 8 минут с каждой стороны. Готовность проверяйте, проверяя самую толстую часть рыбы — мясо должно легко отделяться и расслаиваться. Подавать с дольками лимона.

    ***

    Домой!


    Ехать на автобусе в пекинском пробке было страшно, поэтому Скотт (муж) решил, что лучше организовать поездку самостоятельно.

    Как хорошо вернуться домой после 14 дней приключений, 10 самолетов, 9 автобусов, 4 отелей, 1 круизного лайнера и каноэ. У нас были самые удивительные и незабываемые времена – мне не терпится поделиться с вами фотографиями! Все еще перебираю свои более 1000 фотографий (слава богу цифровая камера!). Я быстро поделюсь с вами одним моментом — Великая стена.Подъем был легким. Нас предупредили, чтобы мы не были «героями» и не забрались слишком высоко.

    «Ой… это предупреждение для слабаков! Я хочу сфотографироваться наверху!» Так что я пошел вверх, вверх, вверх.

    То, что упустил экскурсовод, было причиной предупреждения… вам нужно пройти весь путь обратно!

    Ступени были неровными и крутыми, что очень усложняло путь. Мне пришлось держаться за поручни и медленно спускаться вниз.

    Маленькие шажочки… ХОРОШО!

    Большие толстые шаги….ПЛОХОЙ!

    На полпути я устал, и меня обогнала пожилая женщина, которая отпустила перила, чтобы обойти меня, а затем оглянулась на меня с полным раздражением. Скотт был там, чтобы запечатлеть момент.

    ОЙ! Меня забанила эта дама! ВТФ?!?!

    ***

    Пропавший шафран Победитель?

    Threemilechild… у вас есть 24 часа, чтобы связаться со мной и сообщить свой адрес, прежде чем я выберу еще одного победителя Saffron! Все, кто принял участие в конкурсе, следите за обновлениями — вы можете стать другим победителем!

    Наш следующий рисунок посвящен ванильным бобам! Начните думать о своем любимом рецепте, который включает ваниль.Легко, да? На днях выложу конкурс.

    PBS Show

    Было ооооочень хорошо! Устроили вечеринку через 6 часов после приземления – спасибо всем, кто пришел посмотреть шоу!! Не терпится выложить клип. Спасибо WEDU PBS и The Gulf Coast Journal с Джеком Перкинсом за то, что воплотили в реальность одну из моих мечтаний! Вперед к следующему приключению!

    ***

    Другие рецепты морепродуктов:

    Рыба на пару по-китайски

    Тилапия в панировке из орехов пекан с медовой глазурью

    Креветка Каджун-убийца

    Отдел рыбы и морепродуктов New Leaf

    к источнику, насколько это возможно.Это часть наших обязательств перед местными сообществами и водами нашего залива. Будьте уверены, что мы всегда предлагаем вам морепродукты, выловленные или выращенные на фермах способами, которые лучше всего подходят для наших океанов и водных путей.

    Навигация по выбору морепродуктов сложна, и с каждым днем ​​становится все сложнее. Важно, чтобы мы в New Leaf Community Markets выполняли всю работу. Мы выходим за рамки просто страны происхождения на наших вывесках и делаем все возможное, чтобы сообщить вам, из какого штата или речной системы был получен улов, и если мы работали с прямым партнером, чтобы доставить вам самый свежий продукт.

    Местные источники

    Мы ценим наше партнерство с Ocean2Table из Санта-Крус, рыболовным промыслом, поддерживаемым сообществом, в котором участвуют более 40 местных рыбаков. Как один из наших новых прямых партнеров, все их морепродукты поступают из вод в пределах 100 миль от залива Сан-Франциско и залива Монтерей. Наша миссия состоит в том, чтобы наши предложения морепродуктов были как можно более местными и безопасными для океана. Они помогают нам сделать это.

    Партнерство с FishWise

    Давний сторонник экологичных морепродуктов, New Leaf Community Markets был первым бакалейщиком, который сотрудничал с FishWise и программой наблюдения за морепродуктами аквариума Монтерей-Бей в 2002 году.Мы помогли им разработать и запустить рейтинг зеленого, желтого и красного цвета программы. Эта система помогает покупателям принимать обоснованные решения в отношении экологичности приобретаемых ими морепродуктов. Сейчас они работают с более чем 4000 магазинов!

    Мы верим в важность стремления построить ответственную, этичную и экологически безопасную цепочку поставок морепродуктов. Мы благодарны за помощь и сотрудничество с такими дальновидными, преданными своему делу, масштабными организациями и программами.

    New Leaf Community Markets отдает приоритет рыболовству и аквакультуре, которые оцениваются как «Лучший выбор зеленого цвета», «Хорошая альтернатива желтого цвета» или из экологически сертифицированных источников, признанных Seafood Watch.Узнайте больше в Аквариуме Монтерей-Бей, Seafood Watch и FishWise.

    Вывески с цветовой кодировкой

    Мы проводим исследования и постоянно переоцениваем наши источники морепродуктов, обучаясь сами. Мы также сохраняем прозрачность, чтобы вы могли сделать осознанный выбор в нашем случае с морепродуктами.

    Зеленый = лучший выбор

    Эта рыба вылавливается или выращивается безвредным для океана способом с минимальным воздействием на экосистему.

    Желтый = хорошая альтернатива

    Эта рыба из рыбных промыслов или ферм имеет хорошие качества, но представляет некоторые экологические проблемы.

    Красный = не является опцией

    Мы не продаем неустойчивые продукты с красным кодом на рынках New Leaf Community Markets — никогда. Мы бы не сделали этого ни с вами, ни с нашей планетой.

    Stream Sleepy Fish - Контур листьев от Chillhop Music

    опубликовано

    🎧 Скачать / Поток ・ https://chillhop.ffm.to/fieldstudies1.pbt В сотрудничестве с нашими друзьями из «Друзей друзей» (быстро произнесите это в три раза) мы представляем вам Field Studies, Vol.1 - дебютный сборник в продолжающейся серии. Получасовой проект, в котором участвуют музыканты обоих наших лейблов, представляет собой органичное предложение наших многочисленных эклектичных стилей. Нажимать на кнопку воспроизведения — это все равно, что объединиться с дюжиной друзей для творческого уединения. Сочинять музыку и рассказывать истории по пути. Чувствуя себя свободно. Сочетание лофи-битов, акустических грувов и вокальных джемов — это захватывающий опыт прослушивания, который ощущается как теплая погода впереди, как друзья. 🎶 Слушайте Chillhop на Spotify и Apple Music ・ https://chillhop.ffm.to/chillhopradiospotify.pbt (Spotify) ・ https://chillhop.ffm.to/chillhopradioapplemusic.pbt (Apple Music) 🙌 Подписаться на Enluv ・ SoundCloud: https://chll.to/b4d72579 ・ Spotify: https://chll.to/6c61f0f8 ・ Apple Music: https://chll.to/edcb5f7c ・ Холодный хоп: https://chll.to/33338615 🙌 Подписывайтесь на Молли Макфол ・ Spotify: https://chll.to/62997c2f ・ Холодный хоп: https://chll.to/678dbd2e 🙌 Подписаться на Swum ・ Spotify: https://chll.to/42b76105 ・ Холодный хоп: https://chll.к/1ca90b54 🙌 Послеобеденная велопрогулка ・ Spotify: https://chll.to/0e35a031 ・ Холодный хоп: https://chll.to/4608a4fc 🙌 Подписаться на Сомни ・ Spotify: https://chll.to/57ac9b0f ・ Холодный хоп: https://chll.to/55375683 🙌 Подписаться на Яспера ・ SoundCloud: https://chll.to/1e350828 ・ Spotify: https://chll.to/1be7c908 ・ Холодный хоп: https://chll.to/e0128722 🙌 Подписывайтесь на благотворительность ・ SoundCloud: https://chll.to/18a1c6f6 ・ Spotify: https://chll. to/2cb6cbcf ・ Apple Music: https://chll.to/c2c80f34 ・ Холодный хоп: https://chll.to/bcc19a50 🙌 Подписывайтесь на О, Кэролайн ・ Холодный хоп: https://chll.к/fb37b157 🙌 Подписаться на Лхаса Петик ・ Холодный хоп: https://chll.to/bb038e43 🙌 Подписаться на Towerz ・ Холодный хоп: https://chll.to/2bc3dc18 🙌 Следуйте за Сонной Рыбкой ・ SoundCloud: https://chll.to/45f1fbdf ・ Spotify: https://chll.to/34468d6a ・ Apple Music: https://chll.to/09022f16 ・ Холодный хоп: https://chll.to/9b5fd673 🙌 Подписаться на Sweatson Klank ・ Spotify: https://chll.to/4947a793 ・ Холодный хоп: https://chll.to/ef143708 🙌 Подписаться ・ SoundCloud: https://chll.to/7617edba ・ Spotify: https://chll.to/6894b2fc ・ Apple Music: https://chll.к/d1bf5d90 ・ Холодный хоп: https://chll.to/b864df53 🙌 Подписаться на Креветку ・ Spotify: https://chll.to/a283cae9 ・ Холодный хоп: https://chll.to/a149911b 🙌 Подписаться ・ SoundCloud: https://chll.to/b313ef76 ・ Spotify: https://chll.to/7446cdab ・ Apple Music: https://chll.to/12463933 ・ Холодный хоп: https://chll. to/6d117f8c 🎨 Работа Шона Льюиса ・ https://www.instagram.com/seanislewis/ ✔️ Смотрите наши прямые трансляции 24/7 ・ https://live.chillhop.com 🦝 Присоединяйтесь к Chillhop Cubs - https://www.youtube.com/channel/UCOxqgCwgOqC2lMqC5PYz_Dg/join ・Эксклюзивные превью видео: https://www.youtube.com/playlist?list=UUMOOxqgCwgOqC2lMqC5PYz_Dg ・Ежемесячные скидки на товары в интернет-магазине Chillhop ・Значки участника и эмодзи в чате 🛍 Интернет-магазин Chillhop ・ https://shop.chillhop.com 🐾 Больше чилхопа? ・ https://chillhop.com/listen 🌎 Сайт ・ https://chillhop.com 🤳 Инстаграм @chillhopmusic ・https://www.instagram.com/chillhopmusic 🖼 Движок обоев ・ https://chll.to/d06ec610 ❔ Используйте нашу музыку в своих видео ・https://chillhop.com/creators 🙏 Сообщество Chillhop ・ https://discord.gg/chillhop ・ https://реддит.com/r/chillhop ・ https://www.facebook.com/groups/1561371024098016 #холодный хоп #инструментал #биты

    Жанр
    Чиллхоп
    Купить Sleepy Fish - контур листа Лицензия: все права защищены .

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован.